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嫌分析思路太過老套？

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話不多說，開門見山，小云今天給大家分享的潛在生信熱點(diǎn)就是它—趨化因子！

1、那什么是趨化因子呢？

簡單直接版本：管理免疫細(xì)胞向各自位置遷移的蛋白。

學(xué)術(shù)定義版本：趨化因子(chemokines)是一類由細(xì)胞分泌的小細(xì)胞因子或信號(hào)蛋白。由于它們具有誘導(dǎo)附近反應(yīng)細(xì)胞定向趨化的能力，因而命名為趨化因子。趨化因子蛋白都很小，分子量約8-10 kDa，趨化因子的主要功能是在炎癥和體內(nèi)平衡過程中管理白細(xì)胞向各自位置的遷移(歸巢)。趨化因子被分為四個(gè)主要亞家族:CXC、CC、CX3C和XC。所有這些蛋白都通過與趨化因子受體相互作用來發(fā)揮其生物學(xué)效應(yīng)。

小云翻譯版本：在正常生理環(huán)境下的免疫細(xì)胞游走/回到淋巴結(jié)、或者在感染和炎癥過程中，調(diào)動(dòng)免疫細(xì)胞到損傷/感染部位，都需要一位向?qū)е笓]免疫細(xì)胞該往哪里走，這位向?qū)У拿志徒汹吇蜃印?/p>

大家都知道跟團(tuán)出去旅游的時(shí)候，不同的旅游團(tuán)都會(huì)有一些個(gè)性化的標(biāo)志，比如統(tǒng)一佩戴小紅帽之類的標(biāo)識(shí)，每個(gè)團(tuán)配一個(gè)導(dǎo)游。

類似的，趨化因子這位向?qū)б矔?huì)根據(jù)免疫細(xì)胞上對(duì)應(yīng)的標(biāo)識(shí)（趨化因子受體），來特異性引導(dǎo)某些免疫細(xì)胞移動(dòng)到特定位置。

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2、那為什么說趨化因子是潛在生信熱點(diǎn)呢？

（1）涉及到免疫和炎癥相關(guān)的疾病都能與趨化因子關(guān)聯(lián)，而且趨化因子也是高分雜志關(guān)注的熱點(diǎn)方向之一，發(fā)文數(shù)量逐年增加。

比如，今年7月發(fā)表在Science Immunology上的一篇文章重點(diǎn)介紹了趨化因子CXCL9和CXCL10與腫瘤的關(guān)系，說明了趨化因子（尤其是CXCL9和CXCL10）是促進(jìn)免疫細(xì)胞向腫瘤招募的關(guān)鍵，可以介導(dǎo)T細(xì)胞浸潤，使腫瘤微環(huán)境變“熱”。這些趨化因子可能在臨床中增加免疫治療的效果。

而且，已經(jīng)有一些單克隆抗體和趨化因子受體抑制劑應(yīng)用于惡性腫瘤的臨床治療了。例如，CXCR4拮抗劑(AMD3100)被用于治療復(fù)發(fā)或難治性急性髓系白血病(AML)；CCL2抑制劑(CNTO 888)用于治療轉(zhuǎn)移性前列腺癌等等。因此，研究趨化因子及其受體具有很大的臨床意義。

（2）目前，基于趨化因子進(jìn)行生信分析的文章并不多，說明通過生信分析趨化因子是個(gè)非常好的分析思路，是潛在的生信熱點(diǎn)方向！

那么按照慣例，小云肯定要找一篇趨化因子相關(guān)的生信文章給大家分享。今天就帶大家看一篇5分+分析趨化因子和趨化因子受體的生信文章。

發(fā)表時(shí)間：2022年7月

發(fā)表雜志：American journal of cancer research

影響因子：5.942

文章題目：趨化因子和趨化因子受體在胃癌中的作用及預(yù)后價(jià)值

數(shù)據(jù)信息

研究思路

首先，分析TCGA數(shù)據(jù)庫中胃癌數(shù)據(jù)集中63個(gè)趨化因子和趨化因子受體(CCRs)突變的特征。然后篩選差異表達(dá)的CCRs，進(jìn)行GO功能注釋和KEGG通路分析。采用多變量Cox回歸分析，構(gòu)建基于四個(gè)CCRs的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分，然后構(gòu)建諾姆圖來評(píng)估GC患者的預(yù)后。對(duì)高、低風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分組進(jìn)行GSEA和GSVA分析，并分析風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與免疫細(xì)胞浸潤的相關(guān)性。

主要研究結(jié)果

總結(jié)

既然趨化因子與免疫細(xì)胞遷移密切相關(guān)，而免疫與多種疾病都有千絲萬縷的聯(lián)系。那么在趨化因子在其它類型的腫瘤和非腫瘤疾病的免疫微環(huán)境中是否也發(fā)揮作用呢？非常值得我們利用生信分析的方法先一探究竟。分析趨化因子或趨化因子受體的生信思路，立意新穎、創(chuàng)新性高，感興趣的小伙伴們快快行動(dòng)起來吧！

如果你還苦惱于生信分析沒有思路，或者嫌分析方法太過老套，想要?jiǎng)?chuàng)新思路的，或者對(duì)趨化因子等熱點(diǎn)方向感興趣的小伙伴快來聯(lián)系小云吧。