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瘤微環(huán)境是腫瘤細(xì)胞所處的細(xì)胞環(huán)境，其組成包括細(xì)胞外基質(zhì)、可溶性分子和腫瘤基質(zhì)細(xì)胞。腫瘤微環(huán)境一旦形成，眾多免疫細(xì)胞，如T細(xì)胞、髓源抑制細(xì)胞、巨噬細(xì)胞等，都被催化至此，構(gòu)成腫瘤的微環(huán)境，計(jì)算免疫細(xì)胞評(píng)分，基質(zhì)細(xì)胞評(píng)分，腫瘤純度對(duì)探索和理解腫瘤的發(fā)生和發(fā)展有著很重要的意義。本分析軟件通過(guò)利用基因表達(dá)數(shù)據(jù)估計(jì)惡性腫瘤組織中的間質(zhì)細(xì)胞和免疫細(xì)胞，估計(jì)腫瘤樣本的基質(zhì)分數(shù)(stromal?score?)和免疫分數(shù)(immune?score)，用于代表基質(zhì)和免疫細(xì)胞的存在。兩個(gè)分數(shù)相加即得到estimate?score，可用于估計(jì)腫瘤純度，進(jìn)一步結(jié)合樣本分組文件，觀察不同表型下樣本的免疫與腫瘤純度是否存在顯著差異，為后續(xù)進(jìn)一步研究提供參考。用戶只需要輸入基因表達(dá)矩陣以及樣本的表型信息，軟件將自行計(jì)算出各個(gè)樣本的免疫分數(shù)、基質(zhì)分數(shù)以及腫瘤純度，同時(shí)結(jié)合樣本分組繪制不同組別下各個(gè)指標(biāo)的箱式圖。

使用方法：

Rscript??estimate.R??-exp.file=???-pheno.file=

參數(shù)說(shuō)明：

USAGE:

estimate.R?-exp.file=,-pheno.file=

PARAMETERS:

-exp.file???????the?gene?expression?matrix?,gene?symbol?as?row,sample?as?column?,input?txt?format?with?tab-separated.

-pheno.file?????the?sample?group?file?,the?first?column?is?sample?name,the?second?column?is?the?classification?labels,?input?txt?format?with?tab-separated.

操作步驟：

1、打開(kāi)命令行界面，輸入“Rscript?estimate.R”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說(shuō)明內(nèi)容，對(duì)參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里，必須輸入參數(shù)有2個(gè)，分別是-exp.file，表示處理好的基因芯片表達(dá)譜數(shù)據(jù)，如果是測(cè)序數(shù)據(jù)，需要進(jìn)行FPKM或RPKM標(biāo)準(zhǔn)化并進(jìn)行log轉(zhuǎn)化；-pheno.file表示樣本分組文件，第一列為樣本名稱，列名為“sample”，第二列為對(duì)應(yīng)的分組，列名為“Group”。

3、完成參數(shù)提交后，按下回車(chē)鍵，整個(gè)程序即正式開(kāi)始進(jìn)入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會(huì)給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會(huì)顯示“Program?execution?is?completed”結(jié)束語(yǔ)。

流程圖：

結(jié)果展示：

1.est_score.tsv（各個(gè)樣本的StromalScore、ImmuneScore、ESTIMATEScore和TumorPurity）

2.immune_score_box.pdf（兩組間免疫評(píng)分的箱式圖以及顯著性p.value值）

3.Stromal_score_box.pdf（兩組間基質(zhì)評(píng)分的箱式圖以及顯著性p.value值）

4.ESTIMATE_Score_box.pdf（兩組間ESTIMATE評(píng)分的箱式圖以及顯著性p.value值，ESTIMATE評(píng)分是將免疫評(píng)分與基質(zhì)評(píng)分相加得到的）

5.TumorPurity_box.pdf（兩組間腫瘤純度的箱式圖以及顯著性p.value值）

6.estimated_purity_plots（該文件夾下是各個(gè)樣本腫瘤純度和ESTIMATE評(píng)分的相關(guān)性散點(diǎn)圖，一般是負(fù)相關(guān)）

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