【clusterProfiler包】1行代碼將SYMBOL轉(zhuǎn)換為entrezID_比DAVID高效多了_20211027
#有g(shù)ene symbol怎么拿到entrezid ?
rm(list=ls())
library(org.Rn.eg.db)? ?#大鼠數(shù)據(jù)包
library(clusterProfiler)??
#看一下待轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)
#使用id列進行轉(zhuǎn)換，沒有成功。后面解釋為什么不成功
，AA=bitr(ID$id,fromType = "SYMBOL",
? ? ? ? ? ? ? toType =c('ENTREZID') ,
? ? ? ? ? ? ? OrgDb = org.Rn.eg.db)
#使用idid列轉(zhuǎn)換，成功了，但有些沒有entrezid
（1）BB=bitr(ID$idid,fromType = "SYMBOL",
? ? ? ? ? ? ? ? toType =c('ENTREZID') ,
? ? ? ? ? ? ? ? OrgDb = org.Rn.eg.db)
（2）CC=bitr(ID$idid,fromType = "SYMBOL",
? ? ? ? toType =c('ENSEMBL') ,
? ? ? ? OrgDb = org.Rn.eg.db)
#-----------------
BBCC=bitr(ID$idid,fromType = "SYMBOL",
? ? ? ? ? toType =c('ENTREZID','ENSEMBL') ,
? ? ? ? ? OrgDb = org.Rn.eg.db)
#為什么只有idid列轉(zhuǎn)換成功了？
#因為id列基因名稱不對，id列基因全是大寫字母，R語言系統(tǒng)識別不了
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2021年10月27日
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