噶爾丹時(shí)期的準(zhǔn)噶爾與清政府之間關(guān)系演變大體上可以1688年（康熙二十七年）噶爾丹進(jìn)軍喀爾喀蒙古為界，區(qū)劃為前后兩個(gè)階段：1671年（康熙十年）至1687年（康熙二十六年），噶爾丹積極改善與清朝的關(guān)系屢遣使團(tuán)到清朝訪問、貿(mào)易并爭(zhēng)取康熙帝對(duì)自己的承認(rèn)和支持，清政府也做出積極回應(yīng)，對(duì)準(zhǔn)噶爾采取以“優(yōu)待”、“籠絡(luò)”為主的政策；1688年（康熙二十七年）至1697年（康熙三十六年），雙方關(guān)系以軍事沖突為主。

準(zhǔn)噶爾的商隊(duì)一般隨貢使同行，多在每年春、秋二季。準(zhǔn)噶爾牧民所用的棉絮、棉線以及臺(tái)吉、宰桑用的綢緞、絲繡等物，均需向中原地區(qū)購(gòu)買，準(zhǔn)噶爾貴族對(duì)中原所產(chǎn)之奢侈品十分傾慕。噶爾丹派往內(nèi)地的商隊(duì)日益頻繁，清政府為加強(qiáng)管理改變對(duì)準(zhǔn)噶爾貢使和商隊(duì)的限制后，雙方關(guān)系惡化。

噶爾丹稱汗后，于1677年（康熙十六年）一舉打敗和碩特部鄂齊爾圖車臣汗，占有青海，統(tǒng)一了衛(wèi)拉特蒙古。

1678年（康熙十七年），統(tǒng)一回部（天山南路）。打通了由天山南北地區(qū)分別到內(nèi)地和青海、西藏的交通要道。

1681年（康熙二十年），噶爾丹再向西面進(jìn)攻，渡過楚河，沿西天山北麓，一直攻到賽拉姆（今江布爾西南）。至1690年（康熙二十九年），噶爾丹所統(tǒng)治的范圍，西起伊犁，東至蒙古草原。