引物設計三劍客！引物設計最推薦用Primer Premier搭配Oligo ?。ê惭b包以及教程）
在當今分子生物學研究中，PCR技術已成為使用最多，最廣泛的技術之一。而引物設計是PCR技術中至關重要的一環(huán)。現(xiàn)在PCR引物設計都通過計算機軟件進行。目前具有引物設計功能的軟件雖然有很多，但是大部分軟件的引物設計功能不很強。
根據(jù)過往的經(jīng)驗以及一些專業(yè)人士給出的建議，引物設計軟件的最佳搭配是Oligo 和Premier ，以Premier進行自動搜索，Oligo進行分析評價，這樣可設計出成功率很高的引物，速度又快效果又好！
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Primer Premier 5、Primer Premier?6、?Oligo6?、Oligo?7、引物設計教程，在科研根號三公眾號回復”軟件24256”下載！
引物的自動搜索和評價分析
建議Primer Premier 和?Oligo 搭配使用。
這兩個軟件的引物設計功能主要體現(xiàn)在兩個方面：
①引物分析評價功能：該功能只有少數(shù)商業(yè)版軟件能夠做到，其中以Oligo 軟件最優(yōu)秀；
②引物自動搜索功能：自動搜索功能以Premier 為最強且方便易用，Oligo軟件其次，其他軟件如Vector NTI Suit, Dnasis, Omiga, Dnastar都帶有引物自動搜索功能，但搜索結果不是十分理想。在自動搜索的基礎上，還要對引物輔以人工分析，以得到最佳設計的引物。
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1、Primer Premier 安裝
Primer Premier 安裝包有Primer Premier 6.0以及Primer Premier 5.0.
很多人人習慣于用5.0這個經(jīng)典版本，并且認為比后來的更新版本更好用。
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Primer Premier 6.0安裝比較簡單，安裝包和安裝步驟文件已經(jīng)分享在網(wǎng)盤文件內~
本文只展示Primer Premier 5.0的安裝步驟。
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下載安裝包之后，根據(jù)電腦位數(shù)選擇對應的安裝包進行安裝。
windows64位就選序號2的安裝包，32位就選擇序號1的安裝包。
安裝包在文首下載！
雙擊Primer Premier 5.0應用程序打開軟件。（綠色版沒有安裝步驟，雙擊就能打開軟件主頁面）
打開Primer Premier 5.0后會有兩個error的提示，關掉提示的error就可以。
Primer Premier 5.0出現(xiàn)這個頁面之后不用管，這個頁面會自動關掉，之后會彈出下一步的操作頁面。
在Primer Premier 5.0以下彈出來的頁面中點擊Activate product激活軟件。
打開下載的安裝包中的注冊機應用程序。
注冊機打開頁面如下。
在注冊機machine ID上，輸入Primer Premier 5.0?Activate product激活頁面上的machine ID，再點擊Generate。
上一步點擊Generate之后，會生成Activate key。
將注冊機上生成的Activate key輸入到Primer Premier 5.0?Activate product激活頁面上的Activate key中。
輸入完成之后Primer Premier 5.0?程序激活成功。
打開軟件頁面如下，正常使用。
注意：
打開軟件如果提示error，不用管，點擊ok就可以。
打開軟件如果出現(xiàn)閃退現(xiàn)象，再次打開軟件就可以正常使用。
注意：軟件激活完之后不會自動創(chuàng)建快捷方式，需要在安裝包內將軟件創(chuàng)建快捷方式到桌面。
另外安裝包可以放在電腦的任意磁盤，記住，不要刪掉安裝包！
2、Oligo?安裝
在本文分享的Oligo安裝包中，有Oligo?6和?Oligo?7的安裝包。
安裝包在文末下載！
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Oligo?6，雙擊Oligo?6應用程序就能使用。（綠色版沒有安裝步驟，雙擊就能打開軟件主頁面）
Oligo?7，需要注冊機激活才能使用。
打開Oligo?7安裝包文件夾，雙擊運行“Oligo 7”應用程序
oligo7的運行環(huán)境需要JRE 1.4及以上版本方能正常使用，所以用戶在安裝oligo前請先保證電腦中已將安裝了java。
如果提示“This application requires a Java Runtime Environment1.4.0（此應用程序需要Java運行時環(huán)境1.4.0）”，就需要安裝java。
在彈出來的頁面中點擊“確定”，之后會打開瀏覽器進入到java下載頁面
點擊【下載java】
點擊【安裝】
根據(jù)安裝步驟，完成java安裝。
安裝完java之后，重新回到Oligo 7安裝文件中，繼續(xù)Oligo 7安裝。
雙擊Oligo 7應用程序，進入到軟件激活的頁面。（綠色版沒有安裝步驟，雙擊就能打開軟件主頁面）
打開Oligo 7注冊機。
打開的注冊機如下。
將ologo 7 軟件激活頁面上的workstation code復制粘貼到注冊機上的workstation code，再點擊注冊機上的Generate按鈕。
上一步在注冊機上點擊Generate之后，注冊機上會生成Acesscode。
將注冊機上的AcessCode復制粘貼到oligo7激活頁面上的Acess Code內。
在oligo7激活頁面點擊Confirm code，到這里就完成oligo7的激活了。
oligo7軟件打開頁面如下。
之后就可以在在Gene Bank 查找目標基因的目標序列進行引物設計了。
注意：軟件激活完之后不會自動創(chuàng)建快捷方式，需要在安裝包內將軟件創(chuàng)建快捷方式到桌面。
另外安裝包可以放在電腦的任意磁盤，記住，不要刪掉安裝包！
3、Primer Premier 5搭配?Oligo 6設計引物
在安裝包內，我把Oligo 和Premier設計引物的教程都準備好了，
教程在文末下載！
①用Premier 5 和Oligo 6進行引物設計。
②Premier 5 中文使用手冊。
4、線上引物設計工具推薦
另外分享3個好用的免費在線引物設計工具
Primer-Blast、Primer3 Plus、PrimerBank
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①NCBI 的 Primer-Blast
這個在線軟件整合了經(jīng)典的引物設計軟件Primer3，整合了 NCBI 的 Blast 功能進行引物特異性的驗證。
網(wǎng)址：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
也可以從 Blast 主頁（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/）查找對應的功能。
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②Primer3 Plus
Primer3是一個非常簡單卻高效的在線引物設計網(wǎng)站。只需在目標序列中粘貼DNA序列后點擊搜索即可?？赏ㄟ^對產(chǎn)物大小、引物大小、Tm范圍和其他參數(shù)的設置來篩選引物。
網(wǎng)址：http://www.primer3plus.com/cgi-bin/dev/primer3plus.cgi
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③PrimerBank
PrimerBank 是一個 PCR 引物的公共數(shù)據(jù)庫。其引物可以用于 PCR 或 qPCR，共包含超過 306800 個引物，涵蓋大多數(shù)已知的人和小鼠基因。
網(wǎng)址：http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/。
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5、物設計的原則與考慮因素
最后整理了一份引物設計原則與考慮因素的表格，可以作為參考，有需要的可以保存圖片或者收藏文章。
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