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第一性原理||如何進(jìn)行bader電荷渲染出圖(以鐵表面吸附為例)

2023-01-12 10:23 作者:唯理計(jì)算  | 我要投稿

想必大家看到下面這張圖片一定覺得熟悉又陌生吧,有小伙伴問我們這個(gè)漂亮的bader電荷渲染的圖究竟是怎么做的,那么本期就帶大家一探究竟!

來源10.1002/anie.202103557

舉個(gè)例子,以鐵表面吸附Li2S8小分子體系來講解:

首先優(yōu)化上述體系,計(jì)算完成bader電荷后,運(yùn)行vaspkit,選擇5/508,你將得到bader.pqr文件。

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?-0.03

再接下來按照下述步驟逐一進(jìn)行操作:

一、打開VMD軟件

打開VMD軟件(安裝路徑和文件路徑均不可存在中文),打開bader.pqr文件修改背景顏色為白色。

二、修改著色方式

修改著色方式為:charge,顯示風(fēng)格為VDW,

三、關(guān)閉坐標(biāo)軸

關(guān)閉坐標(biāo)軸;

四、渲染出圖

渲染出圖

"C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD\\tachyon_WIN32.exe"?-aasamples 24 %s -format BMP -res 3840 2160?-mediumshade -trans_vmd -o %s.bmp -numthreads 4


第一性原理||如何進(jìn)行bader電荷渲染出圖(以鐵表面吸附為例)的評(píng)論 (共 條)

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