獲取嵌入hkl文件的CIF文件
有時(shí)候閱讀文獻(xiàn)時(shí)，遇到文獻(xiàn)中的晶體結(jié)構(gòu)，會(huì)想要把晶體數(shù)據(jù)下載下來進(jìn)行解析和精修等練習(xí)或研究，而想要進(jìn)行解析和精修，就必須要有衍射數(shù)據(jù)文件hkl，如果發(fā)表的CIF中嵌入了hkl文件，那么就可以從下載的CIF中提取hkl文件用作解析和精修。但如果出于各種原因，作者在發(fā)表CIF時(shí)，刻意不嵌入hkl文件，則下載的CIF文件就無法提取hkl文件，自然也就無法用于解析和精修。
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如果CIF文件中沒有嵌入hkl文件，只能求助論文作者，看看能否從作者那里得到相應(yīng)的hkl文件。
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案例1：Inorg. Chem. 2021, 60, 1315–1319.
在論文主頁Supporting Information中，沒有作為附件的CIF文件，只是提供了CCDC[1]號(hào)（即Deposition Number），如圖1.1所示。
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根據(jù)CCDC號(hào)在CCDC官網(wǎng)找到其存儲(chǔ)的CIF文件，如圖1.2所示。
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在下載頁面選擇包含結(jié)構(gòu)因子的選項(xiàng)，如圖1.3所示。
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發(fā)現(xiàn)下載下來的CIF文件只有38 KB，如圖1.4所示，很顯然，該數(shù)據(jù)在發(fā)表時(shí)并未嵌入hkl文件。
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而該論文中另一個(gè)數(shù)據(jù)確實(shí)嵌入了hkl文件，如圖1.5所示。
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這倒是一個(gè)挺奇怪的情況，同一篇論文中的兩個(gè)數(shù)據(jù)，一個(gè)嵌入hkl文件，另一個(gè)卻沒有。這種情況下，只能向論文作者求助hkl文件。
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案例2：Chem. Commun. 2022, 58, 9682–9685.
在論文主頁右側(cè)，點(diǎn)擊Crystal structure data，如圖2.1所示。
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下載到的CIF文件如圖2.2所示。
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用Olex2[2]打開后，可在Work>>Refine下提取hkl和res文件，如圖2.3所示。
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案例3：Angew. Chem. Int. Ed. 2022, 61, e202206022.
在論文主頁Supporting Information中，可以下載論文中晶體數(shù)據(jù)的CIF文件，如圖3.1所示。
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隨后用Olex2提取hkl和res文件即可。
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案例4：Dyes Pigments 2022, 198, 109992.
在論文主頁點(diǎn)擊左側(cè)列表的Appendix A. Supplementary data，頁面轉(zhuǎn)至相應(yīng)位置后，點(diǎn)擊相應(yīng)的數(shù)據(jù)鏈接，如圖4.1所示。
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頁面跳轉(zhuǎn)至CCDC官網(wǎng)，如圖4.2所示，輸入驗(yàn)證碼。
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然后按照和案例1相同的方法，下載其CIF文件即可，如圖4.3所示。
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案例5：Chem. Commun. 2022, 58, 11434–11437.
在論文主頁右側(cè)，點(diǎn)擊Crystal structure data，如圖5.1所示。
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該CIF文件中共包含5個(gè)晶體數(shù)據(jù)，但發(fā)現(xiàn)第一個(gè)晶體數(shù)據(jù)（CCDC 2190296）沒有對(duì)應(yīng)的hkl和res文件，而其他4個(gè)晶體數(shù)據(jù)均有對(duì)應(yīng)的hkl和res文件，從CCDC官網(wǎng)下載2190296.cif文件（僅有22 KB），發(fā)現(xiàn)其中也沒有hkl和res文件，如圖5.2所示，這很可能是作者故意為之的。
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總體而言，獲取嵌入hkl和res文件的CIF文件基本上就是如下的途徑：
（a）在論文主頁下載以附件作為支撐材料的CIF文件
（b）如果方式（a）下載的CIF文件中沒有hkl和res文件，則通過論文DOI或數(shù)據(jù)CCDC在CCDC官網(wǎng)下載相應(yīng)的CIF文件（有時(shí)論文主頁的附件CIF中沒有hkl和res文件，但CCDC官網(wǎng)的CIF中有）
（c）如果上述兩種方式下載到的CIF中都沒有hkl和res文件，則可嘗試發(fā)郵件求助論文作者
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相關(guān)視頻
根據(jù)CCDC從CCDC官網(wǎng)下載CIF文件：https://www.bilibili.com/video/BV1ZM4y1f7BJ
根據(jù)DOI從CCDC官網(wǎng)下載CIF文件：https://www.bilibili.com/video/BV1Lb41197UH
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參考文獻(xiàn)
[1] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.
[2] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.
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