第一性原理||如何進(jìn)行bader電荷渲染出圖(以鐵表面吸附為例)
想必大家看到下面這張圖片一定覺得熟悉又陌生吧,有小伙伴問我們這個(gè)漂亮的bader電荷渲染的圖究竟是怎么做的,那么本期就帶大家一探究竟!

舉個(gè)例子,以鐵表面吸附Li2S8小分子體系來講解:

首先優(yōu)化上述體系,計(jì)算完成bader電荷后,運(yùn)行vaspkit,選擇5/508,你將得到bader.pqr文件。
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再接下來按照下述步驟逐一進(jìn)行操作:
一、打開VMD軟件
打開VMD軟件(安裝路徑和文件路徑均不可存在中文),打開bader.pqr文件修改背景顏色為白色。


二、修改著色方式
修改著色方式為:charge,顯示風(fēng)格為VDW,

三、關(guān)閉坐標(biāo)軸
關(guān)閉坐標(biāo)軸;

四、渲染出圖
渲染出圖
"C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD\\tachyon_WIN32.exe"?-aasamples 24 %s -format BMP -res 3840 2160?-mediumshade -trans_vmd -o %s.bmp -numthreads 4

標(biāo)簽: