• 1.Update Description

• 2. SingleCell Spatial-scRNA

• 3. Transcriptomics Apps

• 4.Genomics Apps

• 5. Sequences Apps

• 6. Fixed Bugs

1.Update Description

BioSciTool v1.3.3
Website: https://bioscitools.github.io
Github: https://github.com/bioscitools/bioscitools.github.io

親愛的BioSciTools用戶:
兌現(xiàn)上次更新結(jié)尾所留的預(yù)告，此次BioSciTools更新包括：
1.SingleCell單細(xì)胞分類中與單細(xì)胞分化軌跡相關(guān)(MonocleUMAP, MonocleMarker, MonocleTrajectories)及單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組相關(guān)(SpatialFeature, SpatialGene, SpatialUMAP, SpatialTSNE, SpatialPairClusterMarker, SpatialAllClusterMarker, SpatialSlice)的共10個(gè)程序；
2.Transcriptomics轉(zhuǎn)錄組學(xué)分類中與差異表達(dá)基因相關(guān)及KEGG Pathway可視化相關(guān)(MversusA(MAplot), UpSet, PathwayNativeSingleSmaple, PathwayNativeMultiSample, PathwayGraphvizSingle, PathwayGraphvizMulti)的6個(gè)程序；
3.Genomics基因組分類中與SNP基因變異分析相關(guān)(SNPdensity, CircosManhattan, ManhattanMultiTraits, ManhattanMultiTracks, QQMultiTraits)的共5個(gè)程序；
4.Sequences核苷酸序列或氨基酸序列操作相關(guān)(SeqsLength, SeqsHeadTail, SeqsSlice, SeqsGC, SeqsTranslate, SeqPalindrome, PairwiseAlignment)的7個(gè)程序；
5.此次更新美化啟動(dòng)界面和Home頁面的BioSciTools所有程序分類和統(tǒng)計(jì)Echarts，修復(fù)右側(cè)邊欄頁面訪問時(shí)CDN加載緩慢的問題。?

2. SingleCell Spatial-scRNA

2.1 MonocleUMAP
基于Monocle3單細(xì)胞分析流程對(duì)10X Genomics CellRange數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理和PCA降維，再次基于UMAP非線性降維獲得符合條件的細(xì)胞類群可視化。

2.2 MonocleMarker
基于Monocle3單細(xì)胞分析流程對(duì)10X Genomics CellRange數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理和PCA降維，再次基于UMAP非線性降維獲得符合條件的細(xì)胞類群，進(jìn)而獲得細(xì)胞類群的Marker基因。

2.3 MonocleTrajectories
基于Monocle3單細(xì)胞分析流程對(duì)10X Genomics CellRange數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理和PCA降維，再次基于UMAP非線性降維獲得符合條件的細(xì)胞類群。通過擬時(shí)分析可視化細(xì)胞潛在的分化軌跡并可視化。

2.4 SpatialFeature
讀取10X Genomics Visium HDF5的單細(xì)胞矩陣數(shù)據(jù)和spatial空間元數(shù)據(jù)和低分辨率數(shù)據(jù)，分析Count和Feature的數(shù)據(jù)信息。

2.5 SpatialGene
讀取10X Genomics Visium HDF5的單細(xì)胞矩陣數(shù)據(jù)和spatial空間元數(shù)據(jù)和低分辨率數(shù)據(jù)，將基因表達(dá)數(shù)據(jù)在組織空間位置展示表達(dá)信息。

2.6 SpatialUMAP
讀取10X Genomics Visium HDF5的單細(xì)胞矩陣數(shù)據(jù)和spatial空間元數(shù)據(jù)和低分辨率數(shù)據(jù)，將單細(xì)胞基因表達(dá)數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾、標(biāo)準(zhǔn)化、PCA降維、細(xì)胞聚類，UMAP降維/TSNE降維等一系列單細(xì)胞分析流程后，結(jié)合空間信息展示組織中的細(xì)胞類群分布。

2.7 SpatialTSNE
讀取10X Genomics Visium HDF5的單細(xì)胞矩陣數(shù)據(jù)和spatial空間元數(shù)據(jù)和低分辨率數(shù)據(jù)，將單細(xì)胞基因表達(dá)數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾、標(biāo)準(zhǔn)化、PCA降維、細(xì)胞聚類，UMAP降維/TSNE降維等一系列單細(xì)胞分析流程后，結(jié)合空間信息展示組織中的細(xì)胞類群分布。

2.8 SpatialPairClusterMarker
讀取10X Genomics Visium HDF5的單細(xì)胞矩陣數(shù)據(jù)和spatial空間元數(shù)據(jù)和低分辨率數(shù)據(jù)，將單細(xì)胞基因表達(dá)數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾、標(biāo)準(zhǔn)化、PCA降維、細(xì)胞聚類，UMAP降維/TSNE降維等一系列單細(xì)胞分析流程。然后對(duì)細(xì)胞群兩兩間找差異Marker基因并可視化。

2.9 SpatialAllClusterMarker
讀取10X Genomics Visium HDF5的單細(xì)胞矩陣數(shù)據(jù)和spatial空間元數(shù)據(jù)和低分辨率數(shù)據(jù)，將單細(xì)胞基因表達(dá)數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾、標(biāo)準(zhǔn)化、PCA降維、細(xì)胞聚類，UMAP降維/TSNE降維等一系列單細(xì)胞分析流程。然后對(duì)所有細(xì)胞群找差異Marker基因并可視化，程序允許下載到所有細(xì)胞群中所有Marker基因的數(shù)據(jù)。

2.10 SpatialSlice
讀取10X Genomics Visium HDF5的單細(xì)胞矩陣數(shù)據(jù)和spatial空間元數(shù)據(jù)和低分辨率數(shù)據(jù)，實(shí)現(xiàn)將分群的組織細(xì)胞進(jìn)行指定細(xì)胞群切割展示。

3. Transcriptomics Apps

3.1 MversusA(MAplot)
對(duì)基因表達(dá)數(shù)據(jù)基于MversusA數(shù)據(jù)變換后可視化基因表達(dá)變化。

3.2 UpSet
多組數(shù)據(jù)取交集常規(guī)用到Venn圖可視化，但對(duì)于更多集合的數(shù)據(jù)之間的聯(lián)系或交集UpSet展示更具有潛力。

3.3 PathwayNativeSingleSample
在原始的KEGG Pathway圖中展示單個(gè)樣本中存在于該通路中的基因的表達(dá)信息。

3.4 PathwayNativeMultiSample
在原始的KEGG Pathway圖中同時(shí)展示多個(gè)樣本中存在于該通路中的基因的表達(dá)信息。

3.5 PathwayGraphvizSingle
繪制新的的KEGG Pathway圖，同時(shí)展示單個(gè)樣本中存在于該通路中的基因的表達(dá)信息。

3.6 PathwayGraphvizMulti
繪制新的的KEGG Pathway圖，同時(shí)展示多個(gè)樣本中存在于該通路中的基因的表達(dá)信息。

4.Genomics Apps

4.1 SNPdensity
通過統(tǒng)計(jì)各染色體上SNP的位置，可視化SNP在染色體上密度分布。

4.2 CircosManhattan
以圈狀Manhattan圖展示所有染色體上SNP的分布密度，內(nèi)部沒圈散點(diǎn)展示不同樣本或性狀中SNP的鑒定量。

4.3 ManhattanMultiTraits
以Manhattan展示所有多個(gè)樣本/性狀的所有染色體上SNP的分布密度，并標(biāo)記閾值線。

4.4 ManhattanMultiTracks
以Manhattan展示所有多個(gè)樣本/性狀的所有染色體上SNP的分布密度，并標(biāo)記閾值線。

4.5 QQMultiTraits
以Manhattan展示所有多個(gè)樣本/性狀的所有染色體上SNP的分布密度，并標(biāo)記閾值線。

5. Sequences Apps

5.1 SeqsLength
允許上傳DNA，RNA、AminoAcid的多條序列，并統(tǒng)計(jì)所有序列的堿基長(zhǎng)度。

5.2 SeqsHeadTail
允許上傳DNA，RNA、AminoAcid的多條序列，可以查找前N條序列或結(jié)尾N條序列。

5.3 SeqsSlice
允許上傳DNA，RNA、AminoAcid的多條序列，可以查找多條序列中任何位置的1到多條序列。

5.4 SeqsGC
允許上傳DNA，RNA、AminoAcid的多條序列，可以統(tǒng)計(jì)多條序列的GC含量。

5.5 SeqsTranslate
允許上傳DNA的多條序列，可以同時(shí)將DNA序列翻譯為氨基酸序列，并支持20多種標(biāo)準(zhǔn)遺傳密碼、線粒體遺傳密碼等NCBI密碼子。

5.6 SeqPalindrome
允許上傳DNA的單條序列，可以查找符合條件的回文序列返回位置信息。

5.7 PairwiseAlignment
允許上傳DNARNA、AminoAcid的多條序列，默認(rèn)對(duì)前兩條序列進(jìn)行比對(duì)，支持Needlema-Wunsch global alignment,Smith-Waterman local alignment,ends-free overlap alignment。并支持"BLOSUM45", "BLOSUM50", "BLOSUM62", "BLOSUM80", "BLOSUM100", "PAM30", "PAM40", "PAM70", "PAM120", "PAM250"比對(duì)得分矩陣。

6. Fixed Bugs

此次更新美化啟動(dòng)界面和Home頁面的BioSciTools所有程序分類和統(tǒng)計(jì)Echarts，修復(fù)右側(cè)邊欄頁面訪問時(shí)CDN加載緩慢的問題。

感謝使用BioSciTools!