• 1.Update Description

• 2.Bugs and Features

• 3.Genomics Apps

• 4.Metabolomics Apps

1.Update Description

BioSciTool v1.3.4
Website: https://bioscitools.github.io
Github: https://github.com/bioscitools/bioscitools.github.io

親愛(ài)的BioSciTools用戶:
BioSciTools在此次更新解決幾個(gè)主要問(wèn)題及新增基因組與代謝組的程序后即將暫停更新一段時(shí)間，此次更新內(nèi)容包括：

1.Bug:解決部分用戶由于中文用戶名導(dǎo)致的分析進(jìn)程中斷及任務(wù)失敗，此次更新將適合于大多數(shù)Windows電腦環(huán)境；
2.Feature:為所有程序在表格窗口下方添加OpenExample按鈕，方便用戶找到程序示例數(shù)據(jù)，并根據(jù)示例數(shù)據(jù)準(zhǔn)備適合程序的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)；
3.Genomics基因組分類中新增3個(gè)基因組基因密度、兩個(gè)/三個(gè)基因組共線性分析的程序，包括GenomeDensity, DiGenomeSynteny, TriGenomeSynteny;
4.Metabolomics代謝組分類中新增8個(gè)代謝組學(xué)原始基于LC-MS質(zhì)譜數(shù)據(jù)mzML分析的程序，包括MetaboMzML, MetaboMzHeatmap, MetaboROI, MetaboBasePeakIon, MetaboTotalIonChrom, MetaboPeakIntensity, MetaboPeakRT, MetaboPeakAnno;
詳細(xì)更新內(nèi)容如下：

2.Bugs and Features

2.1 Bug 1
修復(fù)Windows用戶中文用戶名(C:\Users\中文用戶名\)導(dǎo)致程序無(wú)法進(jìn)行分析的問(wèn)題！

2.2 Bug 2
修復(fù)WGCNA程序由于缺少GO.db數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)致無(wú)法分析完成的問(wèn)題！

2.3 Feature 1
修復(fù)所有程序輸入文件標(biāo)題的文件結(jié)構(gòu)錯(cuò)誤說(shuō)明，比如需要輸入基因表達(dá)矩陣、序列Fasta格式、壓縮格式.tar.gz, .gz, .zip，單細(xì)胞CellRanger Matrix，單細(xì)胞Visium HDF5， 代謝組學(xué)質(zhì)譜mzML格式等。

2.4 Feature 2
為所有程序的表格數(shù)據(jù)窗口下方添加OpenExample按鈕，方便用戶打開查看每個(gè)程序的示例數(shù)據(jù)，并根據(jù)示例數(shù)據(jù)準(zhǔn)備適合程序分析的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。

3.Genomics Apps

3.1 GenomeDensity
分析基因組中染色體的大小及基因分布的密度，并可以根據(jù)提供的中心粒位置可視化染色體。

3.2 DiGenomeSynteny
根據(jù)兩個(gè)基因組共線性分析的結(jié)果，繪制共線性基因的紐帶。

3.3 TriGenomeSynteny
根據(jù)三個(gè)基因組共線性分析的結(jié)果，以三元圖繪制共線性基因的紐帶。

4.Metabolomics Apps

4.1 MetaboMzML
分析單個(gè)mzML質(zhì)譜數(shù)據(jù)，可視化質(zhì)譜數(shù)據(jù)中M/Z質(zhì)荷比和RetentionTime保留時(shí)間及Intensity強(qiáng)度的關(guān)系三維圖。

4.2 MetaboMzHeatmap
分析單個(gè)mzML質(zhì)譜數(shù)據(jù)，可視化質(zhì)譜數(shù)據(jù)中M/Z質(zhì)荷比和RetentionTime保留時(shí)間，以熱圖的形式展示。

4.3 MetaboROI
1.根據(jù)用戶提供的包含mzML的zip壓縮格式文件的QCs和Samples文件夾路徑及包含樣本分組信息的sample-group.txt文件。2.首先對(duì)QCs數(shù)據(jù)進(jìn)行ROI提取和QC結(jié)果過(guò)濾，獲得過(guò)濾后的RetentionTime-Intensity可視化結(jié)果。

4.4 MetaboBasePeakIon
1.根據(jù)用戶提供的包含mzML的zip壓縮格式文件的QCs和Samples文件夾路徑及包含樣本分組信息的sample-group.txt文件。2.首先對(duì)QCs數(shù)據(jù)進(jìn)行ROI提取和QC結(jié)果過(guò)濾，獲得過(guò)濾后的RetentionTime-Intensity可視化結(jié)果。3.設(shè)置Peak參數(shù)包括質(zhì)譜平臺(tái)、Peak方法、RetentionTime方法等，然后基于DoE方法進(jìn)行參數(shù)優(yōu)化。4.讀取用于Peak鑒定的樣本質(zhì)譜數(shù)據(jù)，初步查看所有樣本的BPI（Base Peak Ions）并可視化。

4.5 MetaboTotalIonChrom
1.根據(jù)用戶提供的包含mzML的zip壓縮格式文件的QCs和Samples文件夾路徑及包含樣本分組信息的sample-group.txt文件。2.首先對(duì)QCs數(shù)據(jù)進(jìn)行ROI提取和QC結(jié)果過(guò)濾，獲得過(guò)濾后的RetentionTime-Intensity可視化結(jié)果。3.設(shè)置Peak參數(shù)包括質(zhì)譜平臺(tái)、Peak方法、RetentionTime方法等，然后基于DoE方法進(jìn)行參數(shù)優(yōu)化。4.讀取用于Peak鑒定的樣本質(zhì)譜數(shù)據(jù)，初步查看所有樣本的BPI（Base Peak Ions）和TIC（Total Ion Chrom）并可視化。

4.6 MetaboPeakIntensity
1.根據(jù)用戶提供的包含mzML的zip壓縮格式文件的QCs和Samples文件夾路徑及包含樣本分組信息的sample-group.txt文件。2.首先對(duì)QCs數(shù)據(jù)進(jìn)行ROI提取和QC結(jié)果過(guò)濾，獲得過(guò)濾后的RetentionTime-Intensity可視化結(jié)果。3.設(shè)置Peak參數(shù)包括質(zhì)譜平臺(tái)、Peak方法、RetentionTime方法等，然后基于DoE方法進(jìn)行參數(shù)優(yōu)化。4.讀取用于Peak鑒定的樣本質(zhì)譜數(shù)據(jù)，初步查看所有樣本的BPI（Base Peak Ions）并可視化。5.基于上述Peak初始參數(shù)獲得最優(yōu)參數(shù)，進(jìn)行Peak查找及其Intensity強(qiáng)度可視化。

4.7 MetaboPeakRT
1.根據(jù)用戶提供的包含mzML的zip壓縮格式文件的QCs和Samples文件夾路徑及包含樣本分組信息的sample-group.txt文件。2.首先對(duì)QCs數(shù)據(jù)進(jìn)行ROI提取和QC結(jié)果過(guò)濾，獲得過(guò)濾后的RetentionTime-Intensity可視化結(jié)果。3.設(shè)置Peak參數(shù)包括質(zhì)譜平臺(tái)、Peak方法、RetentionTime方法等，然后基于DoE方法進(jìn)行參數(shù)優(yōu)化。4.讀取用于Peak鑒定的樣本質(zhì)譜數(shù)據(jù)，初步查看所有樣本的BPI（Base Peak Ions）并可視化。5.基于上述Peak初始參數(shù)獲得最優(yōu)參數(shù)，進(jìn)行Peak查找及其Intensity強(qiáng)度可視化。6.基于Peak鑒定結(jié)果對(duì)Retention Time進(jìn)行矯正和差異分析，繪制RT_Adjustment - RT_Difference相關(guān)性結(jié)果。

4.8 MetaboPeakAnno
1.根據(jù)用戶提供的包含mzML的zip壓縮格式文件的QCs和Samples文件夾路徑及包含樣本分組信息的sample-group.txt文件。2.首先對(duì)QCs數(shù)據(jù)進(jìn)行ROI提取和QC結(jié)果過(guò)濾，獲得過(guò)濾后的RetentionTime-Intensity可視化結(jié)果。3.設(shè)置Peak參數(shù)包括質(zhì)譜平臺(tái)、Peak方法、RetentionTime方法等，然后基于DoE方法進(jìn)行參數(shù)優(yōu)化。4.讀取用于Peak鑒定的樣本質(zhì)譜數(shù)據(jù)，初步查看所有樣本的BPI（Base Peak Ions）并可視化。5.基于上述Peak初始參數(shù)獲得最優(yōu)參數(shù)，進(jìn)行Peak查找及其Intensity強(qiáng)度可視化。6.基于Peak鑒定結(jié)果對(duì)Retention Time進(jìn)行矯正和差異分析，繪制RT_Adjustment - RT_Difference相關(guān)性結(jié)果。7.對(duì)Peak進(jìn)行注釋，默認(rèn)選擇Negtive IonPolarity，并導(dǎo)出Peak Annotation表格和Peak Intensity表格，最后進(jìn)行PCA可視化樣本之間的關(guān)系。

祝科研者身體健康、科研順利！感謝使用和引用，我們下次再見(jiàn)！