根據(jù)其來源，MD模擬軟件可以分為商業(yè)軟件和開源軟件兩大類型。一般來 說，商業(yè)軟件具有更好的圖形界面，使用更加方便；相反，開源軟件的圖形界面 可能較差，使用不夠方便。但是，商業(yè)軟件一般不提供源代碼，用戶不能修改或 改進(jìn)程序；而開源軟件提供源代碼，用戶可以自行改進(jìn)程序，甚至進(jìn)行二次開 發(fā)。因此，以MD模擬作為實(shí)驗(yàn)研究輔助手段的用戶，可以選購合適的商業(yè)軟 件，以提高工作效率。但是，科研經(jīng)費(fèi)不十分充裕的用戶，完全可以選擇開源軟 件開展工作；或者，在開展MD模擬的起始階段選擇開源軟件進(jìn)行工作，待積 累足夠的工作經(jīng)驗(yàn)和研究成果后，再選購合適的商業(yè)軟件。這樣，可以節(jié)省科研 經(jīng)費(fèi)，減少浪費(fèi)。

衡量MD模擬軟件的第二個(gè)要素指標(biāo)是程序運(yùn)行的操作系統(tǒng)。運(yùn)行于Win- dows操作系統(tǒng)的MD模擬軟件，一般具有優(yōu)秀的圖形界面，使用方便，特別適 合初學(xué)者和偶然使用者使用。相反，運(yùn)行于Linux操作系統(tǒng)的MD模擬軟件， 有時(shí)沒有圖形界面或圖形界面較差，使用不夠方便，尤其是對初學(xué)者和偶然使用 者。但是，在Linux操作系統(tǒng)下用戶不需要在計(jì)算機(jī)的本地使用系統(tǒng)，可以通過 互聯(lián)網(wǎng)遠(yuǎn)程登錄計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，十分方便。在Windows操作系統(tǒng)下，用戶雖可以 通過遠(yuǎn)程桌面登錄計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，但終究沒有使用Linux操作系統(tǒng)的遠(yuǎn)程終端方 便。此外，Linux操作系統(tǒng)是多用戶系統(tǒng)，當(dāng)多個(gè)用戶同時(shí)使用計(jì)算機(jī)系統(tǒng)時(shí), 相互間沒有任何干擾，有利于系統(tǒng)管理。事實(shí)上，大多數(shù)MD模擬軟件具備不 同版本，可以分別運(yùn)行于不同的操作系統(tǒng)。

衡量MD模擬軟件的第三個(gè)要素指標(biāo)是軟件的應(yīng)用領(lǐng)域。許多MD模擬軟 件，如生物化學(xué)中常用的AMBER程序和CHARMM程序等，專門為某一應(yīng)用 領(lǐng)域開發(fā)，功能強(qiáng)大，使用方便。但是，當(dāng)將這些程序應(yīng)用于其他領(lǐng)域時(shí)，常顯 得不夠靈活，難以適應(yīng)用戶的需要。與專用MD模擬程序主要適用于某些領(lǐng)域 的模擬對象不同，通用MD模擬程序不是針對某些應(yīng)用領(lǐng)域的模擬對象而專門 開發(fā)，可以方便地應(yīng)用于各種模擬對象的模擬。通用MD模擬程序一般具有更 多、更靈活的勢函數(shù)形式，可以自行設(shè)置各種勢函數(shù)參數(shù)等，適用性更強(qiáng)。但 是，在使用通用MD模擬程序時(shí)，用戶通常需要輸入幾乎所有勢函數(shù)參數(shù)及其 他模擬參數(shù)，沒有專用程序方便。

以上是有關(guān)MD模擬程序的要素指標(biāo)，下面介紹MD模擬程序的效率指標(biāo)。

并行計(jì)算及其加速比是與MD模擬效率關(guān)系最大的指標(biāo)。目前，幾乎所有 的MD模擬程序都可以并行運(yùn)行，但也有少數(shù)MD模擬程序仍發(fā)布串行版程序。 特別是一些商業(yè)MD程序，常發(fā)行免費(fèi)的串行版程序供用戶試用。用戶必須注 意，如果在開始階段試用了免費(fèi)的串行版商業(yè)MD程序，但串行版MD程序又 不能滿足實(shí)際模擬需要，同時(shí)又沒有充足的經(jīng)費(fèi)購置并行版的MD程序，那么 這時(shí)，不得不切換到其他MD程序，浪費(fèi)很多時(shí)間。

MD模擬算法可擴(kuò)展性良好，非常容易并行運(yùn)行。大多數(shù)MD模擬程序具有 很高的并行加速比，有的程序，即使在上千個(gè)CPU上并行運(yùn)行，也具有相當(dāng)高 的并行效率。

目前，常用的 MD模擬程序包括 AMBER, CHARMM, GROMACS, NAMD, TINKER, DL_POLY, Materials Studio 等。