仲間由紀(jì)惠出生于1979年10月30日,仲間由紀(jì)惠的經(jīng)歷是從地方演員向東京發(fā)展的過程。1993年仲間由紀(jì)惠進(jìn)入當(dāng)?shù)氐木C藝培訓(xùn)學(xué)校"沖繩藝人學(xué)院"，1994年仲間由紀(jì)惠在沖繩電視臺舉辦的《青い夏》普通公開選拔中獲得大獎(jiǎng)，這部電視劇也是她首次參演的電視劇。

1995年仲間由紀(jì)惠由《青い夏》的電視劇制片人介紹給尾木制作，從沖繩上京。1996年仲間由紀(jì)惠呆在筱原涼子呆過的東京パフォーマンスドール組合中，同年在友坂理恵主演的電影《友子の場合》中首次電影出演。

1997年仲間由紀(jì)惠不僅在各個(gè)民放臺電視劇擔(dān)任配角或者龍?zhí)祝鲅葜T電視綜藝節(jié)目，還為電視動畫《HAUNTEDじゃんくしょん》的女主角朝比奈睦月配音，甚至還和丹阿彌谷津子一起擔(dān)任NHKドラマ新銀河綜合劇《しあわせ色寫真館》的主演，這也是仲間由紀(jì)惠第一次主演電視連續(xù)劇。當(dāng)年年底的《踴る大捜査線 歳末特別警戒スペシャル》中，仲間由紀(jì)惠出演北見繭一角，這些努力為她博得一些人氣。1998年仲間由紀(jì)惠在金城武主演的熱門電視劇《神様、もう少しだけ》中擔(dān)任全作的反派、男主石川啟吾制作的女歌手以及男主已故戀人的妹妹瀧村薰，為了阻撓男女主相戀而撒謊后又向女主道歉。這一角色給觀眾留下深刻印象，仲間由紀(jì)惠也自此穩(wěn)定地出演電視劇配角。

2000年，仲間由紀(jì)惠和阿部寬共同主演電視劇《圈套》，這是仲間由紀(jì)惠首次主演民放臺電視連續(xù)劇。仲間由紀(jì)惠飾演一位自稱天才實(shí)則失敗的魔術(shù)師山田奈緒子，和阿部寬飾演的天才物理學(xué)家上田次郎一起破獲各種江湖騙術(shù)。該劇雖然一開始是深夜檔電視劇，卻因?yàn)槌躅A(yù)期的收視率而分別在2002和2003年拍了兩部續(xù)集（其中第三部平均收視率高達(dá)15.6%），并且拍了三部SP和四部電影，整體票房收入相當(dāng)可觀，仲間由紀(jì)惠憑借著電視劇中出色表現(xiàn)奠定了主役格，飛升為一線女星，2003年獲得日劇學(xué)院賞最佳女主角。同年仲間由紀(jì)惠還首次主演電影《リング0 バースデイ》。

2002年仲間由紀(jì)惠主演的電視劇《極道鮮師》更是她的生涯代表作。仲間由紀(jì)惠飾演的實(shí)力派女老師女老師山口久美子，她來到學(xué)校全是問題學(xué)生的班級擔(dān)任班主任，平定班級的糾紛，引導(dǎo)問題學(xué)生。該劇因?yàn)闊嵫膭∏楂@得超高的收視率，并在2005年和2008年拍攝了第二部和第三部，其中第二部平均收視率高達(dá)28%，最高收視率高達(dá)32.5%，獲得2005年收視冠軍。該劇還拍攝了電影，亦獲得34億的高票房。松本潤、小栗旬、龜梨和也等諸多日后一線男演員都擔(dān)任過電視劇中的學(xué)生。仲間由紀(jì)惠還因此首次獲得日劇學(xué)院賞最佳女主角，2006年獲得橋田賞。

正因?yàn)橹匍g由紀(jì)惠的高人氣，她在2006年和上川隆也主演大河劇《功名が辻》。她也是當(dāng)時(shí)大河劇最年輕主演（之后被2008年宮崎葵打破）。2002年仲間由紀(jì)惠首次出任NHK紅白歌會審查員一職；2005年仲間由紀(jì)惠首次成為NHK紅白歌會紅組司會。2006年、2008年、2009年三次擔(dān)任紅組主持人。2011年、2014年兩次擔(dān)任紅白歌會審查員。這在歷史上是首次在擔(dān)任主持人的次年被起用為嘉賓評審員。

除了電視劇，仲間由紀(jì)惠雖然不主攻電影方面，但是依然還兩次獲得日奧影后提名。如今仲間由紀(jì)惠的除了演戲還出演和主持多個(gè)番組，2022年出演番組數(shù)位列女性第12位。