為了取得合理的初始構型，先進行經(jīng)典MD模擬，取得平衡構型，然后在 此構型基礎上進行CPMD模擬。模擬體系包括5個甲醇分子、11個水分子和1 個質(zhì)子。在經(jīng)典MD模擬中水分子采用剛性的TIP3P力場模型，水合氫離子 采用類剛性TIP3P力場模型，甲醇分子采用全原子力場模型。模擬中心 元胞是邊長約8A的立方體，采用Nos&Hoover算法調(diào)控溫度和壓力，實現(xiàn) NPT系綜。模擬采用DL _ POLY程序，利用Verlet算法進行數(shù)值積 分，時間步長為1fs,總共進行1 000 000步模擬。

完成經(jīng)典MD模擬取得體系的平衡構型后，轉入AIMD模擬步驟。在 AIMD模擬中采用CPMD程序，利用BLYP交換和相關密度泛函計算交換能 和相關能，電子波函數(shù)的虛擬質(zhì)量取600a. u. 模擬采用Troullier-Mar- tins贋勢，平面波基函數(shù)，截斷能量為136.06eV。模擬體系被施加周期性邊界條件，中心元胞的邊長約7.99A。模擬時，采用Nose-Hoover鏈算法調(diào)控溫 度以實現(xiàn)NVT系綜，模擬溫度為400K。為了降低氫原子核的量子效應，所 有氫原子都采用其同位素氘。數(shù)值積分采用蛙跳算法，積分時間步長為3.5a.u. （0. 084 66fs）。總共模擬200 000步，前100 000步為準備步，使體系達到平衡, 后100 000步為計算步，用于統(tǒng)計系統(tǒng)的性質(zhì)。