德國空軍部在1941年提出了新的重型戰(zhàn)斗機/驅(qū)逐機計劃，打算盡可能利用現(xiàn)有零部件，盡快設(shè)計制造一種可以替換Bf 110雙發(fā)重型戰(zhàn)斗機的機型，作為回應(yīng)，梅塞施密特公司開發(fā)了Me 609重型戰(zhàn)斗機。

其實Me 609源自更早的Me 309，后者是梅塞施密特公司在1940年中期開發(fā)的項目，當(dāng)時德國空軍在戰(zhàn)斗中發(fā)現(xiàn)英軍噴火戰(zhàn)斗機性能不俗，于是希望開發(fā)一種性能更好的戰(zhàn)斗機，用來取代Bf 109戰(zhàn)斗機，由于項目優(yōu)先級不高，Me 309的研發(fā)速度比較慢。

Me 309是一種采用常規(guī)布局的單發(fā)戰(zhàn)斗機，在它身上嘗試了一些先進技術(shù)，例如該機采用了加壓駕駛室、前三點起落架，它的前起落架安裝在發(fā)動機艙下方，由于這里空間有限，前起落架需要先偏轉(zhuǎn)90°放平機輪再收入。

Me 309采用的是一臺戴姆勒-奔馳DB 603G倒置V12液冷發(fā)動機，它可以輸出約1700馬力，這對一架空重約3500千克的戰(zhàn)斗機來說還不錯，它在初期的測試中確實表現(xiàn)出較好的速度性能，它比Bf 109 G系列還快，不過它的機動性更差，飛行員需要更大的控制力進行操作，不過后來證明當(dāng)戰(zhàn)機全副武裝之時就連速度優(yōu)勢也不明顯了，因此Me 309項目失敗。

1941年時Me 309尚在研發(fā)中，梅塞施密特公司在它的基礎(chǔ)上提出了Me 609重型戰(zhàn)斗機，簡單來說就是將兩架Me 309戰(zhàn)斗機并排連接起來，發(fā)展成F-82“雙野馬”類似的戰(zhàn)斗機。兩架Me 309的內(nèi)側(cè)機翼和水平尾翼連接，取消了機尾外側(cè)的水平尾翼，它采用4輪起落架，保留了兩架Me 309的前起落架，保留了兩具靠內(nèi)側(cè)的主起落架，這種奇怪的設(shè)計讓主起落架的輪距反而小于前起落架。

Me 609只配備一名飛行員，他坐在左側(cè)機體駕駛室內(nèi)，右側(cè)機體取消駕駛室并平滑過渡降低飛行阻力，內(nèi)部安裝額外的油箱增加航程，戰(zhàn)機空重約5250千克，機長9,72米，翼展15.75米，預(yù)計最大飛行速度可達(dá)760千米/小時。

該機的武器配置強大，戰(zhàn)斗機版本計劃安裝4或6門MK 108 30毫米航炮，對大型轟炸機這類目標(biāo)破壞力更大，其中2門航炮計劃安裝在中間機翼上。設(shè)計師考慮了輕型戰(zhàn)斗轟炸機版本，這版只安裝2門30毫米航炮，在每具機體下方可以攜帶一枚500千克航彈。

經(jīng)過計算Me 609將可直接使用80％ Me 309的零部件，它的各項紙面數(shù)據(jù)看起來似乎不錯，不過當(dāng)時德國已經(jīng)預(yù)見到噴氣式戰(zhàn)斗機在未來的作用，因此Me 609項目在1942年12月取消，沒有建造過原型機，一些出現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上的照片不過是模型照片。