脂肪酸（FAs）是脂質(zhì)的主要成分，脂質(zhì)類的物理、化學和生理特性主要取決于其脂肪酸組成。脂肪酸的組成通過氣相色譜法對甲酯化脂肪酸進行測定得到。反式脂肪酸是一種不飽和脂肪，在自然界中少量存在，但從1950年代開始從植物脂肪廣泛工業(yè)生產(chǎn)，用于人造黃油、包裝的焙烤食品、休閑食品和油炸快餐中。事實證明，反式脂肪酸一直與冠心病（西方國家的主要死亡原因）的風險增加相關(guān)。

GC-MS提供了大量手段用于FA的定性表征。例如，通過70 eV EI電離法，可實現(xiàn)FA的吡咯化物、二甲基惡唑啉、吡啶啉基、五氟二甲基甲硅烷基和三甲基甲硅烷基衍生物分析，可用于結(jié)構(gòu)確定。這些不太常見的FA衍生物的EI電離可在定位FA的支鏈位置和不飽和位置方面產(chǎn)生不同的碎裂片段。通過EI-MS對甲酯化的脂肪酸定量分析的最簡單的方法可以通過監(jiān)測一系列涵蓋分析物預(yù)期碎片的質(zhì)荷比（m/z）值來進行，然后根據(jù)總離子計數(shù)（TIC）色譜圖中色譜峰的積分來確定含量。