蛋白酶K
蛋白酶K來源于林伯氏白色念球菌(Tritirachium album Limber),是一種與枯草桿菌蛋白酶相關(guān)的絲氨酸蛋白酶。由于它能降解角蛋白(keratin),因此被命名為蛋白酶K。它是一種高活性的廣譜蛋白酶,在變性劑尿素或十二烷基磺酸鈉(sodium dodecyl sulfonate,SDS)溶液中依然能保持較高酶活力,所以被廣泛應(yīng)用于各種生物材料中的DNA或RNA的提取。
一、蛋白酶K的性質(zhì)從這三個(gè)方面介紹:
1、分子結(jié)構(gòu)
蛋白酶K由一條肽鏈組成,包含277個(gè)氨基酸殘基,相對分子質(zhì)量為28 930?;钚圆课挥蒁39、H69和S224組成,底物識別位點(diǎn)主要為G100-Y104和S132-G136兩個(gè)片段。蛋白酶K的氨基酸序列與枯草芽孢桿菌蛋白酶具有高度同源性,因此被劃分為枯草芽孢桿菌蛋白酶類。蛋白酶K包含兩個(gè)二硫鍵(C34-C124,C179-C248),兩個(gè)色氨酸殘基(W8,W212)和一個(gè)游離半胱氨酸(C73)。X射線晶體學(xué)研究表明,蛋白酶K的三維結(jié)構(gòu)為一個(gè)明確的球形折疊。蛋白酶K屬于α/β類蛋白質(zhì),包含6個(gè)α-螺旋,15個(gè)β-折疊和一個(gè)3/10螺旋。
2、熒光性
蛋白酶K在295 nm處被激發(fā),它的熒光性由兩個(gè)色氨酸殘基W8和W212決定。但是,兩個(gè)色氨酸的光反應(yīng)活性表現(xiàn)不同,W212要活潑得多。在pH 3~9范圍內(nèi),色氨酸熒光量子產(chǎn)率恒定。對已激發(fā)的色氨酸進(jìn)行熱力滅活時(shí),活化能需達(dá)到54 kJ/mol。這個(gè)值大幅地高于來自微生物的其他蛋白酶,因此可用來解釋蛋白酶K較高的熱穩(wěn)定性。
3、酶學(xué)性質(zhì)
蛋白酶K具有很高的切割活性,底物識別位點(diǎn)能和底物組成一個(gè)3股的反平行β片層,可催化脂肪族氨基酸和芳香族氨基酸的羧基端肽鍵斷裂。α-螺旋是保持蛋白酶K活性中心構(gòu)象穩(wěn)定性的主要結(jié)構(gòu)。α-螺旋共包含90個(gè)氨基酸殘基,占?xì)埢倲?shù)的1/3,大部分殘基處在伸展的β-折疊結(jié)構(gòu)中。這使得整個(gè)分子有序度低,變性熵不大,比變性焓值極低,反映了酶穩(wěn)定性的本質(zhì)。分子中兩個(gè)二硫鍵及兩個(gè)Ca2+也對三級結(jié)構(gòu)的熱穩(wěn)定性有貢獻(xiàn)。pH、溫度、Ca2+、激活劑和抑制劑等是影響蛋白酶K活力的主要因素。
二、蛋白酶K的運(yùn)用
①在分離DNA和RNA的過程中,用于核酸酶的蛋白水解失活。蛋白酶K能降解與核酸結(jié)合的蛋白質(zhì),促進(jìn)蛋白與核酸的分離,因此該酶在提取高分子量的核酸時(shí)具有很大的優(yōu)勢。蛋白酶K還常被用于RNA提取過程中抑制和降解RNase,防止提取的RNA被降解。RNA的質(zhì)量對于cDNA合成、Northem印跡及雜交分析及體外翻譯等實(shí)驗(yàn)的成敗至關(guān)重要。但是RNA極不穩(wěn)定、易于被環(huán)境中廣泛存在的RNase降解,而利用蛋白酶K可創(chuàng)造一個(gè)不含RNase的環(huán)境、以防止在提取RNA時(shí)被RNase污染,因此該酶的使用是成功提取RNA的關(guān)鍵。在核酸提取實(shí)驗(yàn)中蛋白酶K的工作濃度大約是0.05-0.2mg/mL,一般情況下,提取一個(gè)樣本的核酸大約需要0.1mg的蛋白酶K ,而在實(shí)際使用過程中,為了增加核酸提取效率,通常會將蛋白酶K進(jìn)行加量使用。新冠病毒的核酸檢測量劇增,造成對蛋白酶K需求激增,蛋白酶K原有的供需平衡被迅速打破,導(dǎo)致蛋白酶K一夜之間成為了緊缺的防疫物資。
②在生活和工業(yè)用水中滅活病毒。病毒外層結(jié)構(gòu)一般以衣殼蛋白為主,因此蛋白酶K可以對病毒表面的蛋白進(jìn)行破壞,進(jìn)而造成病毒因結(jié)構(gòu)不完整不再具有攻擊宿主細(xì)胞的能力。有研究結(jié)構(gòu)表明,在蛋白酶K濃度為67.51ug/mL條件下對純水和生活污水中病毒處理lh,其對病毒的滅活率分別達(dá)到了99.4%和49.4%,而處理3h時(shí),其病毒滅活率分別為>99.9%和81.8%。用含蛋白酶K的消毒劑對病毒滅活的優(yōu)點(diǎn)是消毒劑為蛋白質(zhì),無污染,不產(chǎn)生有害消毒產(chǎn)物,是一種高效且環(huán)保的消毒方法。
③在肉類嫩化中的應(yīng)用蛋白酶K能分解肉中肌纖維與結(jié)締組織的蛋白質(zhì),甚至可以分解彈性蛋白及膠原蛋白,使肉類的各組織結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,如肉中部分肽鍵斷裂,吸水膨脹,質(zhì)地變嫩,增強(qiáng)肉的口感。
④在其它生物行業(yè)中的應(yīng)用,主要包括:
1)用于去除內(nèi)毒素結(jié)合的陽離子蛋白,如溶茵酶和核糖核酸酶A。
2)可用于分離肝、酵母和綠豆線粒體
3)用于測定酶在細(xì)胞膜上的定位
4)用于石蠟包埋組織切片的處理,暴露用于抗體標(biāo)記的抗原結(jié)合位點(diǎn)。
5)用于可傳播海綿狀腦病(TSE)研究中朊病毒腦組織樣本蛋白的消化。
附:蛋白酶K具有廣泛的底物特異性。即便存在洗滌劑的情況下,其仍可降解許多非變性 狀態(tài)的蛋白質(zhì)。
蛋白酶K分離自身一種可在角質(zhì)上生長的真菌白色側(cè)齒霉菌(Engyodontiumalbum)(前稱腐生真菌(Tritirachiumalbum)。
因此,蛋白酶K能夠降解非變性狀態(tài)的角質(zhì)(頭發(fā)),因而稱為“蛋白酶K”。
1其切割的主要位點(diǎn)為帶有封閉氨基基團(tuán)、鄰近脂族或芳香族氨基酸羧基端的肽鍵。因其廣泛的特異性,其較為常用。