Modeller介紹說明

Modeller可用于蛋白質三維結構的同源或比較建模。用戶提供與目標序列相關的比對序列文件，modeller可自動計算包含所有非氫原子的結構模型。Modeller通過對空間進行約束實現對蛋白質結構的比較建模，并可以執(zhí)行許多額外的任務，包括蛋白質結構中l(wèi)oop區(qū)的從頭建模，針對一個靈活定義的目標函數對各種蛋白質結構模型進行優(yōu)化，蛋白質序列/結構的多重比對，聚類、序列數據庫搜索，蛋白質結構比對等。Modeller可安裝在Unix/Linux系統(tǒng)、windows和Mac系統(tǒng)中。

Modeller的圖形化界面在Discovery Studio上已實現，有DS的小伙伴可以直接操作圖形界面，簡單方便快捷，缺點就是不能批量建模。

安裝使用說明

Modeller在Linux上的安裝：

方法一：

使用conda 進行安裝，輸入下面命令：

方法二：

modeller下載軟件包官網鏈接如下：

https://salilab.org/modeller/download_installation.html

可以根據自己的Linux系統(tǒng)類型，選擇對應的軟件包下載.

如果不確定選擇哪個軟件包，那就下載最后一項Generic Unix tarball，下載之后是modeller-10.2.tar.gz

建模

單模板建模需要的文件：目標序列、模板pdb文件、align2d.py、model-default.py

第一步：在NCBI中用Blast工具對目標序列進行序列比對，選擇同源性最好的蛋白晶體結構作為模板temp.pdb，去PDB數據庫中下載，保存到當前目錄下；目標序列文件中把自己的建模序列替換到TvLDH中就可以，序列末尾一定要帶著星號（*），這是一種PIR的格式（切記）。

第二步：先修改align2d.py中對應的名稱， 將目標序列和模板pdb進行序列比對，生成 .ali 和 .pap文件(用modeller自帶的腳本進行序列方便快捷，不需要安裝其他的序列比對軟件，align2d.py下載地址：https://salilab.org/modeller/tutorial/basic.html)。

打開align2d.py中的 “#”號注釋的temp、TvLDH、TvLDH-temp是可修改的，修改成自己文件對應的名稱。

運行：python3 align2d.py 得到序列比對文件 .ali .pap

第三步：先修改model-default.py中對應的文件名稱和需要得到的模型數目，再執(zhí)行 python3 model-default.py，就可得到建模后的結構（model-default.py：$PATH/modeller-10.2/examples/automodel/model-default.py，$PATH是自己系統(tǒng)下的路徑）。

打開model-default.py，修改a.ending_model值，當a.ending_model ?= 5時，就會生成5個pdb模型。

運行：python3 model-default.py，得到建模后的目標pdb文件TvLDH.B99990001.pdb

到這里，Modeller的Linux安裝以及單模板建模就結束了，后面再更新使用modeller進行多模板建模及其他應用。