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?生信人R語言學習必備

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（56線程，256G內存，個人存儲1T）

它可以對Illumina平臺的測序數(shù)據(jù)進行質量控制、過濾低質量序列、截斷3'端低質量序列、去除接頭序列等操作，同時還可以統(tǒng)計序列質量分布、GC含量分布、錯誤率分布、N含量等信息。

fastp采用多線程加速，速度快、準確性高，并且支持多種數(shù)據(jù)輸入和輸出格式。今天小果想帶大家一起學習下如何用fastp對原始測序數(shù)據(jù)進行處理，下面我們開始吧！

數(shù)據(jù)準備

在ncbi的sra數(shù)據(jù)庫下載的擬南芥測序數(shù)據(jù)，包括四個基因型，每個基因型五個重復。

鏈接在這里，小果使用的樣本編號為

數(shù)據(jù)的具體下載方法可以查看往期內容：小果發(fā)現(xiàn)用SRA Toolkit工具下載轉錄組數(shù)據(jù)很好用！

這里就不再贅述了，直接放代碼：

軟件下載

仍然使用我們的老朋友miniconda下載，真的很方便，miniconda的安裝方法小果也分享過哦~

數(shù)據(jù)處理

在這里可以把上述代碼做成腳本來運行和管理。其中in1表示輸入的read1的fastq文件out1表示輸出的過濾后的read1的clean reads.注意修改代碼中的路徑為自己的哦~小果是直接運行的腳本：

沒有意外的話，讓我們來看看結果吧！以下就是我們得到的過濾后的reads了，成就感滿滿！

?

好啦，今天的內容暫時就到這里了，我們下期繼續(xù)！

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