如何提高微量樣品成功率？揭秘DNA甲基化研究的幕后推手
cfDNA/ctDNA的甲基化檢測越來越受到國內(nèi)外多家癌癥早篩公司的青睞。全基因組重亞硫酸鹽測序（WGBS）是甲基化圖譜分析的金標(biāo)準(zhǔn)，但重亞硫酸鹽的化學(xué)反應(yīng)會破壞和降解DNA，導(dǎo)致DNA斷裂和丟失，不適合在珍稀樣品（如cfDNA/ctDNA）中應(yīng)用。
此外，重亞硫酸鹽文庫表現(xiàn)出明顯的GC偏嗜性，并在甲基化區(qū)域尤為顯著。為了克服這些局限性，人們開始關(guān)注酶法轉(zhuǎn)化的方法。
ABclonal作為酶原料公司，設(shè)計(jì)優(yōu)化蛋白酶的生產(chǎn)工藝，推出了關(guān)鍵酶原料—TET2, T4-BGT和APOBEC，為微量樣本DNA甲基化研究提供了有利的酶工具。
TET2酶功能介紹
DNA去甲基化酶——DNA dioxidase（雙加氧酶）TET家族蛋白自2009年發(fā)現(xiàn)以來，一直是表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域最熱門的明星蛋白之一，主要包括TET1/2/3。TET蛋白催化活性依賴于Fe2+，搭配TET2 Reaction Buffer和Enhancer，可以快速高效地氧化DNA中的5mC和5hmC，即 5-甲基胞嘧啶（5mC）→5-羥甲基胞嘧啶（5hmC) →5-甲酰胞嘧啶（5fC）→5-羧基胞嘧啶 (5caC)，是DNA去甲基化過程中的一種重要的酶，對于維持干細(xì)胞的多能性有重要作用。
T4-BGT酶功能介紹
T4噬菌體β-葡糖基轉(zhuǎn)移酶 (T4-BGT) 具有很高的糖基轉(zhuǎn)移酶活性。搭配Reaction Buffer和Enhancer，可以快速完整地將尿苷二磷酸葡萄糖（UDP-葡萄糖）的葡萄糖基團(tuán)轉(zhuǎn)移至雙鏈 DNA 中的5-羥甲基胞嘧啶 (5-hmC) 基團(tuán)上，形成β-葡糖基-5-羥甲基胞嘧啶(5-ghmC)，協(xié)助進(jìn)行5-hmC的檢測與分析。
APOBEC酶介紹
胞嘧啶脫氨酶（APOBEC）具有很高的脫氨活性，在配套反應(yīng)體系中可以高效完整地進(jìn)行單個(gè)核苷酸C到U的轉(zhuǎn)化，協(xié)助進(jìn)行甲基化分析。
酶法轉(zhuǎn)化應(yīng)用場景
酶法轉(zhuǎn)化優(yōu)勢
TET2、T4-BGT、APOBEC是甲基化研究的工具酶，應(yīng)用于NGS甲基化檢測、甲基化PCR和甲基化qPCR等領(lǐng)域。
與傳統(tǒng)的重亞硫酸鹽法處理相比，溫和的酶處理對DNA的損傷較少，能夠最大程度上保持DNA的完整性，獲得更好的測序質(zhì)量，在FFPE DNA、cfDNA以及其他低質(zhì)量或微量DNA樣本的甲基化處理中，具有很大優(yōu)勢。
應(yīng)用案例
使用ABclonal的酶原料與試劑，對100ng Human blood gDNA樣本，并添加Unmethylated Lambda DNA 和 CpG-methylated pUC19兩種內(nèi)參，分別進(jìn)行BS轉(zhuǎn)化與酶法轉(zhuǎn)化，然后統(tǒng)一采用RK20220 ABclonal Scale Methyl-DNA Lib Prep Kit for Illumina單鏈建庫測序方式，評估甲基化轉(zhuǎn)化方法的轉(zhuǎn)化效率和文庫質(zhì)量。
數(shù)據(jù)展示：
1、TET2酶的功能驗(yàn)證數(shù)據(jù)
2、T4-BGT的功能驗(yàn)證
使用ABclonal T4-BGT 原料甲基化建庫，文庫產(chǎn)量高，文庫插入片段大，明顯優(yōu)于BS方法；
3、APOBEC的功能鑒定
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