“我回來了！”留學蒙德的伊田回到了家中。

伊田的妻子喜出望外地迎接，并問道：“怎么沒到假期就回來了？”

“羽球節(jié)放假了，放一個月，我?guī)傻碌耐瑢W來看看稻妻的景色。”伊田高興地說。

妻子笑著說：“唉，都打了這么長時間了，哪還有什么景色??？”

漸漸地，妻子也擔心起來，擔心他是不是在海外加入了僑民組織，然后回國起義的。

果不其然，三天后，伊田在夜里離開了家，從此沒有回來過。一星期后，稻妻各大報刊頭條刊登著：“襲擊九條陣屋就擒之罪犯業(yè)已絞首”，在犯人名單中，第一位便是伊田。

這件事要從上一回的結(jié)尾說起，自從楓原萬葉離開反抗軍后，在鳴神島與幾十位回國的僑民來到了鳴神島，在多次的溝通下，這些人在荒瀧派搶來的一個房子里召開了大會，秘密成立了愛國組織“僑人會”。

此后萬葉一直隱居在稻妻城外的一處宅邸，他做了一個計劃，讓僑人會的成員，西風大學化學系的學生內(nèi)田太郎和他的弟弟內(nèi)田次郎以及兩人的同學源信治研制炸藥，然后找機會炸死雷電將軍，于是三人在稻妻城里租了一個倉庫，在里面居住，同時制作炸藥。不料就在炸藥研制到一半時，一天源信治抽煙的時候不小心點燃了炸彈的引線，隨后爆炸，好在未研制成功的炸藥威力不大，三人只是受了輕傷，但爆炸的巨響引來了守軍的注意，三人很快被捕，幾天后英勇就義，楓原萬葉在事發(fā)第二天流亡楓丹。

流亡楓丹的萬葉不甘心就此失敗，便在蒙德楓丹等多國招入成員，伊田就是其中的一人，他得到了萬葉的指示，帶領幾十名留學生回國發(fā)動起義，攻打九條陣屋，但終因敵眾我寡而失敗，犧牲者將近一半，伊田因受傷與其他留學生一同被俘，一星期后在經(jīng)過草草的審判后被處死。

但是革命的火種沒有就此撲滅，稻妻國內(nèi)外紛紛成立了“學生會”“復興會”“革新會”等學生組織，不久后這些組織與萬葉的僑人會聯(lián)合起來，組建了“救國會”。這些組織同樣吸引了很多新軍的士兵參加，他們深感稻妻未來無望，就一同謀劃發(fā)動起義，推翻雷電將軍的統(tǒng)治。

在神里綾人離開鳴神大社再次前往清籟島的幾天后，清籟島的新軍打響了起義的第一槍，起義軍首先占領了軍械庫，又擊退了趕來應戰(zhàn)的力量薄弱的幕府軍，在幾個小時內(nèi)占領了整個清籟島。

起義軍把正準備逃跑的神里綾人拉了回來，推舉他為大都督，建立了“稻妻清籟島督政府”，神里綾人在起義軍的脅迫下被迫宣布清籟島獨立。

神里綾人茫然了，事情沒有按照預想的進程發(fā)展，現(xiàn)在他感覺自己恐怕是必死無疑了，結(jié)果令人意想不到的是，第二天鳴神島的新軍也發(fā)動了起義，也成立了督政府，同樣推舉神里綾人為大都督。

突如其來的巨變打得雷電將軍措手不及，她不知自己是否應該退位，一邊是起義軍敦促她退位，另一邊是以鳴神市市長佐藤利廣為首的頑固派反對她退位。可救國會的進步青年們不想讓雷電將軍再拖延時間了，他們知道，頑固派中除了佐藤以外，其他人完全都是隨風倒的墻頭草，只要刺殺了佐藤，那么頑固派就會土崩瓦解，雷電將軍也就能隨之下臺。對于誰去刺殺這一點，青年們猶豫不決，唯有先前犧牲的內(nèi)田兄弟的堂兄內(nèi)田友義主動站了出來。

在一天晚上，內(nèi)田來到了佐藤的府上，恰逢佐藤剛剛回來，他謊稱是前來拜訪的人，于是以抽煙為借口掏出火柴，點燃了藏在身上的炸彈的引線，把炸彈拿出來，一把將佐藤推倒在府門前，炸彈也被扔到了佐藤的身旁。

炸彈爆炸了，飛出來的彈片擊中了內(nèi)田的頭部，致使他當場身亡，佐藤也在爆炸中被炸斷了雙腿，第二天死去。

頑固派頭領一死，其他人也作鳥獸散，雷電將軍被迫宣布退位，選定神里綾人為繼承人。至此，雷電將軍長達五百年的統(tǒng)治土崩瓦解，稻妻也由此進入了一個新時代，一個沒有神的新時代。

在雷電將軍宣布退位的第二天，交接儀式在天守閣舉行，神里綾人身穿救國會成員在海外定做的陸海軍大元帥服，在新軍的護送下進入天守閣。在天守閣內(nèi)，雷電將軍身穿巫女服，身后有幾名巫女和奧詰眾的士兵，其中一名士兵用雙手拿著雷神的“無想一刀”。

神里綾人來到雷電將軍面前，做了一個跪拜禮，隨后單膝下跪，雷電將軍從士兵手上接過“無想一刀”，把它遞給神里綾人，神里綾人用雙手接著，然后起身把它遞給旁邊的士兵，由這名士兵把刀放在架子上。隨后雷電將軍也對神里綾人行了一個跪拜禮，起身后，和神里綾人做了一個貼面禮，然后在巫女和奧詰眾的護送下，捧著被摘下、疊好的幕府旗離開天守閣。

就這樣，身為文官的神里綾人，成為了幕府的新一代大將軍。

在雷電將軍向外走去時，神里綾人喊了一句：“祝您一路順風！”

雷電將軍將要乘船前往鶴觀，在登船之前，雷電將軍拿起一塊布，捧了一捧鳴神島上的土，裝在里面包好，然后帶著那包土登上了“鳴神永恒”號。

船開了，望著漸漸遠去的土地，雷電將軍轉(zhuǎn)頭看了一眼裝著土的布包，留下了兩行眼淚，沒有人知道，她是舍不得這片土地上的百姓，還是不甘心就此失去昔日的權(quán)力。

別了，鳴神永恒！稻妻人民高興地慶祝雷電將軍統(tǒng)治的結(jié)束，但是他們也很快預感到，第二個雷電影，來了。