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恒壓MD模擬

2022-10-05 07:55 作者:邱新龍分子模擬小破屋  | 我要投稿

1.比例系數(shù)恒壓法

正如希望在MD模擬中控制系統(tǒng)的溫度一樣,也希望控制系統(tǒng)的壓力。與 現(xiàn)實(shí)世界中的實(shí)驗(yàn)方法一致,MD模擬也是通過調(diào)整系統(tǒng)體積的方法控制系統(tǒng)的 壓力。系統(tǒng)壓力和體積的變化由等溫壓縮系數(shù)關(guān)聯(lián),

壓力的調(diào)控算法與溫度調(diào)控算法類似。在Berendsen的恒壓活塞算法中,壓力調(diào)控通過下式進(jìn)行,

式中,τp為壓力阻尼時間;Ppiston為由活塞強(qiáng)加于系統(tǒng)的壓力;P(t)為t時刻系統(tǒng)的實(shí)際壓力。由此可以得到系統(tǒng)的體積乘數(shù)兒

與溫度的調(diào)控不同,如果通過在系統(tǒng)中各個粒子的位置坐標(biāo)上乘以一個系數(shù) 的方法,從而達(dá)到調(diào)整系統(tǒng)體積、控制壓力的目的,則系統(tǒng)中原子間的鍵長也將 被調(diào)整,引起錯誤的模擬結(jié)果。因此,簡單的乘數(shù)算法不能用于模擬壓力的調(diào) 控,分子體系的實(shí)際模擬算法較上述方法復(fù)雜。另外一個重要的區(qū)別是,MD模 擬中的溫度雖有波動,但并不顯著;相反,MD模擬中的壓力波動巨大,是體系 各種熱力學(xué)量中波動最大的之一。

2. Andersen擴(kuò)展體系法

在Andersen擴(kuò)展系統(tǒng)算法中,系統(tǒng)的哈密頓函數(shù)增加一擴(kuò)展自由度項(xiàng),與 系統(tǒng)體積對應(yīng),其動能和勢能分別為

,M為活塞的質(zhì)量。 Andersen提出的擴(kuò)展體系恒壓法是對MD模擬的重要貢獻(xiàn),后來啟發(fā)Nose提出 擴(kuò)展體系恒溫法,以及MD模擬理論等一系列重大發(fā)展。但是,Andersen擴(kuò)展 體系恒壓法只允許中心元胞的體積作等比例的變化,不允許中心元胞形狀的任何 變化。后來,Parrinello和Rahman提岀的推廣方法,才允許中心元胞體積和形 狀的同時變化。


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