不同種類的PCR探針如何工作-水解探針
水解探針是 qPCR 標(biāo)記的探針,用于通過互補(bǔ)靶向特定序列。水解探針由引物、熒光報告基因和淬滅劑組成,其中報告基因發(fā)出的熒光表明與目標(biāo)序列對齊。
圖 1. 水解探針的組成部分包括互補(bǔ)寡核苷酸或寡核苷酸序列(可與目標(biāo) DNA/RNA 序列雜交的小核苷酸序列)、熒光報告基因和猝滅劑。
寡核苷酸:用于 PCR 探針的寡核苷酸是與目標(biāo)序列互補(bǔ)的 DNA 序列。
熒光報告基因:熒光報告基因是一種 5'-熒光染料。一旦檢測到目標(biāo)序列并且它與猝滅劑分離,該分子就會發(fā)出熒光。發(fā)出綠色熒光的熒光素 (FAM) 通常用作熒光報告基因。
猝滅劑:猝滅劑是一種從熒光團(tuán)吸收激發(fā)能的分子(消耗報告基因的熒光)。換句話說,淬滅劑附著在引物上,當(dāng)它們非常接近時,它會從那里淬滅熒光團(tuán)發(fā)出的熒光。常用的猝滅劑有 Black Hole Quencher 1 染料和 TAMRA。
水解探針如何工作?
在 qPCR 中,水解探針根據(jù)引物與目標(biāo)序列結(jié)合。
然后,在延伸過程中,DNA 聚合酶啟動聚合并對引物執(zhí)行 5' → 3' 核酸外切酶活性。
DNA 聚合酶從引物和猝滅劑中切下熒光報告基因。
然后,熒光報告基因和猝滅劑分離,游離熒光報告基因發(fā)出熒光。
圖 2. 水解探針與互補(bǔ)序列結(jié)合。 聚合酶(紫色箭頭)將熒光報告基因與探針分開,也將其與猝滅劑分開。 與淬滅劑的分離導(dǎo)致報告熒光。
水解探針的三個組成部分,引物、熒光報告劑和淬滅劑,連接在一起,并且它們的構(gòu)型是精確的。
考慮一個可調(diào)節(jié)的運(yùn)動重量。 兩組杠鈴被金屬桿隔開。
圖 3. 將 PCR 水解探針與啞鈴進(jìn)行比較。 啞鈴條代表探針的寡核苷酸。 兩個鈴鐺代表熒光報告基因和猝滅劑。
使用水解探針,將熒光報告基因和猝滅劑置于寡核苷酸的特定位點(diǎn); 因此,淬滅劑總是淬滅來自報告基因的熒光,而寡核苷酸充當(dāng)連接兩個分子的橋梁。
這些水解探針具有高特異性等優(yōu)點(diǎn),因?yàn)楣押塑账嵬ㄟ^互補(bǔ)雜交與您的目標(biāo)序列結(jié)合,并且能夠進(jìn)行多重反應(yīng)。
您可以在同一反應(yīng)中使用多種引物和熒光報告基因。