大家好！我是BioLadder生物信息在線可視化云平臺的工程師小宇，今天我來給大家分享怎樣用BioLadder進(jìn)行數(shù)據(jù)前處理-歸一化！

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1.什么是歸一化？

由于上樣量等的差異，每組樣本的定量結(jié)果可能不能直接比較，需要先進(jìn)行歸一化處理。盡可能減弱系統(tǒng)偏差對樣本蛋白定量值的影響，使各個樣本和平行實驗的數(shù)據(jù)處于相同的水平，讓下游分析更為準(zhǔn)確可靠。本工具支持四種方式的歸一化，如下：中值歸一化：即每列數(shù)據(jù)除以該列數(shù)據(jù)的中位數(shù)。中位數(shù)不受該列的極大值或極小值影響。共有蛋白中值歸一化：即每列數(shù)據(jù)除以共有蛋白的中位數(shù)。線性函數(shù)歸一化：是對原始數(shù)據(jù)的線性變換，使結(jié)果值映射到[0-1]之間，保留源數(shù)據(jù)存在的關(guān)系，消除取值范圍最簡單的方法，不過，極易受個別離群值影響，如果數(shù)據(jù)集中某個數(shù)值很大，其他各值歸一化后會接近0。Z Score?歸一化：經(jīng)過處理的數(shù)據(jù)符合標(biāo)準(zhǔn)正態(tài)分布，即均值為0，標(biāo)準(zhǔn)差為1。

demo數(shù)據(jù)可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/normalize/demo.txt下載。?包含2個維度的數(shù)據(jù)，必須包含行名和列名，通常每一列是個樣本，每一行是個蛋白

3. BioLadder生信云平臺在線對數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化

不想寫代碼？可以用BioLadder生信云平臺在線對數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化。網(wǎng)址：https://www.bioladder.cn/web/#/chart/48

3.1?上傳文件

點擊“選擇”按鈕上傳自己的文件。點擊下載示例，可以下載demo數(shù)據(jù)；

3.2?調(diào)整參數(shù)

??選擇歸一化的方式：選擇一種自己需要的歸一化方式

3.3?提交查看

上傳完數(shù)據(jù)，并調(diào)好參數(shù)后，點擊右上方“提交”按鈕，歸一化后的數(shù)據(jù)會出現(xiàn)在左側(cè)。如果沒有上傳自己的數(shù)據(jù)，會使用默認(rèn)的demo數(shù)據(jù)計算。并在左下方繪制歸一化前后的箱線圖用于比較。

??

3.4?下載

點擊右下角的下載按鈕，將歸一化后的數(shù)據(jù)下載到本地。

4.BioLadder生物信息在線分析可視化云平臺

網(wǎng)址：https://www.bioladder.cn/BioLadder

目前上線了生物學(xué)分析最常用的50多個模塊，主要包括以下四類：

數(shù)據(jù)可視化：箱線圖，南丁格爾玫瑰圖，韋恩圖，UpSet圖，餅圖，詞云圖，小提琴圖，餅圖/甜甜圈圖，弦圖，柱形圖等

組學(xué)數(shù)據(jù)分析：序列的多重比對，表達(dá)數(shù)據(jù)的CV曲線圖，餅圖/甜甜圈圖，T-SNE，熱圖，趨勢分析的mFuzz，差異分析的火山圖，富集分析的氣泡圖，修飾位點上下游模體分析的seqLogo，Motif熱圖等

功能分析：GO弦圖，相互作用網(wǎng)絡(luò)圖，富集分析

數(shù)據(jù)預(yù)處理：歸一化，補(bǔ)值，F(xiàn)DR校正，長寬表互換等

?好了歸一化的分享就到這里了，后續(xù)大家想要了解什么內(nèi)容可以給我們評論反饋，我們會根據(jù)大家的意見持續(xù)更新。我們歡迎您以任何方式提出您的優(yōu)化意見，使BioLadder平臺成為廣大科研工作者的生物信息分析首選平臺！