這些外泌體數(shù)據(jù)庫(kù),絕對(duì)高大上!
1983年,外泌體被人類(lèi)發(fā)現(xiàn),當(dāng)時(shí)被認(rèn)為是是細(xì)胞廢棄物而未受關(guān)注,2013年,諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)授予了在細(xì)胞內(nèi)囊泡(外泌體)運(yùn)輸調(diào)控機(jī)制領(lǐng)域作出重要貢獻(xiàn)的三位科學(xué)家,將外泌體相關(guān)研究的熱度推向高潮。由于在臨床上的巨大應(yīng)用價(jià)值,近幾年外泌體成為科研熱點(diǎn),相關(guān)論文發(fā)表數(shù)量呈爆炸式增長(zhǎng),2017年外泌體相關(guān)SCI論文多大2000篇,2018年僅上半年相關(guān)SCI論文就達(dá)到近1500篇。
?
過(guò)去四年來(lái),國(guó)自然項(xiàng)目中,外泌體的中標(biāo)項(xiàng)目飆升,成為國(guó)自然“寵兒”,今天為就來(lái)介紹幾個(gè)個(gè)查詢檢索外泌體內(nèi)容物的數(shù)據(jù)庫(kù),下面這些你都用過(guò)嗎?
exoRBase
數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址:http://www.exoRBase.org
?

人類(lèi)血液外泌體的RNA-seq數(shù)據(jù)分析的circRNA、LncRNA和mRNA的存儲(chǔ)庫(kù),還包括已發(fā)表文獻(xiàn)的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。exoRBase對(duì)標(biāo)準(zhǔn)化RNA-seq數(shù)據(jù)的RNA表達(dá)譜進(jìn)行了整合和可視化,數(shù)據(jù)涵蓋了正常個(gè)體和不同疾病患者。exoRBase數(shù)據(jù)庫(kù)收集和描述人類(lèi)血液外泌體中所有長(zhǎng)的RNA,目前包含58330個(gè)circRNA、15501個(gè)LncRNA和18333個(gè)mRNA,提供了注釋、表達(dá)水平和可能的來(lái)源組織,數(shù)據(jù)庫(kù)將定期更新,提供更多的外泌體RNA信息。
EVpedia
數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址:http://student4.postech.ac.kr/evpedia2_xe/xe/
?

?
?
EVpedia數(shù)據(jù)庫(kù)是由韓國(guó)項(xiàng)浦大學(xué)舉辦,2012年1月27日發(fā)布,共包含高通量研究168例,高通量數(shù)據(jù)263個(gè),分子數(shù)據(jù)172080個(gè),文獻(xiàn)6879篇,主要調(diào)查中3336人;匯總了不同囊泡研究(包括外泌體)中發(fā)現(xiàn)的蛋白,mRNA,miRNA,脂類(lèi),代謝產(chǎn)物;除此之外,其還提供一款分析工具,可用于如檢索和瀏覽囊泡成分、Gene Ontology富集分析、囊泡蛋白和mRNA的網(wǎng)絡(luò)分析,同時(shí),胞外囊泡研究的相關(guān)文獻(xiàn)在本數(shù)據(jù)庫(kù)中列出。?
Vesiclepedia
數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址:http://microvesicles.org/index.html
?

?
Vesiclepedia,一個(gè)胞外囊泡分子數(shù)據(jù)(脂質(zhì)、RNA和蛋白質(zhì))的手工檢索工具庫(kù),目前包含來(lái)自于過(guò)去一些年份文獻(xiàn)中發(fā)表的341個(gè)獨(dú)立研究的35264個(gè)蛋白,18718個(gè)mRNA,1772個(gè)miRNA、342個(gè)脂質(zhì)條目,還可以根據(jù)物種、囊泡、分子和樣品類(lèi)型瀏覽和檢索,最新更新時(shí)間為2015年1月1日。
?
ExoCarta
數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址:http://exocarta.org/index.html
?

?
ExoCarta是一個(gè)開(kāi)放的平臺(tái),主要關(guān)于外泌體蛋白、RNA、脂質(zhì)體的手工數(shù)據(jù)庫(kù),收錄了包括人、大鼠、小鼠、綿羊、豚鼠、果蠅、馬、穴兔、牛、在內(nèi)的幾個(gè)物種的286個(gè)研究結(jié)果;涉及到不同組織器官來(lái)源的外泌體中的蛋白,mRNA,miRNA,脂類(lèi)等信息,該數(shù)據(jù)庫(kù)已經(jīng)被超過(guò)16000名獨(dú)立研究人員使用,最新更新時(shí)間為2016年09月12日。
Vesiclepedia收錄其它囊泡的信息相比,ExoCarta數(shù)據(jù)庫(kù)只收錄了外泌體中的分子信息,不過(guò)也有一些獨(dú)特的信息,比如lncRNA: