蛋白質(zhì)組學(xué)分析中最重要也是最關(guān)鍵的一步就是對海量的數(shù)據(jù)進(jìn)行相關(guān)的生物信息學(xué)分析，將數(shù)據(jù)可視化，獲取我們研究需要的蛋白質(zhì)的相關(guān)信息。那么蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)分析又該從何做起呢？

首先，我們需要對獲得的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行快速的可視化分析，如主成分分析、相關(guān)性分析、火山圖分析、韋恩圖分析、熱圖分析以及聚類分析等，先對數(shù)據(jù)的整體情況進(jìn)行大致了解，如樣品均一性、樣品間差異性以及變化趨勢等。接下來就是尋找與我們研究相關(guān)的蛋白質(zhì)，對蛋白的生物學(xué)功能進(jìn)行注釋，即GO功能注釋、KEGG注釋或者COG注釋。最后，通過蛋白發(fā)揮的生物學(xué)功能或參與的信號通路進(jìn)一步篩選與研究相關(guān)蛋白進(jìn)行后續(xù)的分析；也可以對在某個功能節(jié)點(diǎn)上出現(xiàn)過的蛋白進(jìn)行富集，如GO富集和KEGG富集等，以尋找與生物現(xiàn)象最相關(guān)的生物功能，富集最顯著的信號通路進(jìn)行深入研究。

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