末日前49年，人類第三次世界大戰(zhàn)正式結(jié)束之后，世界格局發(fā)生了劇變，尤其是人類在數(shù)次核武器清洗之后，戰(zhàn)爭中恐怖組織通過發(fā)放物資和煽動民眾虛假宣傳的方法，招攬了大量民眾，在戰(zhàn)區(qū)建立了大量民間恐怖組織。

例如活躍于中美洲戰(zhàn)區(qū)的塔爾斯公會和活躍于太平洋群島一帶的索拉斯組織 ，活躍在北美山區(qū)一帶的六芒星組織等等，并且在末日前47年 ，建立了一個統(tǒng)一的恐怖組織集團，被命名為：U.C.F。

UCF部隊，在末日前46年到末日前27年之間和人類聯(lián)邦軍多次交戰(zhàn)，總是UCF部隊獲得勝利，特別是在末日前36年10月10日，人類聯(lián)邦軍在中東西吉尼亞沙漠的塞柏拉圖巨巖洞附近新發(fā)現(xiàn)了一個儲量極其豐富，超越其他的油田，人類聯(lián)邦對此如獲至寶，派遣6萬精英部隊前往，和同時趕往奪取油田的UCF第一軍團在柏拉特裂谷相遇了，雙方真是水火不容，在峽谷里又是一頓槍彈招呼，結(jié)果6萬名精英政府軍被打得落荒而逃，UCF部隊第一軍團成功占據(jù)油田，獲取了每年超過400億桶的石油供給，給了UCF部隊極大的主動權(quán)……在之后的數(shù)十次戰(zhàn)役中碾壓了人類聯(lián)邦軍……

在人類聯(lián)邦軍節(jié)節(jié)敗退的情況下，人類聯(lián)邦軍決定開啟“改造士兵”計劃，意圖扭轉(zhuǎn)了人類政府與恐怖組織的力量和局勢對比，決定由北美部隊總司令撒拉托斯和聯(lián)邦科學研究院：查爾斯.麥克開始著手研究士兵的強化，也就是后日臭名昭著的“x”計劃。

在士兵改造實驗過程中，撒拉托斯在《啟程報》上了解到在北美雅典文化遺址的加爾肯煤礦，單單在x計劃開始的末日前27年3月就發(fā)生了4至5起怪物獵奇殺人案，因此被當?shù)厝朔Q為《死亡禁區(qū)》，而且這些怪物內(nèi)部好像收到了一種病毒生物的影響，在末日前27年5月22日，撒拉托斯派出了聯(lián)邦應(yīng)急部隊ocpt，在加爾肯煤礦內(nèi)抓捕了60只怪物回去研究，最終在末日前26年5月21日，x病毒成功問世，并由查爾斯患病的女兒菲林娜作為零號實驗體，成功造出了x異變體(m－001)。

UCF部隊之后派出了掃除者分隊成功奪取了x病毒的母體 ，成功造出了一系列新的異變體，同時撒拉托斯也造出了很多生物兵器。

撒拉托斯領(lǐng)導(dǎo)的軍隊和UCF多次交戰(zhàn)，最終在兩者打的不可開交的情況下，人類聯(lián)邦軍趁機偷襲了UCF總部，導(dǎo)致UCF只能轉(zhuǎn)入地下，撒拉托斯也因為大規(guī)模戰(zhàn)爭和私自帶軍隊脫離人類聯(lián)邦軍，人類聯(lián)邦軍政府將撒拉托斯革職，發(fā)布通緝令抓捕撒拉托斯，于是撒拉托斯在地獄島建立了“黑十字生化特種部隊”同時UCF部隊也在不久之后與撒拉托斯秘密聯(lián)合了。

兩個惡魔軍團合并了，人類聯(lián)邦軍的局勢更加兇險！