在分子對接中，確定對接位點是一個關鍵的步驟。對接位點是指在目標蛋白質(zhì)上選擇合適的區(qū)域，用于與小分子配體進行結合。

實驗確定：實驗方法可以用于確定結合位點。例如，X射線晶體學、核磁共振等技術可以確定蛋白質(zhì)的三維結構，從而揭示可能的結合位點。

已知配體位點：如果已經(jīng)有與目標蛋白質(zhì)結合的小分子配體信息，可以根據(jù)已知配體的結合位點進行對接位點的確定·。這可以通過結構生物學數(shù)據(jù)庫（如PDB）中的信息獲取。

保守位點分析：通過比較同源蛋白質(zhì)序列的保守性，可以找到可能的結合位點。保守位點通常在結構上更穩(wěn)定，因為它們在進化中起著重要的功能角色。

活性位點分析：通過分析目標蛋白質(zhì)的功能區(qū)域和活性位點，可以確定可能的結合位點。例如，酶的催化位點通常是與底物結合的關鍵位點。

結合位點預測工具：還可以使用計算方法和軟件工具來預測結合位點。這些工具根據(jù)蛋白質(zhì)的物理化學性質(zhì)、表面電荷等因素，進行位點預測。

通過已知的pdb數(shù)據(jù)庫有配體共結晶的結構，文獻報道，定點突變實驗，確定了對接位點，生成對接盒子。

?對接盒子的位置：使用參考配體來確定對接盒子的位置。常見的方法包括：

1把對接盒子中心設置為參考配體的幾何中心。

2也可以將對接盒子中心設置為參考配體中重要殘基（如氨基酸殘基）的幾何中心。

3還可以根據(jù)結構域或功能區(qū)域的知識確定對接盒子的位置。

Autodock官方網(wǎng)址http://autodock.scripps.edu/，包括AutoDock和AutoGrid兩個模塊。

具體操作展示：

1、打開auto dock tools加載一個蛋白分子，然后加載一個小分子ligand，呈現(xiàn)棒狀結構

2、在auto dock tools 里面已經(jīng)打開了一個ligand小分子時，我們選擇center on ligand，把對接盒子放到ligand位置。現(xiàn)在是可以包裹的最小盒子，如果需要設置大一點，進行手動調(diào)節(jié)，設置到大，運算時間長。

3?、在沒有人為改變蛋白質(zhì)和小分子結構情況下，我們加載進來，這個小分子就是在口袋里面，這是第一種情況，結構已知，有共結晶的情況。但我們尋找對接口袋并不一定需要小分子ligand。

在文獻報道中，已經(jīng)實驗驗證了這個蛋白在某位置的口袋可以結合小分子，那么可以利用他們已經(jīng)確定的位點來設計我們想做的抑制劑分子。

4?、蛋白表面的這些凹陷一般就是可能存在的口袋，文獻實驗已經(jīng)驗證過的蛋白靶向口袋，通過2D相互作用圖片查看哪些氨基酸位點，假如我們找到對接位點的氨基酸是以下幾個，然后打開盒子移動到對接位點上，也就確定了對接口袋，這就是通過閱讀別人的文獻和實驗來確定對接位點。

口袋中心，不用可以去確定具體坐標是多少，有個參考的就是采用活性中心的某個氨基酸殘基的某個原子的坐標，然后在ADT中進行手動調(diào)節(jié)盒子的位置。

盒子的大小，需要根據(jù)蛋白活性中心的大小，以及需要對接的配體的大小，務必要比配體分子大。

以上是兩種情況的分子對接位點的確定，后續(xù)還有第三種情況的具體方法在下一篇簡單確定分子對接口袋-怎么確定對接盒子（二）展示，趕快來查看。

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