第一話：

開場朱鷺戶沙耶在走廊里用槍與怪物作戰(zhàn)：“因為約定好了，一定能夠……再次相見。”

明天要考試，理樹卻不見了筆記本，去真人課桌拿的時候被沙耶抓住，她讓他快跑，理樹聽到槍聲跑回來撿到沙耶的學(xué)生手冊。第二天理樹找到沙耶，覺得有似曾相識感，卻不清楚具體地點

沙耶表面上開心地收下手冊，卻將理樹約到天臺，預(yù)言他的死，怕他晚上會被“暗之執(zhí)行部”綁架透露出自己的信息，于是打算滅口，但實際上理樹根本沒認(rèn)出昨天的女孩是她。沙耶將理樹推下樓（柵欄恰好壞了），表示Game Start，理樹墜落時被真人接住

理樹以為這是恭介的把戲，結(jié)果恭介聽到暗之執(zhí)行部后表現(xiàn)出緊張感，聲稱此部知曉他的弱點——鈴，不要與他們扯上關(guān)系，理樹因此得不到他的幫助

理樹被莫名的黑影襲擊，跑到棒球社被繩索勒住，幸被謙吾救下，察覺到沙耶想殺他，于是帶上球棒去找沙耶，結(jié)果路上又被電線襲擊，他用球棒砸壞電線桿后回宿舍遇到沙耶，她表示不會殺三次幸存的他，決定與其合作遭到拒絕，準(zhǔn)備用槍逼其就范時打中了突然出現(xiàn)在理樹旁的黑影

兩人逃到室外，理樹不得不成為沙耶的搭檔，沙耶自稱為諜報員，目的是埋藏在學(xué)校里的秘寶，而暗之執(zhí)行部是守護(hù)學(xué)校秩序的人，可以將身影分開只用影子來行動，影子被槍擊也不會傷及本體。沙耶破解機(jī)關(guān)，兩人在樓上進(jìn)入學(xué)校地下

第二話：

展現(xiàn)在二人面前的是一個龐大的迷宮，沙耶利用理樹三次幸存的好運讓他選擇出路，結(jié)果遇到了陷阱，跌跌撞撞地到了地下三層

沙耶也沒有從其他間諜那里得到更多的信息：“我所在的間諜世界就是如此扭曲無情，有時候甚至要出賣救命恩人，害死最愛之人，做不到這些的，只有死路一條（此時畫面轉(zhuǎn)向向下的樓梯）”

兩人暫時回到地面，理樹第二天看著LB眾人，感受著悠閑的光景，感慨沙耶的處境，此時列儂望著翻閱漫畫的恭介，漫畫上畫著相貌酷似沙耶的女孩

沙耶晚了一小時才到，臉上有印記，聲稱是睡覺壓的，學(xué)著佐佐美女王笑，理樹向她表示自己對她遲到的的擔(dān)心。兩人在街上準(zhǔn)備食物，沙耶注目夾娃娃機(jī)里的玩偶，但聲稱自己每天為了任務(wù)沒時間玩游戲。理樹建議她玩，得到了一個熊貓玩偶，結(jié)果沙耶上了癮繼續(xù)為理樹抓了不少，理樹察覺到她除了冷酷無情老謀深算外的另一面

晚上二人再進(jìn)迷宮，理樹開始享受跟著沙耶的步調(diào)，并故意不看她偶然的失誤：“朱鷺戶同學(xué)比她自己想象中的要更笨手笨腳一些，甚至需要我來保護(hù)她。而且，不知為什么，跟她在一起時總會涌起一種懷念的感覺，我果然曾經(jīng)在別的地方見過她，是在哪里呢？”

二人在死胡同中再次遇到黑影，沙耶負(fù)責(zé)開槍而理樹去找機(jī)關(guān)（和上集布置相反），后者找到了樓梯而前者陷入困境，理樹開槍救下了她（也和上集的結(jié)果相反），這讓他自己都感到驚訝

兩人在地下發(fā)現(xiàn)了溫泉，沙耶泡澡時想到露天浴池，想要悠閑地享受溫泉旅行，盡管這種生活與她無緣。理樹也想到自己似乎有曾和她一起在星空下泡溫泉的經(jīng)歷

兩人一起吃飯，沙耶想到任務(wù)完成后就要趕往下一個地點不再見理樹，而理樹也有了“不想失去她”的念頭，向她詢問二人是否曾經(jīng)見過時，沙耶突然落淚。理樹想起了深藏在心中的情感——從很久之前就喜歡沙耶

第三話：

開頭OP

第一個鏡頭給了理樹背包后的熊貓玩偶，他現(xiàn)在非常留戀跟她相處的時光

沙耶不小心崴腳撞墻，抱怨是理樹看著她導(dǎo)致的。這時兩人發(fā)現(xiàn)了天花板上的機(jī)關(guān)，沙耶要求理樹讓她站他肩上啟動了暗門，二人走入一個大廳，與一座會動的石像戰(zhàn)斗，理樹拔起旁邊的一把劍，沙耶發(fā)現(xiàn)它是一把鑰匙，便插入石像頭頂將其擊潰

沙耶腳受了傷，理樹主動將她公主抱到地下五層。沙耶注意到理樹剛才在戰(zhàn)斗時喊了她的本名，song of friends響起，理樹表示早就想這么叫了，而這又似曾相識。沙耶說出內(nèi)心真實想法：喜歡理樹，并試圖親吻他結(jié)果理樹被嚇得后退，見此情景，沙耶立刻擺出一張朝氣蓬勃的臉，堪稱世界名畫，因為理樹避開了她的吻而尋死覓活

理樹扶起摔倒的沙耶，向她表白，并讓她閉眼：“即便這里是戰(zhàn)場，也得這么做才合規(guī)矩?！倍私游牵骸安恢獮楹?，我忽然有種預(yù)感，我或許不久后就會失去這個女孩?！崩順湓僖淮谓谐錾骋谋久?br>

理樹好奇石像旁的劍，像是迷宮在戲弄入侵者。二人都在為初吻而動搖，引得沙耶歇斯底里地怪叫。爬上金字塔，二人穿過射線，來到秘寶之前的最終決戰(zhàn)之處，與暗之執(zhí)行部的干部，這個世界最強(qiáng)的大BOSS。理樹：“深邃的黑暗仿佛是在說：‘若是再繼續(xù)前進(jìn)，就再也見不到她了?！?/p>

沙耶猜測秘寶是時光機(jī)，問理樹想去什么地方，理樹說想去百年后的未來看文明的發(fā)展，但沙耶卻認(rèn)為說不定地球已經(jīng)毀滅了，她想回到小時候，然后再重來一次，再次與理樹相遇:“如果這次的任務(wù)能夠平安結(jié)束的話，可以邀請你去約會嗎？”理樹同意了

就在二人動身時，戴著面具的暗之執(zhí)行部部長“時風(fēng)瞬”出現(xiàn)，理樹想開槍時被沙耶制止，瞬讓沙耶一個人跟他過去，她對理樹說這就是規(guī)矩：“有朝一日，一定要帶我去……約會……的哦。”

沙耶和瞬在黑暗中激戰(zhàn)，結(jié)果被槍打中：“因為約定好了，再次相見，再次和理樹相戀，一起去……約會……一定能夠……”理樹在鐵柵欄外看著卻無能為力

屏幕上出現(xiàn)游戲“GAME OVER”的字樣、REPLAY和GAME END的選項，背景響起沙耶的聲音：“我死了，不知道已經(jīng)死了多少次了，是第99次嗎？還是比這更多呢？”畫面切換回理樹與真人在宿舍里，REPLAY選項被點選，GAME START：“然后我會再次等待理樹君。”沙耶出現(xiàn)在最初樓道里，按住了闖進(jìn)來的理樹，讓他從正門逃走，自己對出現(xiàn)的黑影開槍：“我的理樹君，絕無僅有的搭檔……”

三集的ED開頭一集比一集長，第二集開頭出現(xiàn)了沙耶、佐佐美、佳奈多三人，本集ED開頭畫面出現(xiàn)了空空的課桌

第四話：

沙耶自幼喪母，父親是位醫(yī)生，帶著年僅四歲的她來到一個戰(zhàn)亂國家，而唯一能給沙耶帶來救贖的是一本日本志愿者留下的漫畫——《學(xué)園革命SchoolRevo》（即恭介正在看的那本）。父女倆回國后沙耶偶遇兒時理樹，他向她發(fā)出邀請，沙耶報上了自己的名字：彩，理樹成為她第一個朋友。結(jié)果當(dāng)天彩遭遇泥石流：“好冷……”

夜晚沙耶再次于樓道內(nèi)與黑影戰(zhàn)斗，再次遇到理樹拉著他進(jìn)地道，進(jìn)行不知道重復(fù)了多少次的冒險，又無數(shù)次地死去，又無數(shù)次擔(dān)心理樹這次能否喜歡她。面對作為這個世界GM的瞬，身為世界異常的沙耶沒有勝算，她請求瞬讓她進(jìn)行最后一次游戲，不再有REPLAY：“這次就真的結(jié)束了，能和理樹君在一起的最后時光，能一起度過如此愉快的時光，到此為止了。”

在這一次行動中，理樹又一次喜歡上了她，二人再次接吻，一起背著熊貓布偶進(jìn)入地下室，討論著時光機(jī)，沙耶仍想回到小時候重新再來一次：“吶，假如說呢，在某個時候某個地方再次相遇了的話，邀請你去約會哦！”那時只有陽光和他們的笑聲

理樹辦成女生作為肉盾擋在瞬和沙耶中間，她發(fā)現(xiàn)瞬是不會向理樹開槍的，理樹因為對方是活人而非影子難以還擊，最后在沙耶的“他是不死身”的保證下，三人幾乎同時開槍，沙耶只是擦傷，而瞬雙肩中彈倚在墻上，沙耶終于贏了。瞬告訴他們最深處有通往底層的電梯，也不會再有機(jī)關(guān)了，這就是此世的規(guī)矩

電梯里二人小指相勾，來到最底的地下60層，眼前是一個實驗室，沙耶獨自進(jìn)去并鎖上了門，在尋找時突然手上出血，原來秘寶是生物武器，二人將再次分別。理樹想進(jìn)房不得，沙耶在玻璃墻后說：“理樹君，與我相遇的路線是BAD END哦，在這里就只有這樣的結(jié)局。”而沙耶決定將這次設(shè)為最后一次游戲就是察覺到了這點。

實際上，朱鷺戶沙耶是瞬最喜歡的漫畫《學(xué)園革命》里的虛構(gòu)角色，而遭遇意外的彩的靈魂不知何時誤入這個世界，成為沙耶開始活動，因此她是不能存在的人，總歸是要消失，所以才那樣努力去尋求戀愛：“這個地方有我曾經(jīng)想要追尋的青春（畫面上是LB十人），這個世界是那么的溫柔善良。我知道，大家都很善良，你也一樣，如果想讓我消失的話隨時都做得到，但依舊在等著我玩夠了。”沙耶決定自己消失，方法是讓GM瞬將秘寶（原作也未揭曉）設(shè)置為生物武器，這樣沙耶就能“懷著完成了冒險的喜悅，從這個世界消失。”瞬（恭介）：“真的這樣就可以了嗎？”

“抱歉了，理樹君，謝謝你陪我去玩，謝謝你給我今天，謝謝你喜歡上我，這就是，離開這個世界的方法?！鄙骋蛔杂X地哭了出來，她“對理樹君，對這個世界，是如此的喜歡。在這個溫柔善良的世界里與理樹一起度過的時間，這就是我的青春，與理樹君一起拼命追尋過的……謝謝你，理樹君?！?/p>

“如果時間能夠停止就好了，好想永遠(yuǎn)活在沙耶還活著的這一瞬間……我喜歡的沙耶（回憶詞是沙耶說“就像你想象的那樣毫無防備地睡死過去了”）……最喜歡的沙耶……無論如何，請把這一瞬間（二人接吻），永遠(yuǎn)地……賜予我們！”陷入與她的回憶中的理樹眼睜睜地看著沙耶舉槍自盡

一片灰蒙蒙的霧中，“‘沙耶’，雖不知是什么時候，但我感覺很久前開始就這么叫了”理樹雙眼含淚從床上醒來，旁邊放著那本漫畫，恭介坐在他床上，理樹向他述說著已經(jīng)不在了的很重要的搭檔。恭介告訴她，一個叫沙耶的間諜漂亮地逃脫了暗之執(zhí)行部的掌控，奪取了他們的時光機(jī)逃走了。理樹望著窗外的陽光：“我們說不定，早已相遇了。”

醫(yī)院里彩帶著舉槍后的意識醒來發(fā)現(xiàn)自己還活著，只是身體還是當(dāng)初的兒童，父親出現(xiàn)在面前，枕下放著《學(xué)園革命》：“真是場漫長的夢，探索地下迷宮，還要進(jìn)行槍戰(zhàn)哦，我有個搭檔，他喜歡上了我呢，我也喜歡他，非常的喜歡！”而父親告訴她每天來找她玩的理樹今天也來了，估計他是喜歡著彩。彩下了床，沖向門外抱著球的男孩：“一起玩吧，理樹君！”

倒在雪地里的沙耶出現(xiàn)在了草坪上，理樹叫醒了她，一起離開

EX第一部分沙耶篇完結(jié)