搬運(yùn)我在簡書文章，原文在博客https://www.zhouxiaozhao.cn/2020/08/10/2020-08-10-cytoscape/

WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA分析原理 - 嗶哩嗶哩 (bilibili.com)

WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA應(yīng)用場景與實(shí)例解讀 - 嗶哩嗶哩 (bilibili.com)

WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA分析實(shí)戰(zhàn) - 嗶哩嗶哩 (bilibili.com)

1.數(shù)據(jù)導(dǎo)入

WGCNA分析后有許多模塊，我選擇上次分析中與Luminal 亞型最相關(guān)的pink模塊進(jìn)行分析。

打開cytoscape， 選擇File>import>import network from file,打開WGCNA分析中得到的CytoscapeInput-edges-pink.txt文件，可以看到如下界面

接下來我們需要修改每個(gè)表頭（每一列的屬性），改成如下即可

可以看到做出來的網(wǎng)絡(luò)非常丑，不著急，下一步進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)的修改，美化一下

2.修改網(wǎng)絡(luò)

點(diǎn)擊Tools>networkanalyzer>network analysis>analyze network彈出以下界面

選擇第二個(gè)的無方向網(wǎng)絡(luò)，接著選擇node degree distribution，點(diǎn)擊下方的Visualize Parameters。

出現(xiàn)四個(gè)選擇項(xiàng)：上邊兩個(gè)是調(diào)節(jié)node的，下邊兩個(gè)是調(diào)節(jié)edge的，大家可以根據(jù)自己的需要去選擇。

可以看到所有的node已經(jīng)根據(jù)節(jié)點(diǎn)數(shù)的多少有不同的大小。

在最下方的表格中將數(shù)據(jù)按照節(jié)點(diǎn)數(shù)目排序，將大于100的node選出，在name一列選擇相應(yīng)的node然后右鍵select node from selected rows可以將想要的node選出，然后拖拽到合適的位置。

選中degree大于100的所有點(diǎn)，點(diǎn)擊layout>circular layout>select node only ,將選中的nodes按照圓形排列

出現(xiàn)了奇怪的圖，點(diǎn)擊layout>setting,設(shè)置Circle size的大小，可以設(shè)置圓的大小。

最后，我們再修改一下node和egde的顏色

左側(cè)的設(shè)置欄我們可以修改node的顏色以及標(biāo)簽的顏色

然后點(diǎn)擊下方的edge，修改edge的狀態(tài)。在做WGCNA分析時(shí)，不同基因的之間的相關(guān)度有一個(gè)weight值，我們可以根據(jù)weight值的大小判斷兩個(gè)基因之間的相關(guān)性。

將Edge color to arrows打鉤，選擇最上方的Color（Unselected）選項(xiàng)。column選擇weight，mapping type選擇continuous mapping選項(xiàng)

點(diǎn)擊那個(gè)漸變的色塊，我們可以修改顏色

點(diǎn)擊上面的三個(gè)小箭頭，然后點(diǎn)擊下方的Edge Color，可以對不同位置的顏色進(jìn)行修改。

最后放上成品圖，可能有點(diǎn)丑，大家根據(jù)自己的需要自行修改即可

3.數(shù)據(jù)導(dǎo)出

最后，我們可以將網(wǎng)絡(luò)的表格文件和網(wǎng)絡(luò)圖導(dǎo)出

首先導(dǎo)出網(wǎng)絡(luò)表格，點(diǎn)擊最右側(cè)的export，將表格文件導(dǎo)出至想要的位置即可

接下來是導(dǎo)出圖片，選擇file>export>network to image,選擇想要的圖片文件格式，需要注意，保存圖片時(shí)其實(shí)是對主界面進(jìn)行一個(gè)截圖操作，先將網(wǎng)絡(luò)調(diào)成自己想要的大小然后再導(dǎo)出即可

最后我們也可以將圖例導(dǎo)出，選擇create legend，保存想要的圖例格式即可

后記

該課程主要借鑒了PlantTech的Cytoscape課程編寫，視頻我已下載，大家有需要可以去百度云（https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fpan.baidu.com%2Fs%2F1HxRc3pQDk4Re0dORGhcvtA）下載（提取碼：5z41）

視頻壓縮包解壓密碼是我博客about界面下的一行小字（出自《蒲公英女孩》，標(biāo)點(diǎn)是英文），如果鏈接炸了去博客找我聯(lián)系方式。

網(wǎng)絡(luò)圖繪制教程個(gè)人感覺還是用視頻教程更好，目前有錄制視頻的打算，錄制好之后我會(huì)放到B站，主要還是看自己的時(shí)間允不允許。