EWAS數(shù)據(jù)分析（7）— 表觀基因組關(guān)聯(lián)分析（EWAS）相關(guān)工具
通過之前的六篇專欄連載，希望能幫助大家對于EWAS數(shù)據(jù)分析有基本的了解和實操幫助。
EWAS數(shù)據(jù)分析（1） — 數(shù)據(jù)過濾EWAS數(shù)據(jù)分析（2） — 數(shù)據(jù)質(zhì)控篇?????????????????? ?
EWAS數(shù)據(jù)分析（3） — 數(shù)據(jù)校正篇?????????????????? ?
EWAS數(shù)據(jù)分析（4）— 關(guān)聯(lián)分析篇
EWAS數(shù)據(jù)分析（5）— mQTL 篇?????????????????? ?
EWAS數(shù)據(jù)分析（6）— 因果分析篇?????
本篇總結(jié)篇，分享“表觀基因組關(guān)聯(lián)分析（EWAS）相關(guān)工具 ”，希望對大家有所幫助：
目前，EWAS 已經(jīng)成為解析表觀修飾與復(fù)雜表型關(guān)系的重要手段。越來越多的分析手段和知識庫平臺已經(jīng)發(fā)布，為我們的EWAS研究助力良多。
以下是由中國科學(xué)院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心（NGDC）開發(fā)的表觀基因組關(guān)聯(lián)研究資源開放平臺EWAS Open Platform（相關(guān)研究成果以EWAS Open Platform: integrated data, knowledge and toolkit for epigenome-wide association study為題在Nucleic Acids Research上在線發(fā)表）。
該平臺提供了從數(shù)據(jù)瀏覽與下載、在線分析與可視化到知識解釋與驗證的全面系統(tǒng)的資源和服務(wù)，NGDC研究團(tuán)隊在不斷整合和更新中心已有EWAS資源基礎(chǔ)上，構(gòu)建了表觀組關(guān)聯(lián)研究資源開放平臺（EWAS Open Platform）。EWAS Open Platform包括標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)信息庫 (EWAS Data Hub)、人工信息提取的知識庫（EWAS Atlas）和表觀-特征關(guān)聯(lián)在線工具(EWAS Toolkit) 三部分。EWAS Data Hub整合了115852個樣本的DNA甲基化芯片數(shù)據(jù)和對應(yīng)的元數(shù)據(jù)，并統(tǒng)一采用GMQN方法進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。同時，EWAS Data Hub利用海量高質(zhì)量DNA甲基化芯片數(shù)據(jù)和標(biāo)準(zhǔn)化元數(shù)據(jù)的優(yōu)勢，為485512個探針和36397個基因提供了一系列重要的評估值（包括組織特異性、年齡相關(guān)性、性別差異和種族特異性）和不同背景下的參考DNA甲基化圖譜；EWAS Atlas共整合了910篇文獻(xiàn)中報道的617018個高質(zhì)量的甲基化與表型關(guān)聯(lián)，涉及618種表型和3385個隊列；EWAS Toolkit利用EWAS Atlas和EWAS Data Hub提供的高質(zhì)量的甲基化與表型關(guān)聯(lián)知識和標(biāo)準(zhǔn)化的DNA甲基化芯片數(shù)據(jù)，為用戶提供多種在線分析和可視化工具，包括富集分析、注釋、知識圖譜可視化等。
