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生信人R語言學(xué)習(xí)必備

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（56線程，256G內(nèi)存，個人存儲1T）

各位小伙伴們好呀！小果今天為大家?guī)砹艘粋€整合癌癥單細(xì)胞數(shù)據(jù)集的在線分析工具——TISCH（腫瘤免疫單細(xì)胞中心）。

在目前已有的大多數(shù)據(jù)庫中，CancerSEA、scRNASeqDB、SCPortalen、PanglaoDB和JingleBells等均已經(jīng)有系統(tǒng)地收集和整理單細(xì)胞數(shù)據(jù)集的工作，而其中僅有CancerSEA與癌癥相關(guān)，且它僅關(guān)注癌細(xì)胞，而不考慮TME中的免疫細(xì)胞或基質(zhì)細(xì)胞。小果所提到的TISCH則旨在以單細(xì)胞分辨率破譯TME的復(fù)雜組成部分，其構(gòu)建了一個包含27種癌癥類型的76個高質(zhì)量腫瘤數(shù)據(jù)集的scRNA-seq圖譜，這些數(shù)據(jù)集均按照標(biāo)準(zhǔn)化的工作流程進(jìn)行統(tǒng)一處理，包括質(zhì)量控制、批量效應(yīng)去除、聚類、差異表達(dá)分析、分級分級細(xì)胞類型注釋、惡性細(xì)胞分類和功能富集分析。

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TISCH工作流程和功能概述。TISCH自動解析和整理來自GEO或Array Express數(shù)據(jù)庫的腫瘤單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)集。然后用標(biāo)準(zhǔn)化的工作流程對所有數(shù)據(jù)集進(jìn)行統(tǒng)一處理，包括質(zhì)量控制、批次效應(yīng)去除、細(xì)胞聚類、差異表達(dá)分析和多層次的細(xì)胞類型注釋。TISCH中的每個數(shù)據(jù)集都顯示了相關(guān)的研究信息，包括物種、治療、患者和細(xì)胞數(shù)量、技術(shù)平臺、階段和相關(guān)研究。在數(shù)據(jù)集模塊中，TISCH提供了兩個功能:單數(shù)據(jù)集探索和多數(shù)據(jù)集比較。在Gene模塊中，TISCH允許跨多個數(shù)據(jù)集和細(xì)胞類型的單個基因表達(dá)可視化。TISCH還支持下載表達(dá)矩陣、DE基因表和每個數(shù)據(jù)集的元信息。

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小果也使用了該工具搜索了一些基因并進(jìn)行了一些分析，以下是CCR8基因在所有癌癥類型和物種中的搜索結(jié)果

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熱圖顯示了所有數(shù)據(jù)集中不同細(xì)胞類型中CCR8的表達(dá)，顏色深淺表示該基因的表達(dá)水平。

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網(wǎng)格小提琴圖反映了所有具有Treg細(xì)胞的數(shù)據(jù)集中不同細(xì)胞類型的基因表達(dá)分布。

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以上就是小果分享的腫瘤免疫學(xué)單細(xì)胞分析的強(qiáng)力工具TISCH，趕快學(xué)習(xí)使用起來吧！

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