金輪法王，是金庸武俠小說(shuō)《神雕俠侶》中的人物，因擅使金、銀、銅、鐵、鉛五輪作為自己的兵器，因此獲得“金輪法王”的稱號(hào)。今天小編給大家?guī)?lái)的圖，形似金輪法王的武器，放在文章中，妥妥的“準(zhǔn)五絕”水平，一起來(lái)看看吧。

層級(jí)關(guān)系在生活中非常常見(jiàn)，例如一個(gè)省包含N個(gè)地級(jí)市，一個(gè)地級(jí)市又包括N個(gè)縣級(jí)市；一個(gè)學(xué)校有N個(gè)年級(jí)，每個(gè)年級(jí)包含N個(gè)班等等。在科研領(lǐng)域，這種層級(jí)關(guān)系也經(jīng)常出現(xiàn)，例如GO的層級(jí)關(guān)系，KEGG通路的層級(jí)關(guān)系，OTU物種層次關(guān)系等等。通常我們可以使用樹(shù)形結(jié)構(gòu)描述這種關(guān)系，然而，在有限的空間內(nèi)不能展示較多“樹(shù)葉”，為了盡可能多地展示“樹(shù)葉”，通常可以使用圓形進(jìn)行布局 -- 圓圈套圓圈。并且可以使用不同的顏色，節(jié)點(diǎn)大小區(qū)分不同類型的生物學(xué)實(shí)體，令人耳目一新。發(fā)揮你的想象力，使用你自己的數(shù)據(jù)來(lái)試試吧！

1，打開(kāi)繪圖頁(yè)面

首先，使用瀏覽器（推薦chrome或者edge）打開(kāi)層次關(guān)系圓形網(wǎng)絡(luò)圖繪制頁(yè)面。左側(cè)為常見(jiàn)作圖導(dǎo)航，中間為數(shù)據(jù)輸入框和可選參數(shù)，右側(cè)為描述和結(jié)果示例。也可以在主頁(yè)搜索框中搜索network，找到繪圖頁(yè)面。

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_three_layer_circle_network_plot_200

圖1.可視化繪圖頁(yè)面

2，示例數(shù)據(jù)

點(diǎn)擊右側(cè)“示例數(shù)據(jù)”鏈接下載excel格式的示例數(shù)據(jù)。

圖2. 輸入數(shù)據(jù)示例

示例數(shù)據(jù)（僅供參考）包括3列：

第1列是內(nèi)圈phylum（門(mén)）的名字

第2列是內(nèi)圈phylum所屬class（綱）的名字

第3列是class（綱）對(duì)應(yīng)的數(shù)值

注意：需要參考示例數(shù)據(jù)，將自己的數(shù)據(jù)在excel中整理成示例數(shù)據(jù)的樣式。

3，粘貼示例數(shù)據(jù)

直接復(fù)制示例數(shù)據(jù)中的ABC三列數(shù)據(jù)，然后粘貼到輸入框。

注意：不是拷貝excel文件，是拷貝excel文件里邊的數(shù)據(jù)。另外粘貼到輸入框后，格式亂了沒(méi)關(guān)系，只要在excel中是整齊的就行。并且數(shù)據(jù)矩陣中不能有空的單元格，中文字符等。

圖3. 必需輸入

4，修改參數(shù)，并提交

圖4. 節(jié)點(diǎn)、文字、顏色等可調(diào)參數(shù)

5，提交出圖

粘貼好輸入數(shù)據(jù)，調(diào)整好參數(shù)（或者全部默認(rèn)）后，點(diǎn)擊提交按鈕，約5秒后，會(huì)在頁(yè)面右側(cè)出現(xiàn)預(yù)覽圖。我們提供了4種圖片格式供下載使用，兩種矢量圖（pdf，svg）和兩種標(biāo)量圖（600 dpi tiff和300 dpi png）。

圖5.預(yù)覽與下載

點(diǎn)評(píng)：這里從根節(jié)點(diǎn)延伸出來(lái)的內(nèi)圈最多可以繪制5個(gè)節(jié)點(diǎn)。當(dāng)一個(gè)外圈節(jié)點(diǎn)同時(shí)隸屬于不同的內(nèi)圈節(jié)點(diǎn)時(shí)，例如乙酰輔酶A合成酶基因AACS（acetoacetyl-CoA synthetase）既屬于Valine, leucine and isoleucine degradation通路，又屬于Butanoate metabolism通路，則AACS基因會(huì)在外圈呈現(xiàn)兩次。

沒(méi)有預(yù)覽就是沒(méi)有出圖，這時(shí)請(qǐng)參考示例數(shù)據(jù)，檢查自己輸入數(shù)據(jù)的格式。

遇到文字截?cái)?，需要修改字體、調(diào)整字體大小等，使用scape軟件。

微生信助力發(fā)文章，谷歌引用590+，知網(wǎng)引用440+