大家好，歡迎觀看《時空日報》第30期。本期追蹤到時空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計16篇。以下是應(yīng)用時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、烯醇化酶是控制肝炎病毒特異性CD8+T細(xì)胞差異衰竭程序的代謝檢查點

Enolase represents a metabolic checkpoint controlling the differential exhaustion programmes of hepatitis virus-specific CD8+T cells

Gut; IF: 24.500; DOI: 10.1136/gutjnl-2022-328734

內(nèi)容概要：采用scRNA-seq分析HBV復(fù)制小鼠急性和慢性感染體內(nèi)模型中肝內(nèi)病毒特異性CD8+T細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)HBV和HCV特異性CD8+T細(xì)胞的代謝狀態(tài)與其耗竭狀態(tài)密切相關(guān)，而不是與感染病因相關(guān)。該研究還發(fā)現(xiàn)，耗竭T細(xì)胞中的烯醇酶是代謝檢查點，代謝旁路可以改善糖酵解和T細(xì)胞效應(yīng)功能。

2、scRNA-seq揭示人類食管失弛緩癥中免疫細(xì)胞的疾病特異性變化

A single-cell transcriptional landscape of immune cells shows disease-specific changes of T cell and macrophage populations in human achalasia

Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-39750-5

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq分析食管失弛緩癥（achalasia）患者和對照組的下食管括約?。╨ower esophageal sphincter, LES）組織和血液樣本中免疫細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄譜，發(fā)現(xiàn)在食管失弛緩癥患者中，免疫細(xì)胞數(shù)量增加，特別是在LES組織中，存在特定的轉(zhuǎn)錄表型，揭示食管失弛緩癥患者的免疫細(xì)胞轉(zhuǎn)錄譜，并確定了C1QC巨噬細(xì)胞和T細(xì)胞作為與該疾病相關(guān)的免疫細(xì)胞亞群。

3、ARID1A缺失導(dǎo)致的異常染色質(zhì)重塑導(dǎo)致海馬齒狀回畸形

Abnormal chromatin remodeling caused by ARID1A deletion leads to malformation of the dentate gyrus

Cell Death and Differentiation; IF: 12.400; DOI: 10.1038/s41418-023-01199-w

內(nèi)容概要：通過構(gòu)建Arid1a條件性敲除小鼠，發(fā)現(xiàn)Arid1a在小鼠前腦的缺失顯著降低了神經(jīng)干/祖細(xì)胞在齒狀回中的增殖和分化為神經(jīng)元的能力，增加了圍生期和生后凋亡，導(dǎo)致海馬體積減小。該研究結(jié)果證明了Arid1a在海馬發(fā)育中的關(guān)鍵作用，并可能為智力障礙（如Coffin-Siris綜合癥）的遺傳基礎(chǔ)提供新見解。

4、scRNA-seq揭示與淋巴瘤患者II期研究中CAR-T細(xì)胞反應(yīng)相關(guān)的細(xì)胞內(nèi)功能

Single-cell RNA analysis reveals cell-intrinsic functions of CAR-T cells correlating with response in a phase II study of lymphoma patients

Clinical Cancer Research; IF: 11.500; DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-23-0178

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq分析CAR-T細(xì)胞治療中影響治療效果的因素，發(fā)現(xiàn)具有高多功能性、高細(xì)胞毒性和細(xì)胞因子產(chǎn)生水平，以及低功能失調(diào)標(biāo)志的效應(yīng)型CD8+CAR-T細(xì)胞與臨床反應(yīng)相關(guān)。此外，CAR-T細(xì)胞制備過程中的擴(kuò)增時間延長會對細(xì)胞輸注產(chǎn)品中效應(yīng)型CD8+CAR-T細(xì)胞的比例產(chǎn)生負(fù)面影響。

5、空間腫瘤基因特征可區(qū)分結(jié)腸癌中的腫瘤和非腫瘤部位以揭示復(fù)發(fā)的預(yù)測性生物標(biāo)志物

Spatial tumour gene signature discriminates neoplastic from non-neoplastic compartments in colon cancer: unravelling predictive biomarkers for relapse

Journal of Translational Medicine；IF: 8.400; DOI: 10.1186/s12967-023-04384-0

內(nèi)容概要：通過一種名為原位測序的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)研究II期結(jié)腸癌患者的空間組織成分，發(fā)現(xiàn)了一個腫瘤基因特征，可以根據(jù)空間表達(dá)模式將組織劃分為腫瘤和非腫瘤部分。深度空間原位測序有助于更深入地了解導(dǎo)致疾病復(fù)發(fā)的潛在機(jī)制，并揭示II期結(jié)腸癌患者疾病復(fù)發(fā)的新型潛在預(yù)測生物標(biāo)志物。

6、轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)研究衍生基因作為2型糖尿病潛在的腹部脂肪組織特異性靶點

Transcriptome-wide association study-derived genes as potential visceral adipose tissue-specific targets for type 2 diabetes

Diabetologia; IF: 8.200; DOI: 10.1007/s00125-023-05978-5

內(nèi)容概要：該研究評估了內(nèi)臟肥胖與2型糖尿病之間的因果關(guān)系，并篩選內(nèi)臟脂肪組織（visceral adipose tissue，VAT）特異性的2型糖尿病靶點，發(fā)現(xiàn)10個VAT特異性候選基因與2型糖尿病相關(guān)，其中5個因果基因得到SMR和共定位的支持。功能敲除實驗表明，Pabpc4可能有助于調(diào)節(jié)3T3-L1脂肪細(xì)胞的分化和能量代謝。

7、單細(xì)胞軌跡分析揭示CD9陽性狀態(tài)有助于從干細(xì)胞樣和胚胎停滯狀態(tài)退出并過渡到耐藥狀態(tài)

Single-cell trajectory analysis reveals a CD9 positive state to contribute to exit from stem cell-like and embryonic diapause states and transit to drug-resistant states

Cell Death Discovery; IF: 7.100; DOI: 10.1038/s41420-023-01586-9

內(nèi)容概要：應(yīng)用單細(xì)胞軌跡分析，發(fā)現(xiàn)CD9正態(tài)對于從干細(xì)胞樣和胚胎停滯狀態(tài)轉(zhuǎn)變?yōu)槟退帬顟B(tài)具有貢獻(xiàn)。細(xì)胞狀態(tài)的轉(zhuǎn)變與JQ1 bromo- and extra-terminal domain (BET) inhibitors (BETi)的耐藥性有關(guān)；進(jìn)入轉(zhuǎn)變細(xì)胞狀態(tài)的特征是CD9 tetraspanin的表達(dá)升高。CD9的敲除或阻斷使SUM149對JQ1敏感，限制了細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)槟退帬顟B(tài)。因此，CD9可能是從干細(xì)胞樣狀態(tài)轉(zhuǎn)變?yōu)槟退帬顟B(tài)的關(guān)鍵，值得在基底樣乳腺癌中作為治療靶點進(jìn)行探索。

8、低甲基化劑聯(lián)合尼伏單抗治療異基因造血干細(xì)胞移植后復(fù)發(fā)的急性髓系白血病II期試驗-免疫特征與療效相關(guān)

Phase II trial of hypomethylating agent combined with nivolumab for acute myeloid leukaemia relapse after allogeneic haematopoietic cell transplantation-immune signature correlates with response

British Journal of Haematology; IF: 6.500; DOI: 10.1111/bjh.19007

內(nèi)容概要：應(yīng)用免疫檢查點抑制劑和低甲基化劑治療移植后急性髓系白血?。╝cute myeloid leukaemia，AML），發(fā)現(xiàn)該治療方案在選定的患者中誘導(dǎo)了抗AML免疫反應(yīng)，并可作為第二次移植的過渡方案。scRNA-seq分析揭示了治療反應(yīng)者中T和髓系細(xì)胞表達(dá)譜的炎癥重構(gòu)。

9、使用自剪切核酶的Ribo-On和Ribo-Off工具允許在秀麗隱桿線蟲中操作內(nèi)源基因表達(dá)

Ribo-On and Ribo-Off tools using a self-cleaving ribozyme allow manipulation of endogenous gene expression in?C. elegans

Communications Biology; IF: 5.900; DOI: 10.1038/s42003-023-05184-4

內(nèi)容概要：使用CRISPR/Cas9技術(shù)將T3H38核酶的63bp編碼序列插入秀麗隱桿線蟲（C. elegans）內(nèi)源基因的3' UTR，從而實現(xiàn)了內(nèi)源基因表達(dá)的有效操縱。通過插入loxP-環(huán)繞的轉(zhuǎn)錄終止信號和核酶的卡式，可以通過可控的Cre重組酶表達(dá)在空間或時間上消除基因表達(dá)，從而實現(xiàn)條件性基因敲除。同時，注射morpholino或使用Cre重組酶去除loxP-環(huán)繞的核酶可以實現(xiàn)條件性內(nèi)源基因開啟。這些基于核酶的工具可以有效地操縱內(nèi)源基因的表達(dá)，擴(kuò)展了研究內(nèi)源基因功能的工具箱。

10、轉(zhuǎn)座子元件通過RIG-I介導(dǎo)的病毒感應(yīng)途徑增強(qiáng)放射治療誘導(dǎo)的細(xì)胞免疫反應(yīng)

Transposable elements potentiate radiotherapy-induced cellular immune reactions via RIG-I-mediated virus-sensing pathways

Communications Biology；IF: 5.900; DOI: 10.1038/s42003-023-05080-x

內(nèi)容概要：聯(lián)合scRNA-seq和空間轉(zhuǎn)錄組研究放射治療與免疫治療相結(jié)合的療效及其分子機(jī)制，發(fā)現(xiàn)RNA病毒感應(yīng)途徑在非小細(xì)胞肺癌和食管鱗狀細(xì)胞癌細(xì)胞系中主導(dǎo)細(xì)胞免疫反應(yīng)，揭示了放射治療誘導(dǎo)LTRs的表達(dá)以及RNA病毒感應(yīng)途徑在免疫細(xì)胞和癌細(xì)胞中的作用，該途徑還發(fā)現(xiàn)可以促使腫瘤轉(zhuǎn)化為免疫熱狀態(tài)。

11、ProtoCell4P: 一種基于原型的可解釋的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，用于使用scRNA-seq分析進(jìn)行患者分類

ProtoCell4P: An explainable prototype-based neural network for patient classification using single-cell RNA-seq

Bioinformatics; IF: 5.800; DOI: 10.1093/bioinformatics/btad493

內(nèi)容概要：提出了一種基于原型和細(xì)胞知識的模型ProtoCell4P，可以有效地處理單細(xì)胞數(shù)據(jù)的患者表型分類，并優(yōu)于現(xiàn)有方法。該模型可以通過代表細(xì)胞的原型來緩解樣本稀缺和細(xì)胞數(shù)量多樣性的問題，并通過自適應(yīng)地整合不同細(xì)胞的信息來精確分類患者。此外，該方法能夠從數(shù)據(jù)驅(qū)動的角度揭示細(xì)胞類型與感興趣的生物類別之間的關(guān)聯(lián)。

12、scRNA-seq揭示銀屑病中IL-14、IL-18和IL-32的顯著表達(dá)

Single-cell transcriptomics reveals prominent expression of IL-14, IL-18 and IL-32 in psoriasis

European Journal of Immunology; IF: 5.400; DOI: 10.1002/eji.202250354

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq分析8名牛皮癬患者的皮膚病變，鑒定了多種免疫細(xì)胞和非免疫細(xì)胞群體，發(fā)現(xiàn)角質(zhì)細(xì)胞、T輔助細(xì)胞、樹突狀細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和成纖維細(xì)胞等細(xì)胞類型具有特定的細(xì)胞因子模式。除已知的因子外，還發(fā)現(xiàn)了IL-14、IL-18和IL-32在牛皮癬中表達(dá)顯著，這些因子在牛皮癬發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮了重要作用。

13、基于scRNA-seq的亞群鑒定分析揭示心臟Lin-KIT+細(xì)胞的異質(zhì)性

Uncovering the heterogeneity of cardiac Lin-KIT+?cells: A scRNA-seq study on the identification of subpopulations

Stem Cells; IF: 5.200; DOI: 10.1093/stmcls/sxad057

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq對小鼠心臟來源的細(xì)胞進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)三種主要的KIT細(xì)胞亞群：KIT1、KIT2和KIT3，其中KIT1是心臟內(nèi)皮細(xì)胞，KIT2表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子和調(diào)節(jié)血管生成細(xì)胞因子的基因，KIT3表達(dá)心臟轉(zhuǎn)錄因子和間充質(zhì)細(xì)胞標(biāo)記物。這些發(fā)現(xiàn)有助于深入了解KIT細(xì)胞的異質(zhì)性和發(fā)揮其修復(fù)潛力的機(jī)制。

14、基于轉(zhuǎn)錄因子過表達(dá)的人類胚胎干細(xì)胞向內(nèi)皮細(xì)胞系統(tǒng)的scRNA-seq分析

Single-cell RNA-seq analysis of a human embryonic stem cell to endothelial cell system based on transcription factor overexpression

Stem Cell Reviews and Reports; IF: 4.800; DOI: 10.1007/s12015-023-10598-y

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq，以高效的人類胚胎干細(xì)胞-內(nèi)皮細(xì)胞系FLI1-PKC為研究模型，發(fā)現(xiàn)FLI1-PKC誘導(dǎo)系統(tǒng)可以定向分化hESCs為具有所有必要功能的成熟內(nèi)皮細(xì)胞，而且與其他誘導(dǎo)方案相比，F(xiàn)LI1-PKC方法的轉(zhuǎn)錄組保持不變，可能是由于激活的轉(zhuǎn)錄因子數(shù)量增加導(dǎo)致的。

15、S100A7高表達(dá)的新型代謝亞型代表膀胱癌的預(yù)后不良和免疫抑制腫瘤微環(huán)境

A novel metabolic subtype with S100A7 high expression represents poor prognosis and immuno-suppressive tumor microenvironment in bladder cancer

BMC Cancer；IF: 3.800; DOI: 10.1186/s12885-023-11182-w

內(nèi)容概要：通過分析TCGA數(shù)據(jù)庫中的膀胱癌患者數(shù)據(jù)，將膀胱癌患者分為兩種代謝相關(guān)亞型（metabolic-related subtypes，MRSs），具有不同的特征和預(yù)后，并發(fā)現(xiàn)高表達(dá)S100A7的代謝亞型具有免疫抑制的腫瘤微環(huán)境，預(yù)示著免疫治療的良好療效。通過對63例膀胱癌和16例癌旁組織樣本的臨床隊列驗證，S100A7與不良預(yù)后和PD-L1表達(dá)增強(qiáng)顯著相關(guān)。這項研究為膀胱癌的代謝異質(zhì)性在預(yù)后和治療價值方面提供了新見解。

16、電離輻射引起的皮膚組織中膽汁酸代謝的改變：脫氧膽酸為放射性皮膚損傷的新型治療方法

Altered bile acid metabolism in skin tissues in response to ionizing radiation: deoxycholic acid (DCA) as a novel treatment for radiogenic skin injury

International Journal of Radiation Biology; IF: 2.600; DOI: 10.1080/09553002.2023.2245461

內(nèi)容概要：利用scRNA-seq等技術(shù)，研究放射性皮膚損傷期間膽汁酸及其衍生物的代謝情況，發(fā)現(xiàn)膽汁酸合成中的關(guān)鍵酶基因在皮膚成纖維細(xì)胞或角質(zhì)細(xì)胞中發(fā)生了顯著變化。大鼠放射性皮膚損傷模型中，發(fā)現(xiàn)脫氧膽酸（deoxycholic acid，DCA）促進(jìn)傷口愈合并減輕表皮增生。因此，DCA是治療放射性皮膚損傷的潛在治療藥物。

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