[菜鳥博士學(xué)習(xí)] Image J操作:WB定量和劃痕實(shí)驗(yàn)距離測(cè)定
Image J操作:WB定量和劃痕實(shí)驗(yàn)距離測(cè)定
01、Image J介紹①菜單欄:文件(File),編輯(Edit),圖形(Image),處理(Process),分析(Analyze),插件(Plugins),窗口(Windows),幫助(Help)。②工具欄:可編輯文件的大小、標(biāo)記、測(cè)量、填充等。③狀態(tài)欄:正在處理文件的狀態(tài)、大小、單位等顯示。

工具欄介紹:

02、WB操作步驟一、WB數(shù)值化方法灰度分析(Band density)計(jì)算機(jī)圖像分析儀根據(jù)圖像顏色深淺分為256個(gè)級(jí)別。灰度值越小物體顏色越深
光密度分析光線通過(guò)溶液(物質(zhì))前的入射光強(qiáng)度與該光線通過(guò)溶液(物質(zhì))后的透射光強(qiáng)度比值的對(duì)數(shù)。光密度值越大,物體顏色越深,陽(yáng)性物質(zhì)相對(duì)含量越大。
二、操作步驟導(dǎo)入/打開(kāi):File→Open(Ctrl+O)→ 彈出對(duì)話框→選擇文件夾→找到WB條帶。

Tips:直接將需要分析的圖片拖入【狀態(tài)欄】
轉(zhuǎn)化灰度圖:
①Image→Type→8-bit

②Process→Subtract Background(Rolling ball radius默認(rèn)50),勾選【Light background】


設(shè)置定量參數(shù):③Analyze→Set Measurements

④進(jìn)行需要觀察結(jié)果項(xiàng)的勾選

設(shè)置單位:⑤Analyze→Set Scale

⑥Unit of length→【Pixels】

轉(zhuǎn)換亮度:[Edit] → Invert

選擇條帶:【工具欄】——區(qū)域選擇工具。選擇分析的單個(gè)條帶

分析:【Anlyze】——選項(xiàng)

結(jié)果分析:

對(duì)應(yīng):對(duì)應(yīng)研究基因和內(nèi)參的IntDen,以研究基因/內(nèi)參基因。

03、劃痕距離測(cè)定一、標(biāo)尺校正不進(jìn)行標(biāo)尺校正,得到的長(zhǎng)度單位為pixel(像素),面積單位為平方像素(pixel2)。

1、打開(kāi)一張帶有標(biāo)尺的圖片;2、選擇直線工具,在標(biāo)尺上沿著標(biāo)尺畫一條直線。

3、點(diǎn)擊【Analyze】→Set Scale;

4、點(diǎn)擊Click to Remove Scale;Known distance填250μm;Unit of length填入單位(μm);選擇Global為對(duì)之后打開(kāi)的圖片都有效(必選項(xiàng))。
二、面積檢測(cè)方法劃痕距離測(cè)量為等效測(cè)量劃痕寬度平均值=劃痕空隙面積/長(zhǎng)度。細(xì)胞遷移率=(0h劃痕寬度-培養(yǎng)后劃痕寬度)/0h劃痕寬度×100%。

轉(zhuǎn)化灰度圖:Image→Type→8-bit

增強(qiáng)對(duì)比:1、點(diǎn)擊【Process】→【enhance contrast】;2、【Saturated pixels】中選擇0.3,默認(rèn)Normalize;3、點(diǎn)擊【OK】


平滑邊緣:Process→Smooth(Ctrl+shift+S)

尋找邊緣:Process→Find Edges

閾值設(shè)定:【Image】→Adjust→Threshold(Ctrl+shift+T)

設(shè)置和選擇:1、選中為紅色,調(diào)節(jié)閾值為0-20。點(diǎn)擊【Apply】

2、選擇【工具欄】中的魔棒工具,在劃痕面積處點(diǎn)擊。

3、彈出的Wand Tool中的【Tolerance】選擇2,點(diǎn)擊OK。4、【Anlyze】-Measure

【供學(xué)習(xí)交流使用】