它每層的佛龕供奉都代表密宗四部修行的不同層次。分別供奉著功行品、行德品、瑜伽品、無上瑜伽品四部密宗佛像。雨花閣及其陳設(shè)實際上是西藏格魯派密教系統(tǒng)觀念和神系結(jié)構(gòu)的直接表現(xiàn)。

雨花閣一層懸掛著乾隆皇帝御題智珠心印匾額，正間天花裝飾觀音六字大明咒，整個殿堂前布滿佛塔、佛像、供物，佛龕之后有掐絲琺瑯立體壇城三座。

壇城即曼荼羅，作為象征宇宙世界結(jié)構(gòu)的本源，是變化多樣的本尊神及眷屬眾神的觀想縮影，反映出佛教的宇宙觀，而這三座精美華貴的琺瑯立體壇城是西藏眾多寺廟中所沒有的。這三座壇城坐落在漢白玉須彌座上，外部是紫檀木重檐亭式罩，是世界范圍內(nèi)最名貴的立體壇城。

雨花閣是藏傳佛教密乘神系趨向系統(tǒng)化的標(biāo)志，安置在壇城后一層稱智行層，供奉以無量壽佛為中心的事部九尊佛，這些神像就是密宗事部的主尊及護(hù)法神。暗層仙樓稱德行層，供行部佛像九尊，以宏光顯耀菩提佛為中心，佛母和金剛各四尊分列左右；

三層普明圓覺稱瑜伽層，供奉以大日如來佛為中心的瑜伽部五尊佛，即金剛界毗盧佛，成就佛，最上功德佛，普慧毗盧佛和度生佛；頂層雨花閣稱無上層，也是最為神秘的無上瑜伽部三位主尊佛所在，位置與底層壇城的主尊保持一致。

密宗修行人要嚴(yán)格遵循修行層次和階段，最后達(dá)到生起圓滿，才能解脫成佛。雨花閣立體而形象的再現(xiàn)了藏傳佛教格魯派密宗四部的修行理論，使雨花閣成為清宮佛堂的標(biāo)志。