在多年的兩棲行動實踐中，英國皇家海軍和美國海軍都發(fā)現(xiàn)他們的登陸艇攻擊波經(jīng)常偏離航線，錯過它們原定要登陸的海灘。于是，1942年1月，英國決定將一些希金斯登陸艇進行改裝，他們稱之為“勘探登陸艇”，LCP（Sy）（Landing Craft Survey）。每個艦隊的其中一艘登陸艇都將會加裝一個額外的羅盤，一個表格桌和一臺微波雷達。與之相對來說出現(xiàn)更晚的美國同類即56英尺（約17米）長的LCC（Landing Craft Control）控制登陸艇。大西洋艦隊兩棲部隊在1942年10月31日首次提議創(chuàng)造LCC控制登陸艇，在北非登陸之后的一份12月16日的訊息中又再次強調了支援登陸的控制登陸艇的重要性?；鹁嫘袆尤庋劭梢姷恼故玖说顷懲г谇巴┑穆飞鲜怯卸嗳菀酌月??？刂频顷懲У南敕ㄖ笤诘顷懲瘑T會（Landing Boat Board）1942年12月31日的報告（即6-42號報告）中被委員會所認可。委員會考慮到引導艇比先前他們在8月建議制造的LCS（L）（Landing Craft Support Large）大型支援登陸艇要更重要，因此委員會建議暫時擱置LCS（L）的研發(fā)工作，把工作重點轉移到LCC控制登陸艇上——另外，艦船局之前就已經(jīng)聲明他們無法提供LCS（L）的理想?yún)?shù)。

登陸艇委員會要求控制登陸艇的尺寸要有50-60英尺（約15到18米）長，艇寬最大15英尺（約4.6米），最大重量50000磅（約22.7噸）（即在攻擊貨船的起重吊臂的起吊能力內(nèi)）。委員會想要它有至少17節(jié)的航速，使用2臺標準225馬力的格雷海事公司（Gray Marine）柴油機，巡航航程500海里。其武裝配置為4座雙聯(lián)裝0.50口徑（12.7毫米）機槍，同時還擁有四分之一英寸（6.35毫米）STS（Special Treatment Armor）裝甲的防護（雖然只保護艦橋）。由于控制登陸艇要在海灘外以5節(jié)的航速緩慢游蕩，因此它需要足夠的龍骨面積來保證它在這個航速下保持可控。它的艇載裝備將包括一個正在研發(fā)的小艇用陀螺儀羅盤，三臺標準TCS電臺，一臺特殊ZBX無線電接收機，一臺QBG被動聲吶，一臺聲吶回波測深儀，一臺航位推算描繪儀，以及2臺8英寸（203.2毫米）信號探照燈。同時它還將裝有煙霧發(fā)生器。

1943年1月4日，海軍作戰(zhàn)部副部長（Vice Chief of Naval Operation，VCNO）和海軍部長都批準了登陸艇委員會的報告。控制登陸艇的研發(fā)工作非?？欤驗榕灤衷缇鸵呀?jīng)設計了必要的艇體，這個艇體之前是為未成的LCS（L）支援登陸艇設計的。1月17日的一次會議上給出了一份能夠15.25節(jié)航行的登陸艇的草圖設計。這份設計里，原計劃安裝的4座雙聯(lián)裝0.50口徑機槍里前方有一座為了節(jié)省重量而被除去。登陸艇的艇體安排被改進，彈藥裝卸和存放也被簡化。這之后，1943年3月中旬，正式的計劃和參數(shù)被給出，被稱為LCC Mk 1型。主要的變動只是在6月重新設計了登陸艇的控制室。此外，LCC控制登陸艇在完成時都裝備了一臺SO系列短程雷達，裝在可收放桅桿上以方便收入艇內(nèi)。

在Mk 1型之后，新的Mk 2型被完全重新調整了。它的雙聯(lián)0.50口徑機槍又被減少一座——其機槍座為一前一后，而不是先前的艦橋后方并排兩座加上艇艉一座。原先的2至3條為TCS電臺所用的長鞭狀天線被改為一條長的為TCS電臺所用，兩條較短的為新的SCR-610音頻無線電設備所用，用于對海灘通訊。Mk 2型的艦橋前方還有一臺固定的揚聲器，以及一臺明顯的IFF敵我識別設備天線，因此它們可以被輕易識別出來并被鎖定。Mk 2型還有一臺微縮膠片表格投影儀（NPM）。實際上，很多Mk 1型都很顯然以Mk 2型的標準完工或被改裝了——最后唯一明顯的區(qū)別就是Mk 2型的艇寬稍微更寬一些，14英尺6英寸（約4.4米），Mk 1型則是13英尺7英寸寬（約4.14米）。

除了這些正式的LCC控制登陸艇之外，海軍還使用LCS（S）（Landing Craft Support Small）小型支援登陸艇，由海軍的偵查和突襲單位駕駛，用來標記海灘。偵查版的LCS（S）被特殊消音處理，它的裝甲防護也被去除以減少它的投影面積。偵查版LCS（S）在西西里登陸期間被首次使用——而在此之前的北非登陸時，海軍使用了LCPR（Landign Craft Personnal Ramped）坡道人員登陸艇來偵查海灘，西西里登陸時也有一個單位在使用LCVP登陸艇進行偵查。因為登陸行動要在視野受限的夜間完成，因此對海灘的標記是至關重要的。一般作戰(zhàn)計劃會要求坦克登陸艦和攻擊運兵艦在登陸行動開始前約90分鐘時放出偵查艇。這些偵查艇都裝備了海軍的TBY電臺和陸軍的SCR-536電臺，夜間望遠鏡，裝在旋轉基座上的雙聯(lián)紅外（Infra-Red，IR）燈，一對裝在旋架上的裝有彩色透鏡的戰(zhàn)斗提燈。這些艇上將攜帶2名陸軍偵查兵和一個橡皮艇突襲蛙人小隊。在接近目標海灘時，偵查艇將利用在海面上的船只作為參照物來識別相應的海灘。蛙人小隊將在此時登陸，在指定的海灘上標記出其兩側，從而讓偵查艇能夠停在海灘的正中間。在這之后，偵查艇在海灘外將下錨，在行動開始時間（H-Hour）前30分鐘打開它的紅外燈，然后在行動開始時間前15分鐘開始利用信號燈發(fā)送信號。這些偵查艇都保留了LCS（S）的全部武裝，用以對付海灘上的敵方抵抗。例如，在西西里登陸期間，一艘偵查艇用它的4.5英寸（114毫米）火箭彈直接讓岸上的守軍火力啞火了。它們也將幫助指引登陸艇前往海灘。在破曉時分之后，偵查艇將作為交通控制艇。在諾曼底登陸時，LCS（S）和LCC控制艇都被偵查和突襲部隊使用，標記海灘和在敵方火力下進行持續(xù)的水文勘探。不過，LCS（S）顯然沒有在太平洋戰(zhàn)區(qū)被用作過偵查艇。

1943年11月的塔拉瓦戰(zhàn)役的教訓證明了對小型指揮艇所提供的協(xié)調能力的需求。當LVT（Landing Vehicle Tracked）履帶登陸車的前進被延遲時，這一延遲是無法通知給后方的火力支援艦的。跟美國海軍陸戰(zhàn)隊戰(zhàn)前的陸上突擊與兩棲攻擊相比，這個問題跟一戰(zhàn)時期的軍隊沒有跟上戰(zhàn)前就計劃好的徐進炮擊時所遭遇的問題并沒有太大區(qū)別。如果部隊拖延的太久，徐進炮擊在他們能夠抵達敵方位置之前就已經(jīng)停止很長時間了。如此一來，敵方將以不受壓制的狀態(tài)迎擊，他們將能夠輕易地消滅進攻部隊。

在塔拉瓦戰(zhàn)役之后的登陸作戰(zhàn)中，最初的突擊波部隊將乘坐LVT履帶登陸車上岸，而這些部隊將通過在距離海灘大約1500碼（約1372米）設立的轉移區(qū)從LCVP登陸艇轉移到LVT登陸車上。由于缺少無線電，LCVP和LVT等登陸載具只能通過附近艇上的各種視覺信號或者手提喇叭筒，揚聲器來進行管控。乘坐在其中一艘登陸艇上的登陸艇波次指揮官將只能依靠手勢信號，信號旗和閃光燈來與其它的登陸艇保持聯(lián)系。

在登陸艇前往灘頭的階段中將需要多個層次的指揮是難免的，即指揮每一波一起抵達的登陸艇集群，與此同時還要與上級單位保持聯(lián)系。各攻擊運兵艦和攻擊貨船是無法直接對登陸艇實施指揮的，因為她們無法靠近海灘。另外，登陸艇集群的機動也非常復雜。比如，單艘運兵艦是無法運載整個將營級登陸隊（Battalion Landing Team，BLT）運送上岸的登陸艇集群（通常包括6艘LCM和40艘LCVP）的，因此登陸艇控制的首要任務便是將來自攻擊貨船的登陸艇和攻擊運兵艦的師級后備登陸艇集結起來，形成登陸艇集群。

以1944年2月的埃尼威托克（Eniwetok）登陸戰(zhàn)作為例子。當時所有登陸艇都在縱深800碼（約732米）的區(qū)域內(nèi)，在各運兵艦附近集結成突擊波。在集結完畢后，它們將再航行100碼（約91米）的距離前往出發(fā)線（Line of Departure），從這里它們將一起前往海灘。這整套流程的時間是很緊張的，在一處海灘外，由8輛LVT登陸車組成的突擊波各自跟隨著對方，并有2到3分鐘的出發(fā)間隔，之后攜帶坦克的LCM機械化登陸艇將作為7波最初突擊波的第4波跟上LVT登陸車。

在太平洋戰(zhàn)區(qū)中最早形式的登陸控制組織中——即1944年1月馬歇爾群島（Marshall Islands）登陸期間，3艘獵潛艇（Subchaser，SC）將作為主要的控制艦船。指揮控制長（同時也作為灘頭管控長）將乘坐其中一艘，這艘獵潛艇一般將處于出發(fā)線上，但它可以自由活動。另外，這艘獵潛艇上還攜帶了其他的重要人員：登陸部隊指揮官的代表軍官，這名軍官被授權可以以他自己的判斷作出決定；最初突擊波的LVT登陸車營指揮官；一名登陸部隊指揮官G-4（后勤）部的代表軍官，有權確定向灘頭流動的物資情況；以及一名醫(yī)護軍官，負責考慮灘頭的傷員撤離問題。第二艘獵潛艇將一直停留在出發(fā)線上，攜帶負責執(zhí)行登陸行動的軍官。這名軍官在考慮登陸計劃，控制官的指引和團指揮官的要求之后將給出讓登陸艇波次出發(fā)的命令。第三艘獵潛艇被指派給每個登陸灘頭的團指揮官，作為與登陸部隊指揮官，登陸艇內(nèi)部隊和已經(jīng)上岸的營指揮官建立直接聯(lián)系的臨時指揮所。因為并不是特別顯眼的目標，有足夠讓它們靠近灘頭的淺吃水，但卻擁有足夠的內(nèi)部空間以容納控制團隊和他們的部隊顧問團隊，因此像獵潛艇這樣的小型反潛艇才被海軍用作了主要的登陸控制艦船。

在馬歇爾群島戰(zhàn)役期間，兩艘LCC控制登陸艇作為每個突擊領導波的側翼指引艇，在控制官的指引下控制LVT履帶登陸車的前進速度和方向。在登陸中使用LVT使整個情況都變得復雜了——最初的LVT突擊波可以直接在攻擊運兵艦上裝載部隊，但是后續(xù)的突擊波要在海面上從負責接運的LCVP登陸艇上裝載部隊，因此這兩艘控制登陸艇將作為四波直接從攻擊運兵艦上裝載的LVT突擊波的側翼指引艇，同時控制它們的方向和前進速度。它們通過特別安裝的揚聲器直接指揮LVT的行動。在第一波突擊波登陸之后，控制登陸艇將在離海灘2000碼（約1829米）的距離上占據(jù)位置，負責監(jiān)督部隊從LCVP轉移到LVT上的流程。在至少一個案例中，從內(nèi)維爾號（USS Neville，APA-9）上出發(fā)的營級登陸隊對岸突擊時，成對的LCVP登陸艇負責扮演指引每個突擊波的角色?？刂仆н€會在岸上的戰(zhàn)術情況發(fā)展時負責調控后方裝備和補給運送至岸上的流動。太平洋艦隊總司令（COMINCH）將在馬歇爾群島戰(zhàn)役期間的對登陸艇波次的抵近控制，特別是在最初突擊后對補給流動的控制作為了戰(zhàn)例典范。

然而這套控制系統(tǒng)在諾曼底登陸遭遇了失敗。當時，巡邏艇（Patrol Craft，PC）被用作了主要控制艦艇而不是獵潛艇，獵潛艇則承擔了LCC控制登陸艇的任務。這兩者都沒有接受合適的訓練，因為它們到達歐洲戰(zhàn)區(qū)的速度不夠快。巡邏艇們只接受了幾天的臨時訓令，參加了一次大規(guī)模演習，并且參加了幾次特別訓練；獵潛艇們甚至都沒有接受任何訓練。盡管當時有控制登陸艇可用，但是在登陸時卻沒有用上。在諾曼底，由于德軍在水下設置了大量的障礙物阻止大量的登陸艇正常沖灘和撤回，情況變得更加復雜。整個計劃時間表都完全崩潰了。諾曼底登陸的海軍指揮官，約翰·L·哈爾（John L. Hall）上將報告稱只有在突擊部隊副指揮官的干預下，整個情勢才得以緩和。他總結到控制艦艇的數(shù)量不足，并且推薦將一艘改裝的LCI（L）（Landing Craft Infantry，Large）大型步兵登陸艇作為理想控制艦艇。將突擊部隊在夜晚集結，之后在黎明時分出發(fā)的決定很大可能是情況混亂的部分原因。夜晚的黑暗會讓控制任何小型的沒有無線電的艦艇的企圖變得更加困難。在至少一些情況中，LCS（S）小型支援登陸艇負責領導登陸艇波次前往灘頭。

在入侵法國南部的行動中，LCC控制登陸艇與英軍的蒸汽炮艇共同負責指引淺吃水遙控掃雷艇前往灘頭?？刂频顷懲ж撠熆刂七b控掃雷艇。在它們的后方，加裝了特別用于炸開障礙物的火箭的LCM機械化登陸艇將負責對灘頭的障礙物發(fā)動掃蕩，清出一條道。每個后續(xù)的LCVP登陸艇編隊都由一艘控制登陸艇領導。那些在灘頭不需要立刻負責控制工作的控制登陸艇將回到出發(fā)線幫助指引接下來的登陸艇波次。在后期的登陸中，控制登陸艇們得到了獵潛艇的支援。在這次兩棲突擊中，DUKW（D-1942年設計，U-通用，K-前輪驅動，W-雙后車軸）兩棲卡車被作為兩棲突擊車使用，與太平洋的LVT類似。DUKW兩棲卡車們被LCC控制艇和LCVP登陸艇們共同控制，并在大約距灘頭1000碼（約914米）的距離被釋放出載艦。

在太平洋戰(zhàn)區(qū)，馬歇爾群島戰(zhàn)役期間所使用的登陸控制系統(tǒng)被擴展，以用于之后的更大型的兩棲突擊。在1944年6月的塞班島登陸期間，一整個軍團（兩個師及其支援單位）被投送到了灘頭——這其中包括了四個層次的指揮部，即軍團指揮官，師指揮官，團指揮官和營指揮官。登陸部隊控制官將乘坐一艘掃雷巡邏艇（Patrol Craft Sweeper，PCS），兩個集群控制官，每人負責一個海軍陸戰(zhàn)隊師，乘坐另外兩艘掃雷巡邏艇。后者可以自由行動，但一般會停留在他們的出發(fā)線的中央位置附近。這些艦艇將使用它們的作戰(zhàn)信息中心來保持對向灘頭前進的登陸艇的情況追蹤。它們與更高級的單位，其它控制艦艇，支援單位，登陸艇和兩棲車集群和灘頭管控長都有無線電聯(lián)系。在負責指示的控制官的指引下，它們將調控向灘頭的物資流動，防止海灘出現(xiàn)物資堆積的同時保證灘頭獲得持續(xù)的補給。由于輕量化雙頻道音頻無線電設備（即陸軍的SCR系列無線電）的出現(xiàn)，這樣的復雜協(xié)調行動現(xiàn)在已經(jīng)實際可行。

在每個集群控制官下都有兩名來自運輸艦分隊的團級控制官，乘坐在停泊于團級登陸隊出發(fā)線中央位置的巡邏艇上。登陸部隊控制官通過旗語和音頻電臺呼叫領頭突擊波到達出發(fā)線，并給予他們出發(fā)的命令。后續(xù)的突擊波由運輸艦分隊控制官根據(jù)登陸計劃發(fā)出出發(fā)命令。在全部在時間表上的突擊波沖灘之后，每一名運輸艦分隊控制官都可以在他們的團指揮官的命令下呼叫后備隊上岸。

來自攜帶第一波突擊的營級登陸隊的攻擊運兵艦的登陸艇集群指揮官將乘坐LCC控制艇，它們將像在馬歇爾群島時那樣負責引導每個團在出發(fā)線上的第一波突擊波。LCC將利用它們的雷達，在每前進500碼（約457米）之后檢查它們的位置，并在向海灘前進的途中維持統(tǒng)一的前進速度和位置。艇上的登陸艇集群指揮官也同時在每個營的灘頭區(qū)域負責近岸或次要交通控制，在運輸艦分隊控制官的指揮下工作。通過乘坐其中一艘部隊登陸艇的登陸艇波次指揮官的協(xié)助，登陸艇集群指揮官將在他們的集合區(qū)域內(nèi)控制所有登陸艇，并在回應運兵艦的要求下指引它們前往裝載位置。指揮官將領導整個登陸艇集群前往出發(fā)線，然后領導第一波突擊波前往沖擊線（Line of Breaker）。輔助登陸艇指揮官將乘坐在一艘LCPR登陸艇上，這艘LCPR登陸艇裝備了拖曳和回收裝備，消防設備，急救裝備和必要的通訊設備。在最后一波突擊波沖灘之后，他將成為他負責的海灘區(qū)域的回收官。

每個預定的突擊波都由側翼的LCVP登陸艇負責指引。戰(zhàn)后報告中提到了一些這樣做的缺陷，部分歸因于被分離的指揮控制。LVT登陸車集群從他們的陸軍或海軍陸戰(zhàn)隊指揮官處接到命令，但是負責指引他們的指引艇是接受海軍登陸部隊的控制的。這導致了一些固有的混亂問題——LVT履帶登陸車并不完全算登陸艇，但它們也不完全是陸地車輛。就他們本身而言，指引艇上的軍官沒有注意到LVT履帶登陸車的性能，而那些乘坐LVT履帶登陸車的軍官也對指引艇所接受的命令毫無察覺。另外，如果轉移區(qū)缺少無線電指引艇，也會造成一定的問題。他們有可能會在無意間將一個排拆分開來，并把控制官和LVT營指揮官做出的調整給弄混。這些問題之后促使海軍陸戰(zhàn)隊研發(fā)了一種專門用于指揮控制的LVT登陸車。

在塞班島登陸中，又出現(xiàn)了另一個問題，因為在那里有一個通向一些突擊灘頭的海峽。一艘獵潛艇和兩艘控制登陸艇在外灘被奪下之后很快就在海峽里待命了。它們管控了那些通過海峽的交通。這兩艘控制登陸艇和一艘獵潛艇在之前執(zhí)行過一次迷惑性的假登陸。

在馬里亞納群島戰(zhàn)役之后，太平洋艦隊兩棲部隊中組成了永久的指揮控制編制。這個編制在1945年2月的硫磺島戰(zhàn)役中進行了首次嘗試。與之前的幾次登陸戰(zhàn)一樣，每個層次都有各自的控制官：中央部分（集群或登陸部隊），運輸艦中隊（師級）和運輸艦分隊（團級）。每個控制官都乘坐一艘擁有特殊裝備的控制艦船，如護航巡邏艇（Patrol Craft Escort），掃雷巡邏艇，巡邏艇和獵潛艇等，并自帶一個指揮控制通訊小組和部隊顧問軍官。像之前那樣，兩名運輸艦中隊控制官將負責給發(fā)動最初突擊的5波突擊波發(fā)出出發(fā)命令（在硫磺島登陸中，這是為了在每個灘頭都進行同時登陸），在突擊波登陸之后他們將負責指揮后備波次的出發(fā)，并在岸上部隊的要求下調控補給。硫磺島登陸期間的海況很惡劣，導致一些登陸艇受損——在初次突擊之后，控制編制不得不集中精力去回收那些損壞的登陸艇和幫助正在受困的登陸艇。

戰(zhàn)爭末期的指揮控制編制的經(jīng)典例子是1945年4月沖繩島登陸期間的北方攻擊部隊（第3兩棲軍團 III Amphibious Corps，由2個海軍陸戰(zhàn)隊師組成）。北方攻擊部隊部署了1艘護航巡邏艇，5艘掃雷巡邏艇，4艘巡邏艇和9艘獵潛艇，全部都有特殊裝備。其中一艘掃雷巡邏艇被指派給了第3兩棲軍團的指揮官，另外每個海軍陸戰(zhàn)隊師的師長都有一艘掃雷巡邏艇。護航巡邏艇被分給了高級（全局）控制官，2艘掃雷登陸艇給了運輸艦中隊控制官，4艘巡邏艇給了運輸艦分隊控制官（另外還各有2艘獵潛艇作為次要控制艦艇）。剩下的獵潛艇被分給了在灘頭堡建立之前仍停留在海面上的高級灘頭管控長。如此一來，獵潛艇實際上承擔了早期控制登陸艇的大部分職責（即指揮登陸艇集群）。此時控制登陸艇已經(jīng)因為它們糟糕的自持力（撐不過幾天）而飽受詬病了，它們停留在海面的時間比實際需要它們停留的時間要短得多。不過，控制登陸艇此時仍然被用作側翼指引艇，但是這一職責實際上可以由更簡單的艦艇承擔——到了戰(zhàn)后，這個職責由LCPL登陸艇所承擔。

戰(zhàn)爭末期，有些艦艇的艦種前綴被重新指定，專用于兩棲作戰(zhàn)指揮控制，比如PCC（Patrol Craft Command）指揮巡邏艇，PCEC（Patrol Craft Escort Command）指揮護航巡邏艇，SCC（Subchaser Command）指揮獵潛艇和DEC（Destoryer Escort Command）指揮護航驅逐艦。這些艦艇中除了指揮獵潛艇之外全部都保留到了戰(zhàn)后。指揮護航巡邏艇較為特別，它們可以通過艦體上方新增設的甲板室，里面容納了一個無線電室。到了戰(zhàn)后早期，計劃者們要求擁有13艘指揮巡邏艇或等效于指揮巡邏艇的艦艇，用于支援兩個步兵師進攻8個或以上的營級登陸隊突擊海灘。海軍預計，快速運輸艦（Destroyer Transport，APD）將會取代沖繩島戰(zhàn)役時的護航巡邏艇和2艘掃雷巡邏艇的位置，指揮巡邏艇取代4艘巡邏艇和9艘獵潛艇的位置。LCPL登陸艇將負責指引登陸艇攻擊波和在側翼擔任指引任務。到了1953年，快速運輸艦取代了全部僅存的早期特化控制艦艇，即DEC，PCEC和PCC。不像這些只用于登陸指揮控制的專用艦體，快速運輸艦在灘頭被奪下之后可以承擔除了指揮控制之外的任務。快速運輸艦內(nèi)部還有足夠的空間用于容納戰(zhàn)術后勤團隊，這支團隊將會代表海軍指揮控制編制中已經(jīng)上岸的部隊，并且作為控制官的顧問。因為快速運輸艦擁有如此高的價值，她們被海軍一直保留在現(xiàn)役艦隊中，服役到1960年代末到1970年代初，并且決定將她們加入艦隊恢復與現(xiàn)代化改造計劃中，并且作為海軍長期造艦計劃中新的快速運輸艦的臨時替代品。除了能作為兩棲部隊的旗艦之外，快速運輸艦還因為她們能夠運送特種部隊上岸——就像在朝鮮戰(zhàn)爭時期她們執(zhí)行的各種特種行動——的能力而受到了海軍的重視。1969年，海軍將所有兩棲艦船前綴的A（Attack或Amphibious）字母全部改為L（Landing）字母時，快速運輸艦們的前綴沒有被直接改成LPD（另外，這一前綴已被兩棲船塢運兵艦，Amphibious Transport Dock所占用），而是改成了LPR（Amphibious Transport Small），即小型兩棲運輸艦。

海軍有時候也用一些其它的船只承擔兩棲指揮任務，因此在1950年代早期，一艘巴內(nèi)加特級小型水機支援艦，雪利科夫號（USS Shelikof，AVP-52），被用來容載登陸艦部隊指揮官和他的參謀人員。

除了這些艦艇之外，LCI（L）大型步兵登陸艇也被用作了指揮控制旗艦。在1943年1月，海軍決定將一些LCI（L）改裝成艦隊旗艦，并裝有為艦隊指揮官，醫(yī)生，軍需官，通訊和工程兵準備的特殊設施。不過，這些大型步兵登陸艇沒有被指定特殊舷號。為了入侵西西里，8艘大型步兵登陸艇被奎宿五號維修艦改裝成了緊急團級指揮旗艦。這些大型步兵登陸艇之后又被用在了撒萊諾登陸行動中，因為計劃中將被使用的控制艦艇（巡邏艇和獵潛艇）當時不能及時可用，于是大型步兵登陸艇臨時充當了這一職責，并接受了入侵前的訓練。它們作為指揮旗艦的運用很成功，盡管它們?nèi)鄙賹Ш皆O備。根據(jù)第八艦隊的戰(zhàn)后報告，它們很適合用于近岸交通控制，因為它們的吃水很淺。在諾曼底，LCI（L）被用作了運輸單位的指揮控制單位（即登陸艇船隊的旗艦），同時也被用作本地指揮部艦。在法國南部，11艘LCI（L）安裝了額外的通訊設備，被成為LCI（L）（C），或者直接稱為指揮型大型步兵登陸艇。

到了1944年秋，海軍中已經(jīng)覺察到登陸艦和登陸艇艦隊對一艘專用旗艦的需求。比如，部署在西南太平洋戰(zhàn)區(qū)的第5坦克登陸艦艦隊（LST Flotilla 5），想要將其艦隊中下屬的其中一艘坦克登陸艦改裝成旗艦。但是，這一舉動會導致艦隊損失寶貴的運力，因為被改成旗艦的坦克登陸艦已經(jīng)無法保留原來的全部運力了。于是，與其改裝寶貴的坦克登陸艦，海軍決定將LCI（L）大型步兵登陸艇改裝成旗艦。犧牲一艘大型步兵登陸艇的載力對整個艦隊的載力是影響是很小的。太平洋艦隊總司令（commander-in Chief Pacific Fleet，CINCPAC）在1944年11月11日正式提議進行對大型步兵登陸艇的改裝，盡管改裝計劃已經(jīng)至少開始一個月了。比如，10月27日時第5坦克登陸艦艦隊的提議被正式拒絕，理由是現(xiàn)在正在進行大型步兵登陸艇改裝旗艦的計劃。

改裝的成果就是LC（FF）（Landing Craft Flotilla Flagship）艦隊旗艦登陸艇。作為被正式改裝的大型步兵登陸艇，它們的改裝更加詳盡。它們的理念最初是1944年9月由部署在西南太平洋戰(zhàn)區(qū)的第7艦隊（Seventh Fleet）基于各種類型的登陸艇組成的艦隊需要在同樣形式的登陸艇上容納他們的指揮官和參謀人員的考慮提出的。原LCI（L）的部隊軍官艙室可以改做艦隊指揮官艙室，而他的8名參謀軍官可以在3號部隊艙室里居住，另外21名負責支援的士兵可以在1號部隊艙室里打地鋪。4號部隊艙室將用于存放自持用品。2號部隊艙室將改做辦公室。LCI（L）原有的一對標準20千瓦柴油發(fā)電機被換成30千瓦柴油發(fā)電機。另外，艇上還裝上了一套每日蒸餾能力2000加侖（約7571升）的蒸餾水設備。LC（FF）的改裝在10月19日被太平洋艦隊總司令批準——因為改裝所犧牲的載力在可接受的范圍內(nèi)。1944年11月11日，艦船局提交了一份可行性研究報告。局里的設計師已經(jīng)弄明白了安裝各種旗艦設備的后果。于是，5艘LCI（L）可以馬上被征用進行改裝，另外還有24艘用于訓練大西洋艦隊兩棲部隊的LCI（L）可以被釋放出來用于改裝。第一批改裝的艦隊旗艦登陸艇為LCFF-629到993，提供給LSM（Landing Ship Medium）中型登陸艦艦隊，其容納的指揮部人員為7名軍官和11名士兵；LCFF-994和LCFF-995提供給坦克登陸艦艦隊，其指揮部人員為7名軍官和14名士兵；LCFF-997和LCFF-998提供給LCT（Landing Craft Tank）大型坦克登陸艇艦隊，其指揮部人員為4名軍官和12名士兵；LCFF-985提供給LCS（L）（Landing Craft Support Large）大型支援登陸艇艦隊，其指揮部人員為9名軍官和20名士兵；最后，LCFF-627和LCFF-628提供給LCI（L）大型步兵登陸艇，指揮部人員為9名軍官和21名士兵。它們的改裝全部都在珍珠港（Pearl Harbor）完成。最終，49艘LC（FF）艦隊旗艦登陸艇完成了改裝：LCFF-367~370，LCFF-399，LCFF-423~427，LCFF-484~486，LCFF-503~504，LCFF-531~533，LCFF-353~536，LCFF-569，LCFF-571~572，LCFF-575，LCFF-627~628，LCFF-656~657，LCFF-679，LCFF-775，LCFF-782~783，LCFF-786，LCFF-788~793，LCFF-988，LCFF-994~995，LCFF-998，LCFF-1031，LCFF-1079~1083。艦隊旗艦登陸艇在沖繩島戰(zhàn)役被首次使用，而它們直到戰(zhàn)爭結束時仍處在試驗階段。它們實際上并不是完全適合它們的職責。它們的航速很慢，內(nèi)部空間不足，防空武器的數(shù)量也不夠。內(nèi)部空間不足導致它們無法整合雷達和導航標圖室到一起，居住空間的大小也出現(xiàn)了不足。到了戰(zhàn)后的1945年10月，太平洋艦隊建議將LC（FF）用露天甲板完全蓋住的改裝LSM中型登陸艦完全取代。但是，這一建議從未被實現(xiàn)過。