基于R語言的微生物群落組成多樣性分析——NMDS分析
? ? ? ?NMDS分析，即非度量多維尺度分析（NMDS analysis and plot NMDS），是一種將多維空間的研究對象（樣本或變量）簡化到低維空間進行定位、分析和歸類，同時又保留對象間原始關系的數據分析方法，一般用組間樣本的秩次（數據排名rank order）上的差異來定義距離，常用作微生物群落研究的β分析。今天，小編就帶大家看一下如何使用vegan包做NMDS分析并進行可視化！
安裝、加載R包
加載數據
主要為OTU表格：
NMDS分析
1、計算bray_curtis距離
2、NMDS排序分析
3、適用性檢驗——基于stress結果
4、提取作圖數據
可視化
1、繪制基礎散點圖
2、添加分組數據并進行個性化展示
3、也可通過添加邊際箱線圖展示組間差異性
4、通過AI進行微調：
源碼及作圖數據獲取詳見微信公眾號【科研后花園】推文！
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