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MAPMAN用戶指南-易懂版

2022-10-23 22:23 作者:生信小院  | 我要投稿

首先,在http://www.plabipd.de/portal/mercator-sequence-annotation網(wǎng)站中將自己的序列進行比對獲取BIN號,注釋文件的格式是col1\tcol2\tgenename\tdescription,其中實驗數(shù)據(jù)中的名稱需要與genename相同才可以

注:IS_DNA:Sequence file contains DNA sequence:此選項務必勾選

第二,進入https://mapman.gabipd.org/home下載MAPMAN軟件

第三,MAPMAN的Experiments數(shù)據(jù)中輸入的是xls文件,建議第一行為每一列(從第二行開始)的名稱,第一列從第二行開始為每一列的名稱,數(shù)據(jù)頂著0行0列開始,沒有空格

第四,MAPMAN的Pathway數(shù)據(jù)需要對應image file和xml file,其中image file對應的是通路圖,而xml file對應的是通路圖每個位置所對應的BIN號,這兩個文件下載地址為https://mapman.gabipd.org/mapmanstore中Pathways目錄中

第五,MAPMAN的Mappings數(shù)據(jù)需要對應自己源序列對應的BIN注釋文件,這個已經(jīng)在上面步驟中提到

接下來,將更新cytoscape簡易操作指南

本公眾號接下來將提供更多的生信知識,與大家共同學習,提高和進步。希望本公眾號可以成為生信入門者的敲門磚。



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