小果帶你快速預(yù)測lncRNA所處細胞位置
爾云間? 一個專門做科研的團隊

近期有粉絲私信小果,自己終于費勁千辛萬苦找到了一個“看對眼”的lncRNA,功能實驗做了,干涉超表達之后發(fā)現(xiàn)該lncRNA有功能,下一步就要研究機制了,卻不知道該怎么入手。

我們知道,其實大多數(shù)的lncRNA的功能要遠遠小于編碼基因,很多l(xiāng)ncRNA都是通過調(diào)控編碼基因的表達來發(fā)揮他的作用的,說起lncRNA的調(diào)控來,lncRNA在不同的位置發(fā)揮的調(diào)控作用也是不同的。比如在細胞核里,lncRNA可以參與轉(zhuǎn)錄調(diào)控,影響mRNA的轉(zhuǎn)錄進而發(fā)揮作用,在細胞質(zhì)里,lncRNA可以參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,比如調(diào)控mRNA的穩(wěn)定性、mRNA 的翻譯和蛋白的穩(wěn)定性等等。因此,清楚lncRNA的定位對于后續(xù)機制的研究具有十分重要的作用。
今天小果就帶大家來學(xué)習(xí)預(yù)測lncRNA細胞位置的數(shù)據(jù)庫,趕快跟小果學(xué)起來吧!

數(shù)據(jù)庫:lncLocator 2.0 (http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator2/)
1、進入數(shù)據(jù)庫首頁

2、選擇lncRNA轉(zhuǎn)錄本序列上傳模式,可以單個上傳,數(shù)量比較多的話也可以打包進行上傳。
3、選擇細胞系,這里我們選擇
all

4、這里我們選擇上傳一個轉(zhuǎn)錄本序列的fasta格式,也可以輸入自己的郵箱,然后點擊提交,然后跳轉(zhuǎn)等待頁面,等待幾分鐘就可以出現(xiàn)結(jié)果了。

5、查看結(jié)果文件,我們可以看到該lncRNA主要富集在細胞核里面

跟小果學(xué)習(xí)之后,是不是發(fā)現(xiàn)關(guān)于lncRNA位置的預(yù)測特別的簡單,只需要找到lncRNA的轉(zhuǎn)錄本序列就可以進行預(yù)測,后續(xù)再進行一些分子生物學(xué)實驗驗證一下就更好了。好啦!大家有什么疑問的,歡迎和小果交流?。?!
推薦閱讀
關(guān)注小果,小果將會持續(xù)為你帶來更多生信干貨哦。

“生信果”,生信入門、R語言、生信圖解讀與繪制、軟件操作、代碼復(fù)現(xiàn)、生信硬核知識技能、服務(wù)器、生物信息學(xué)的教程,以及基于R的分析和可視化等原創(chuàng)內(nèi)容,一起見證小白和大佬的成長。