F1表示mapping到該基因的fragments總數(shù)

L1表示該基因長度

FT表示mapping到參考基因組的總fragments數(shù)

RPKM：Reads Per Kilobase Million或者Reads Per Kilobase Per Million Reads，即每一百萬條Reads中，比對到該基因1000個base的Reads數(shù)。

R1 表示mapping到該基因的reads總數(shù)

L1表示該基因長度

RT表示mapping到基因組的總reads數(shù)

FPKM意義與RPKM的區(qū)別僅在于，F(xiàn)ragment 與 Read。

RPKM的誕生是針對早期的SE測序，F(xiàn)PKM則是在PE測序上對RPKM的校正。

Reads即是指下機后fastq數(shù)據(jù)中的每一條Reads，F(xiàn)ragments則是指每一段用于測序的核酸片段，在SE中，一個Fragments只測一條Reads，所以，Reads數(shù)與Fragments數(shù)目相等；在PE中，一個Fragments測兩端，會得到2條Reads，但由于后期質(zhì)量或比對的過濾，有可能一個Fragments的2條Reads最后只有一條進入最后的表達量分析?？傊?，對某一對Reads而言，這2條Reads只能算一個Fragments，所以，F(xiàn)ragment的最終數(shù)目是Reads的1到2倍之間。

TPM：Transcripts Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千個堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬映射讀取的Transcripts)。

R1表示mapping到該基因的Transcripts總數(shù)

L1表示該基因長度

Rtotal表示矯正后的所有基因的counts總和。

計算TPM分為3步：
step1：根據(jù)基因/轉(zhuǎn)錄本長度校正count值；假設(shè)某基因count值為R1，則校正后count值為：R1/(L1/1000)，L1為該基因的長度；
step2：計算total 校正后count值；即所有基因的校正后count值總和，Rtotal；
step3：根據(jù)公式計算TPM；

歐易云平臺-表達量計算

2.1 表達量計算小工具用于將轉(zhuǎn)錄組的counts數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成FPKM或者TPM標準化的數(shù)據(jù)。

參考右側(cè)的使用說明，正確整理數(shù)據(jù)格式即可實現(xiàn)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換。

注：表頭含義，第一列列名為id，第2-n列為樣本名稱，沒有的填寫為0，這里不允許不填，不填寫會報錯。

2.2頁面參數(shù)選擇

將整理完的表格，上傳至表達量矩陣表位置

進行轉(zhuǎn)換之前要先選擇物種，選擇的物種要與研究的目標物種一致，不同物種所選擇的基因的長度是不一樣的，這里要特別注意，如果選錯物種則計算出的結(jié)果是錯的。

2.3 標準化方法的選擇：

主要有兩種方法FPKM和TPM，適用于當(dāng)前歐易轉(zhuǎn)錄組報告數(shù)據(jù)標準化方法。

2.4 結(jié)果展示：

點擊結(jié)果下載，自動下載標準化后的數(shù)據(jù)。

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