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在使用GEO數(shù)據(jù)的過程中，經(jīng)常會遇到表達(dá)矩陣是探針I(yè)D不是我們分析所需要的gene symbol，這時(shí)候就需要去對表達(dá)數(shù)據(jù)的探針I(yè)D進(jìn)行轉(zhuǎn)換。接下來我們我們以GSE63067為數(shù)據(jù)為例進(jìn)行數(shù)據(jù)探針I(yè)D轉(zhuǎn)換。

1、下載GEO數(shù)據(jù)，提取表達(dá)矩陣，觀察表達(dá)矩陣中行名是否為探針I(yè)D。

通過查看我們發(fā)現(xiàn)該表達(dá)矩陣的行名為1007sat，1053at，117at，它們是探針I(yè)D，不是gene symbol。

通過命令我們可以查看提取的idprob文件中每個(gè)探針I(yè)D都有對應(yīng)的gene symbol，idprob文件的ID列正好與第一步中表達(dá)矩陣的行名一致接下來就可以進(jìn)行ID轉(zhuǎn)換了。

通過查看生成的expr_1文件，現(xiàn)在的表達(dá)矩陣的行名已經(jīng)變成了gene symbol，至此探針I(yè)D轉(zhuǎn)換就完成了。

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