Genome Enhancer自動分析工作流在癌細胞系GSE15709甲基化數(shù)據(jù)和基因表達研究中的應用
2021-12-09 18:07 作者:geneXplain | 我要投稿

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Genome Enhancer 是一個全自動化的分析工作流,適用于各種組學數(shù)據(jù)的分析并可識別潛在的藥物靶點,便于尋求相應的個體化治療方法。圖中的示例是Genome Enhancer 自動化分析工作流在 GSE15709 研究中的應用,該實驗比較了順鉑敏感和順鉑抗性的卵巢癌細胞系,分析了該實驗組的甲基化數(shù)據(jù)和基因表達差異。運用 Genome Enhancer 工作流識別出抗性細胞系與敏感細胞系中的差異表達基因,然后對識別出的差異表達基因進行啟動子分析以找到調(diào)節(jié)它們的轉錄因子組合(表觀基因組數(shù)據(jù)用于預測潛在增強子的位置)調(diào)節(jié)比較轉錄組學分析揭示的差異表達基因)。然后進行通路分析并發(fā)現(xiàn)了已鑒定轉錄因子的共同調(diào)節(jié)因子,這些因子是使耐藥株對順鉑敏感的前瞻性藥物靶標。揭示了已知治療和被鑒定出的藥物靶標相匹配,可作為臨床治療用藥參考。





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