摘要

日本狼（Canis lupus hodophilax Temminck, 1839）是灰狼的一個亞種

它居住在日本群島，并在100-120年前滅絕。在本研究中，我們測定了19世紀至20世紀初的9只日本狼和11只日本狗的全基因組并分析了現(xiàn)代及古代的狼和狗?；蚪M學(xué)分析表明，日本狼是灰狼的一個獨特亞種,在基因上與現(xiàn)代和古代灰狼都不同，缺乏與其他灰狼的基因流動

。一個最小化漸滲影響的系統(tǒng)發(fā)育樹顯示，在灰狼中，日本狼是最接近狗的單系群。此外，日本狼與歐亞大陸東部的狗有著顯著的基因親緣關(guān)系。

我們估算了在從更新世到全新世的過渡時期，東歐亞狗在與西歐亞狗譜系分化后的早期階段發(fā)生了從日本狼的祖先到東歐亞狗的祖先基因滲入的水平。由于這種漸滲作用，許多狗通過東歐亞狗血統(tǒng)的混合而繼承了日本狼的血統(tǒng)。由于這種遺傳聯(lián)系，在整個歐亞大陸東部，多達5.5%的現(xiàn)代狗基因源于日本狼相關(guān)的祖先.

介紹

灰狼（Canis lups）的系統(tǒng)發(fā)育引起了研究人員和公眾的廣泛關(guān)注，因為狼是人類最熟悉的動物物種之一，即狗的近親?，F(xiàn)存的灰狼（犬科狼瘡）分為三個譜系：北美、歐亞和家養(yǎng)狗譜系，包括幾個在更新世期間居住在歐亞大陸的現(xiàn)已滅絕的譜系（Ramos Madrigal，et al.2021）。最近對灰狼的系統(tǒng)基因組學(xué)分析表明，北美灰狼在基本祖先位置上分化，其次是歐亞血統(tǒng)（Fan等人，2016年；Leathlohair等人，2018年）。狗形成一個單系分支，是灰狼歐亞血統(tǒng)的姐妹群（Freedman等人，2014年；Fan等人，2016年；Leathlohair等人，2018年）。因此，狗的血統(tǒng)起源于歐亞大陸的假說已被廣泛接受。但關(guān)于何時、何地、多少次以及來自哪個人口，仍有很多爭論，狗的祖先是馴養(yǎng)的（倫納德等，2002年；薩沃萊寧等，2002年；杰蒙普雷等，2009年；龐等，2009年；沃恩霍爾德等，2010年；拉森等，2012年；阿克塞爾森等，2013年；塔爾曼等，2013年；弗里德曼等，2014年；佩里2016年；詹森等，2018年；萊瑟洛夫等，2018年；佩里等，2021年）。由于沒有任何現(xiàn)存的灰狼種群與狗的關(guān)系比其他狼種群更為密切，因此人們認為狗系是從已滅絕的灰狼種群馴化而來的（拉爾森等，2012年；塔爾曼等，2013年；弗里德曼等，2014年；斯科格隆德等，2015年；范等，2016年；弗蘭茨等，2016年）。然而，目前還沒有關(guān)于這種滅絕種群的信息。

歐亞大陸的許多地區(qū)，包括東南亞（Savolainen等人，2002年；Pang等人，2009年；Wang等人，2013年；Wang等人，2016年）、中東（Vonholdt等人，2010年）、中亞（Shannon等人，2015年）、歐洲（Thalmann等人，2013年）以及歐亞大陸西部和東部（雙重起源）（Frantz等人，2016年）已被提議作為狗的起源候選地，但關(guān)于狗的起源（單一或雙重）以及馴化時間的辯論仍在繼續(xù)。據(jù)估計，歐亞灰狼和狗血統(tǒng)之間的差異發(fā)生在2萬到4萬年前（Skoglund等人，2015年；Botigué等人，2017年）。根據(jù)系統(tǒng)基因組學(xué)分析，狗最初被報道在基因上分為兩個不同的譜系，即歐亞大陸西部和東部譜系（弗里德曼等，2014年；香農(nóng)等，2015年；弗蘭茨等，2016年；博蒂古等，2017年；Leathlobhair等，2018年）。隨后的報告表明，北極雪橇犬譜系存在古老的分化（Sinding等，2020年），這與接觸前的美洲犬密切相關(guān)（Leathlobhair等，2018年）。北極雪橇犬譜系與歐亞大陸西部和東部譜系之間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系是相互矛盾的（Larson等人，2012年；Frantz等人，2016年；Wang等人，2016年），這些不一致的拓撲結(jié)構(gòu)可以通過三個譜系分化后的高度混合或幾乎同時分化來解釋（Frantz等人，2016年；Zhang等人，2020年）。西歐亞和東歐亞血統(tǒng)在17000-24000年前分化（Botigué等人，2017年），而北極雪橇犬血統(tǒng)估計至少存在于9500年前（Sinding等人，202年）

研究表明，歐洲（Thalmann，et al.2013）、中東（Vonholdt，et al.2010）、中亞（Shannon，et al.2015）、西伯利亞（Sinding，et al.2020；Ramos-Madrigal，et al.2021）和東亞（Savolainen，et al.2002；Wang，et al.2016）的狼種群與狗一起經(jīng)歷了基因?qū)牖螂p向流動（Freedman，et al.2014）。然而，從灰狼到狗的基因組滲入被認為是有限的，因為歐亞狼的存在對任何狗品種都沒有表現(xiàn)出遺傳親和力（Bergstr?m，et al.2020）。

日本狼（Canis lups hodophilax Temminck，1839）是灰狼的一個亞種，生活在日本群島的本州島、四國島和九州島，并在100-120年前滅絕（Ishiguro等人，2009）。線粒體基因組的分子系統(tǒng)發(fā)育分析表明，日本狼在現(xiàn)存灰狼分支的基礎(chǔ)位置分化（Matsumura等人，2014年；Matsumura等人，2020年）。最近對大英博物館藏品中的一只“本州狼”（日本狼的常用名稱之一）進行的基因組分析表明，這只狼與西伯利亞狼的一個世系密切相關(guān)，該世系存在于晚更新世，并顯示出與日本狗的顯著基因交流（Niemann等人，2021年）。

在這項研究中，對9只日本狼（包括模式標本）和11只日本狗的基因組進行了新的測定和分析。分析表明：1）日本狼是灰狼的一個獨特亞種，在基因上與迄今已知的現(xiàn)存灰狼和古代灰狼不同；2）日本狼與狗的一個單系群關(guān)系最為密切，3）日本狼的祖先在東歐亞犬在與西歐亞犬血統(tǒng)分離后的早期歷史階段就已經(jīng)滲入到它們的祖先中，而源自日本狼祖先的基因組通過與東歐亞犬的在歷史時期的混合從而被許多現(xiàn)代犬類繼承，甚至在西歐亞血統(tǒng)中也是如此。

日本狼與其他狗和灰狼之間的關(guān)系在本研究中，確定了9只日本狼（22-282 Gb）和12只日本狗（70-127 Gb）的原始基因組DNA序列（表S1，圖S1）。在本研究中，我們將九名具有日本狼型線粒體DNA單倍型的個體（Matsumura等人，2020）作為日本狼處理。此外，我們使用了數(shù)據(jù)庫中覆蓋深度>20倍的現(xiàn)代灰狼、覆蓋率相對較高的古代犬科動物以及數(shù)據(jù)庫中的外類群物種的測序數(shù)據(jù)（表S2）。所有序列數(shù)據(jù)均映射到參考基因組序列（CanFam3.1）。單倍型調(diào)用和gvcf文件合并后，對單核苷酸多態(tài)性（SNPs）進行基因分型。為了檢驗本研究中使用的個體之間的遺傳關(guān)系，使用高覆蓋率個體進行主成分分析（PCA）（圖1A）。在PCA中，日本狼形成了一個獨特的集群，這表明日本狼在基因上與狗、灰狼和任何外圍物種都是分離的?；依潜环譃閮山M，即北美/北極組和沿PC1軸的歐亞組。狗沿著PC2軸呈東西向傾斜。在沿PC2軸的狗中，澳洲野狗和新幾內(nèi)亞唱歌狗（NGSD）與日本狼最接近，其次是一群日本狗（圖1A）。使用相同的數(shù)據(jù)集，我們還生成了一個混合結(jié)果，在K=4時CV誤差最低（圖1B）。在這項分析中，日本狼也形成了K=5或K=6等K值較高的集群，這表明它們的遺傳組成與其他狗和灰狼相比是獨特的（圖1B和S2）。接下來，我們在分析中加入了三只低覆蓋率的日本狼[Leiden b和c，（Jentink 1887）和一只“本州狼”（Niemann等人，2021），見表S2]。PCA顯示萊頓b和本州狼非常接近日本狼群，而萊頓c位于狗和日本狼之間的中間位置（圖S3）。混合分析表明，萊頓b和本州狼與其他日本狼表現(xiàn)出相同的祖先模式，而萊頓c似乎與其他狗混合（圖S4）。我們使用Patterson的f4統(tǒng)計數(shù)據(jù)（Patterson，et al.2012）來識別與萊頓c具有高度遺傳親和力的狗個體，以確定哪些狗群體是基因滲入的來源。與萊頓c親和力最高的狗是日本狗Shiba（圖S5A），萊頓c含有Shiba基因組的39%（圖S5B）。相比之下，萊頓b與狗沒有親和力（圖S5C）。這些結(jié)果表明，萊頓b和本州狼屬于具有獨特遺傳成分的日本狼群，而萊頓c是日本狼和狗的雜交個體。隨后，由于萊頓b、c和本州狼的覆蓋率較低，我們將其從進一步分析中剔除。此前的一項研究（Niemann等人，2021年）表明，本州狼與西伯利亞狼的一個世系關(guān)系密切，該世系存在于晚更新世，很可能與狗混合。因此，我們將更新世狼添加到由現(xiàn)代灰狼和狗組成的數(shù)據(jù)集中，并進行了PCA（圖S6）。更新世狼與歐亞狼關(guān)系密切，而日本狼則形成了一個獨特的集群。我們的混合分析（圖S4）表明，與其他日本狼個體相比，本州狼不包含更多的狗的DNA成分。Niemann等人2020年的結(jié)果與本研究之間的差異可能是由于分析中使用的日本狼數(shù)量和/或DNA測序覆蓋率的差異造成的。

日本狼的系統(tǒng)發(fā)育位置

為了確定日本狼的系統(tǒng)發(fā)育位置，使用最大似然法（ML）構(gòu)建了一個系統(tǒng)發(fā)育樹（圖2A）。在灰狼中，北美/北極個體首先在樹的基部分支，然后是歐洲/中東和東亞灰狼（見圖S7）。狗形成了一個單系分支，包括東歐亞、西歐亞和雪橇狗譜系（圖2A、S7），如之前的研究所示（弗里德曼等，2014年；香農(nóng)等，2015年；弗蘭茨等，2016年；博提古等，2017年；Leathlobhair等，2018年；辛丁等，2020年）。日本狼形成了一個單系分支，它是狗的單系分支的姐妹群（圖2A，S7）。日本狼和狗之間的姐妹群關(guān)系也得到了SVDQuartets推斷出的樹和基于狀態(tài)身份（IBS）距離的鄰居連接樹的支持（圖S8、S9）。使用outgroup-f3統(tǒng)計數(shù)據(jù)進行的分析（Patterson等，2012）還表明，在狼中，日本狼與狗的關(guān)系最為密切（圖2B）。當我們進一步將狗分為亞群時，outgroup-f3統(tǒng)計顯示野狗/NGSD和非洲狗之間的結(jié)果不同；野狗/NGSD與日本狼的關(guān)系最為密切，而非洲狗與中東灰狼的關(guān)系最為密切（圖S10A和S10B）。狗群與日本狼的不同遺傳親和力可能是由于非洲狗和中東灰狼之間的漸滲造成的（Vonholdt等人，2010年；Bergstr?m等人，2020年）。

由于系統(tǒng)發(fā)育分析中的樹拓撲結(jié)構(gòu)可能會受到分類群之間的漸滲的影響，因此使用具有最小漸滲效應(yīng)的分類群的系統(tǒng)發(fā)育樹有望最準確地表示種群分支。因此，為了獲得這樣的系統(tǒng)發(fā)育樹，我們研究了日本狼和其他狗和狼之間的滲入。我們使用f3和f4統(tǒng)計數(shù)據(jù)比較了每只狗與日本狼的遺傳親和力，發(fā)現(xiàn)東歐亞血統(tǒng)的狗（圖S7），尤其是澳洲野狗、NGSDs和日本狗，與日本狼表現(xiàn)出顯著的親和力（Z評分>3）（圖2C，S11）。相比之下，西歐亞血統(tǒng)的狗，尤其是來自非洲的狗，對日本狼的親和力較低（圖2C，S11）。f4統(tǒng)計數(shù)據(jù)顯示其他灰狼種群和日本狼之間沒有較近的親緣關(guān)系（圖2D）。除日本狼和狗外，灰狼之間基因流動的可能性也通過f4統(tǒng)計進行了檢驗。中東地區(qū)的灰狼與狗顯示出強烈的親和力（圖S12），符合以前的報告（馮霍爾特，等2010年；伯格斯特羅姆，等2020）?；谶@些結(jié)果，我們重新進行了系統(tǒng)發(fā)育分析，以確認日本狼和狗之間的關(guān)系。為了盡量減少狼和狗之間的滲透效應(yīng)，我們將非洲狗作為狗的唯一代表，并將中東灰狼排除在外。即使在從該分析中獲得的系統(tǒng)發(fā)育樹中，日本狼仍然與非洲狗形成姐妹分支（圖S13）。因此，我們得出結(jié)論，與狗血統(tǒng)關(guān)系最密切的狼是日本狼。

現(xiàn)代家犬基因組中日本狼相關(guān)的基因

日本狼與許多東歐亞狗表現(xiàn)出強烈的親和力（f3，f4統(tǒng)計）（圖2C，S11），這可能是由于狗的基因滲入日本狼（日本狼或其祖先，以下簡稱“日本狼基因”）或反之亦然。最近的一份報告表明，從狗到灰狼的基因流動非常廣泛，但從灰狼到狗的基因流動很少，這是因為灰狼與狗沒有親緣關(guān)系（Bergstr?m，et al.2020）。我們使用f4比率研究了日本狼和東歐亞狗之間的基因流動方向（Patterson等人，2012年）。我們發(fā)現(xiàn)，從日本狼血統(tǒng)到狗的基因組滲入程度在野狗和NGSDs中最高（5.5%），其次是日本狗（3-4%），以及其他東歐亞血統(tǒng)的狗（圖3A）相比之下，不支持從狗到日本狼基因組的基因組滲入（圖S14）。通過f4統(tǒng)計，我們進一步分析了一小部分基因從狗向日本狼基因組滲入的可能性。如果狗的基因組被導(dǎo)入到日本狼的基因組中，那么日本狼和狗之間的基因親緣關(guān)系在個體之間會有所不同。事實上，日本狼與dingo/NGSD的親和力在個體間存在差異（圖S15），Jw258、Jw269和Jw271對日本狗表現(xiàn)出顯著的親和力（圖S16）。這種親和力上的差異表明，日本狼的基因組中含有一小部分狗的基因組，而f4比率無法檢測到.

從日本狼到狗的基因組滲入程度在東歐亞地區(qū)高于西歐亞地區(qū)。歐亞大陸東部的狗互相之間也有不同。這種差異可能是由于不同地區(qū)的日本狼和狗的祖先之間發(fā)生的多次基因?qū)胧录斐傻?，或者是由一次基因?qū)胫?，日本狼基因組擴散到不同的狗種群中。為了確定哪種假設(shè)更有可能，我們首先檢查了不同區(qū)域的狗之間的基因流動程度。非洲狗和野狗/NGSD代表PCA中狗群的相對邊緣（圖1A），分別顯示出與日本狼的最低和最高親和力（圖2C）。在狗中，非洲狗與野狗/NGSD的親和力最低，而澳洲野狗/NGSDs與非洲狗的親和力最低（圖S17、S18）。根據(jù)澳大利亞野狗的線粒體DNA研究（Oskarsson等人，2012年），估計它們在4600年到18300年之間進入澳大利亞，考古證據(jù)支持至少在3500年前澳洲野狗就已到達澳洲（Milham和Thompson 1976年）。據(jù)認為，自那時以來，澳洲野狗一直在澳大利亞與世隔絕（Larson等人，2012年；Fan等人，2016年）。據(jù)估計，非洲狗在1.4萬年前遷徙到非洲（Liu等人，2018年），此后一直被隔絕（Larson等人，2012年；Fan等人，2016年）。非洲犬和野狗/NGSD分別屬于西歐亞和東歐亞血統(tǒng)（圖S7）。因此，它們可能是各自家族中最古老的狗。f4統(tǒng)計雙圖顯示，與野狗/NGSD親和力較高的狗與非洲狗親和力較低，而與非洲狗親和力較高的狗與野狗/NGSD親和力較低（圖S19）。這種負相關(guān)表明，大多數(shù)狗群是通過歐亞大陸東部和西部血統(tǒng)（分別以野狗/NGSD和非洲狗為代表）之間的廣泛混合形成的。事實上，通過f3統(tǒng)計的南亞和東亞的幾類狗的基因組特征為野狗/NGSD與非洲狗的混合（Patterson等人，2012年）（圖S20）

接下來，我們研究了不同地區(qū)的狗和日本狼之間的基因滲入程度。TreeMix分析表明，日本狼的基因在野狗/NGSD和日本狗的共同祖先時期滲入（圖3B）。與野狗/NGSD和日本狼的f3雙標圖親和力顯示出正相關(guān)，表明日本狼基因已通過西歐亞和東歐亞狗的混合而變得廣泛傳播，并在東歐亞血統(tǒng)的現(xiàn)代基因組中持續(xù)存在（圖3C）。因此，日本狼祖先的基因組很可能是在西歐亞犬和東歐亞犬分化后滲入東歐亞犬的一個祖先血統(tǒng)。隨后，由于包含日本狼血統(tǒng)的東歐亞犬與西歐亞犬之間的混合，導(dǎo)致與日本狼的親緣關(guān)系出現(xiàn)了差異。東南亞狗（圖3C綠色）與日本狼的親和力相比和澳洲野狗/NGSD的親和力更高，這表明在首次混合事件后東南亞狗與未攜帶日本狼基因組的狗之間存在基因交流。類似地，日本狗（圖3C藍色）與野狗/NGSD的親和力相比，與日本狼的親和力更高，這表明日本狗和日本狼之間的存在后續(xù)的基因交流。因此，日本狼向狗的基因組滲入程度的差異很可能是由單一的滲入引起的，隨后日本狼基因組擴散到不同的狗群中。

來自日本狼的基因組區(qū)域?qū)θ毡竟返奶卣饔胸暙I。f4比率分析的結(jié)果表明，秋田、柴犬和紀州犬含有36-45%的西歐亞狗的基因（表S3）。估計包含日本犬性狀相關(guān)基因的基因組區(qū)域與西歐亞犬的基因組區(qū)域高度分化。如果這些區(qū)域與現(xiàn)代日本犬基因組中日本狼衍生的基因組區(qū)域（3-4%）重疊，則可能是日本狼衍生的基因?qū)е铝巳毡救奶卣餍誀?。為了研究這些區(qū)域，我們使用fdM滑動窗口檢測了來自日本狼的基因組區(qū)域，使用FST滑動窗口檢測了日本狗和西歐亞狗之間的差異區(qū)域，并提取了重疊區(qū)域。發(fā)現(xiàn)了六個區(qū)域，包括四個基因和及其的上游或下游區(qū)域（圖3D、圖S21、表S5）。這些區(qū)域可能是來自日本狼的基因組區(qū)域的候選區(qū)域，這些區(qū)域有助于理解日本狗的特征。

討論

日本狼在100年前滅絕之前很可能一直被隔離在日本群島。這項研究表明，它們形成了一個單系類群，沒有證據(jù)表明它們與其他歐亞灰狼有基因交流。日本狼的一個顯著特征是它們的系統(tǒng)發(fā)育位置。在歐亞大陸，我們的系統(tǒng)發(fā)育分析表明，歐洲灰狼支系在基礎(chǔ)位置分化，其次是中東和東亞灰狼支系。在東亞支系中，日本狼的單系群和狗形成了姐妹群關(guān)系。歐亞狼譜系的分化順序是歐亞大陸從西到東的地理順序?？紤]到這些系統(tǒng)發(fā)育和地理關(guān)系，日本狼和狗很可能是在東亞發(fā)生分化的。換句話說，被馴化成狗的那個已經(jīng)滅絕的灰狼種群與日本狼的祖先關(guān)系密切，可能居住在東亞。（拉森等人2012年；塔爾曼等人2013年；弗里德曼等人2014年；斯科格倫德等人2015年；范等人2016年；弗蘭茨等人2016年）。這一假設(shè)并不直接意味著狗的馴化起源于東亞，也不直接意味著最早的狗是日本狼的后代。雖然馴化過程應(yīng)該是從動物與人類的聯(lián)系開始的（Larson等人，2012年；Perri 2016年；Janssens等人，2018年），但我們的系統(tǒng)發(fā)育分析沒有提供證據(jù)表明狗的譜系何時開始與人類產(chǎn)生聯(lián)系。在對古代“原始狗”種群的研究中，需要進一步的考古學(xué)證據(jù)來澄清狗與人之間關(guān)系的起源.

這項研究表明，很可能在東歐亞犬未分化時發(fā)生了日本狼基因滲入事件。據(jù)估計，家犬和歐亞灰狼之間的差異出現(xiàn)在2萬到4萬年前（斯科格隆德等人，2015年；博蒂古等人，2017年）。據(jù)報道，狗在其早期分化過程中分為西歐亞、東歐亞和雪橇狗譜系（Freedman等，2014年；Shannon等，2015年；Frantz等，2016年；Botigué等，2017年；Leathlobhair等，2018年）。因為9500年前的雪橇犬（Sinding等人，2020年）已經(jīng)含有與現(xiàn)代雪橇犬相同比例的日本狼基因（2%：表S4），至少在9500年前更新世到全新世的過渡時期，東歐亞狗和西歐亞狗譜系分化后不久，在雪橇狗譜系建立之前就發(fā)生了日本狼的祖先向東歐亞狗譜系的基因滲入。NGSD(新幾內(nèi)亞歌唱犬)的基因中估計包含5.5%的日本狼成分。據(jù)估計，NGSD譜系在10900年前就已經(jīng)存在（Bergstr?m，et al.2020），這也支持了從日本狼的祖先向狗的滲透發(fā)生在更新世的假設(shè)。來自兩個歐洲個體（4800年和7000年前）的古代狗基因組數(shù)據(jù)已經(jīng)包含了約1.6%的日本狼基因組（表S4）。由于有報道稱，從東南亞狗的祖先到這兩種古代歐洲狗的祖先的基因流（Botigué等，2017年），日本狼的基因組可能在7000多年前通過東南亞狗的祖先傳播給了歐洲狗。

雖然只在日本群島發(fā)現(xiàn)過日本狼，但日本狼的祖先和東歐亞血統(tǒng)的狗之間的基因交流不太可能發(fā)生在日本群島。與日本最老的狗（9600年前）（Shigehara和Hongo 2000年）的發(fā)掘同時期出土的一只西伯利亞古代雪橇狗（Sinding，et al.2020）已經(jīng)擁有日本狼的基因組，這表明日本狼相關(guān)的古狼和東亞狗之間的基因交流發(fā)生在狗被帶到日本群島之前。因此，日本狼和東亞狗之間的基因交流很可能發(fā)生在東亞的某個地方。

基因中日本狼成分最高是澳洲野狗/新幾內(nèi)亞歌唱犬（5.5%）和日本狗（3-4%）。據(jù)推測，野狗/NGSD的高比例是由于它們被隔離在東南亞和澳大利亞的島嶼上，在那里它們避免了與來自西歐亞的狗混合。據(jù)估計，NGSD是兩個譜系的混合產(chǎn)物（Bergstr?m等人，2020年），因此其中一個混合譜系可能比NGSD擁有更高比例（約10%）的日本狼成分。相比之下，盡管高比例的日本狼成分存在于它們的基因組中,但是日本狗含有約36-45%的西歐亞基因（表S3）。因此很有可能在第一次日本狼相關(guān)的古狼與東歐亞狗發(fā)生混合后，在日本群島又發(fā)生了一次日本狼與日本狗的基因交流。這一假設(shè)得到了日本狼和野狗/NGSDs親和力比率的支持，日本狗的親和力比率往往更高（圖3C）。此外，在所有狗中，日本狗與日本狼的親和力最高（圖S16），這表明日本狼的基因在不久之前滲入到日本狗的基因中。

雖然現(xiàn)代狗的基因組中只有一小部分日本狼的基因組存在，但日本狼的基因可能會對狗的特征性狀產(chǎn)生影響。我們在日本狗中尋找來自日本狼的基因區(qū)域，這些區(qū)域在日本狗和西歐亞狗之間高度分化。根據(jù)這些標準發(fā)現(xiàn)了六個區(qū)域（圖3D、圖S21、表S5）。盡管基因來自歐亞狗，但這些區(qū)域在日本和西歐亞狗的基因組中是有區(qū)別的。因此，這些區(qū)域有望在日本犬中被選擇，并且是可能對日本犬的表型特征負責(zé)的基因區(qū)域的候選區(qū)域。進一步分析東歐亞狗中選擇的區(qū)域，并對東歐亞狗的性狀進行全基因組關(guān)聯(lián)研究，應(yīng)該可以揭示日本狼基因成分對狗的性狀的影響。

在這項研究中，我們證明了日本狼是狗的單系分支姐妹群。我們最初的結(jié)果支持了這樣一個假設(shè):即現(xiàn)代家犬是從一個滅絕的灰狼種群馴化而來的（拉爾森等，2012年；塔爾曼等，2013年；弗里德曼等，2014年；斯科格隆德等，2015年；范等，2016年；弗蘭茨等，2016年），而日本狼最接近這個現(xiàn)已滅絕的灰狼種群。此外，我們還估計了東歐亞狗中的與日本狼相關(guān)的祖先成分。因此，日本狼相關(guān)的基因可能涉及到了狗馴化的早期階段。進一步分析日本狼和古代狗的基因組，特別是來自歐亞大陸東部的基因組，將繼續(xù)揭示馴化狗的起源。