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【PDB-101】2014年9月 結構生物學亮點:P2Y受體與血栓形成【搬運·翻譯】

2023-02-13 17:49 作者:從前有個ATP  | 我要投稿


? ? G蛋白偶聯(lián)受體(G protein-coupled receptor, GPCR)與細胞信號轉(zhuǎn)導的很多、很多方面都有關系,這使得這群小蛋白成為了不少臨床藥物的熱門靶點。參與GPCR network的PSI研究員最近報道了P2Y12受體的結構。這個受體在血小板的凝集中起著舉足輕重的作用,因而是抗栓藥物的重要靶標。一些現(xiàn)有的抗栓藥,比如氯吡格雷(波立維),就是通過與這個受體結合而起效的。PSI解析出的新結構將為開發(fā)具有更好臨床特性的新藥提供幫助。

相似中的不同

? ? 就像其他GPCR一樣,P2Y12受體(上圖結構來自PDB條目4pxz)具有七根標志性的跨膜螺旋。不過,它與它同族們的結構倒也不是沒有區(qū)別。舉個栗子,其他GPCR的第五根螺旋(對應上圖中間那根斜著的綠色螺旋)中部存在一處彎折,但P2Y12受體的這根螺旋卻又長又直。此外,就如下文即將詳細闡述的那樣,P2Y12受體的配體結合位點并未暴露在外:數(shù)個環(huán)結構扣在配體(上圖中梅紅色)的頭上,將結合位點覆蓋得嚴嚴實實。

蛋白工程乃成功之母

? ? 在嘗試解明P2Y12受體結構的過程中,PSI的研究人員們再一次祭出了此前屢試不爽的GPCR結構研究神器。他們對受體進行改造,將一分子細胞色素b562插入受體第五根螺旋與第六根螺旋之間的環(huán)中間。這個被插進來的小蛋白就如一個把手,使本來喜歡“打滑”的受體們憑借于它堆疊在一起,結出漂亮的晶體。這張圖上的晶體網(wǎng)格當中,一個受體分子以紅色高亮顯示,與它連接的細胞色素分子以橙色高亮顯示。除這些之外,結晶過程還需要一種類似于脂質(zhì)的去垢劑(綠色),它的作用是把受體的跨膜部分粘在一起。

一開一關,明了簡單

? ? 分別來自PDB條目4pxz和4ntj的兩個結構展示了P2Y12受體配體結合位點驚人的構象變化。結合的是拮抗劑時,受體上部的構象較為開放,配體結合位點周圍的環(huán)大都呈無規(guī)則狀態(tài),說明它們處于運動之中。然而,當結合的是激動劑時,配體結合位點周圍的環(huán)就會蓋在激動劑上,形成一個與外界隔絕的口袋。如想更為細致地探索這兩個不同的結構,請前往原網(wǎng)頁查看可互動的JSmol文件。

P2Y受體(PDB條目4pxz與4ntj)

ATP注:圖左結合的是拮抗劑,右結合的是激動劑。

? ? (ATP注:原文作者把這個小標題里第一個PDB號寫錯了,我這里改了過來。)

? ? 原網(wǎng)頁的JSmol界面展示了P2Y12受體的兩個結構。當與一個抗栓藥分子——也就是阻斷受體功能的拮抗劑——結合時,受體的結構比較開放,同時數(shù)個參與配體結合的環(huán)表現(xiàn)出無規(guī)則結構。而與一個帶有化學修飾的ADP分子——是個激活受體的激動劑——結合時,受體則將配體包裹起來,與外部隔絕。通過點擊原網(wǎng)頁界面下方的按鈕,你可以比較兩個結構的不同,或是改變蛋白的畫風。

? ? 17號之后我就要去預先體驗大學生活了(預科),本期估計是近期最后一更……開了學之后就鬼知道能什么時候更新了_(:з」∠)_不過無論如何,翻譯有趣的科普文章和寫有關離子通道的東西是我的個人愛好,我是不可能放棄這塊兒的,只是今后頻率會低很多……(遙遙無期的)下一期應該會是CXCR4~

? ? 本期主人公P2Y12受體是P2Y受體家族的一員,它們屬于A類GPCR,是一群其實底物并不限于嘌呤核苷酸的嘌呤能受體(purinergic receptor)。舉些例子,P2Y11的天然配體有ATP和UTP,P2Y6的有UDP和UTP,而P2Y14最有意思,它可以被UDP-葡萄糖激活,就是那個生化書上出現(xiàn)的用來合成糖原的家伙。扯句別的,嘌呤能受體中除了P2Y這一家之外還有兩家,三家又被歸為兩大類,區(qū)別在于配體的種類:天然配體是核苷的一類叫P1,更廣為人知的叫法是腺苷受體;天然配體是核苷酸的一類叫P2,其中除了P2Y外,還有一家叫P2X的受體。與P2Y不同,P2X不是GPCR,而是一幫ATP門控的陽離子通道,其結構與一家名叫上皮鈉通道(epithelial sodium channel, ENaC)的鈉通道十分相似,進化淵源可能也較近。跟P2Y們一樣,P2X們的職責五花八門,舉個例子的話,疼痛感知中就有它們的參與。好了,說回到P2Y受體。本文的主角P2Y12或許是P2Y受體中最出名的成員,因為ADP對血小板聚集的促進作用主要就是由它介導的。剛好,不少惡名昭彰的疾病都與不當?shù)难ㄐ纬捎嘘P,P2Y12就順理成章地成為了多種抗栓藥的迫害對象。不過,P2Y12的工作并不止于促進血小板聚集,就算是血小板上的P2Y12也是如此。比如說啊,研究表明,血小板上的P2Y12很可能是一個潛在的促炎因子,其對炎癥反應的調(diào)控作用至少部分地是通過介導血小板與白細胞間的直接互作產(chǎn)生的。有一項針對過敏性支氣管哮喘的研究發(fā)現(xiàn),白三烯LTE4可以促進敏化后的易感小鼠的免疫細胞向肺部聚集,而耗竭血小板或給以氯吡格雷(上文出現(xiàn)過的P2Y12拮抗劑)都能阻止這一過程。更有意思的是,另有一項研究表明,普拉格雷(也是個P2Y12拮抗劑)可以緩解過敏性哮喘患者肺部對刺激性物質(zhì)的過度反應??催@樣子,學界將來迫害P2Y12的興趣怕是只會有增無減。


? ? 因技術與能力限制,請前往原網(wǎng)頁以查看原文中所有超鏈接以及可互動的JSmol文件。

? ? 強烈推薦去PDB-101官網(wǎng)查看原文,順便探索一下這個干貨滿滿的科普平臺。

作者:David S. Goodsell

原文網(wǎng)址:https://pdb101.rcsb.org/learn/structural-biology-highlights/p2y-receptors-and-blood-clotting

結構生物學亮點文章目錄:https://pdb101.rcsb.org/learn/structural-biology-highlights/index

PDB-101首頁:https://pdb101.rcsb.org/

RCSB PDB首頁:https://www.rcsb.org/

封面來源:Cattaneo, M. New P2Y12 Inhibitors. Circulation 121, 171-179 (2010). DOI: 10.1161/CIRCULATIONAHA.109.853069

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