水平基因轉(zhuǎn)移(HGT)是指遺傳物在物種間從一個(gè)相鄰生物體到另一個(gè)生物體橫向傳遞，是原核生物遺傳變異的重要過(guò)程。HGT是負(fù)責(zé)塑造原核生物基因組和在自然選擇中生存的驅(qū)動(dòng)力之一，對(duì)原核生物的進(jìn)化有很大貢獻(xiàn)，但它會(huì)使物種進(jìn)化史復(fù)雜化，導(dǎo)致它們的分類困難。因此，深入了解HGT是研究原核生物進(jìn)化的基礎(chǔ)。HGTree是一個(gè)全面的HGT數(shù)據(jù)庫(kù)，構(gòu)建于2015年，包含2472個(gè)原核生物基因組的HGT事件。近年來(lái)大量原核基因組相繼發(fā)表，為了應(yīng)對(duì)原核基因組數(shù)據(jù)的快速增長(zhǎng)，推出了HGTreev2.0，該數(shù)據(jù)庫(kù)可訪問(wèn)地址：http://hgtree2.snu.ac.kr。

HGTreev2.0，包括共20,536個(gè)非冗余原核基因組，以及通過(guò)各種步驟篩選到的可靠HGT信息。此外，HGTreev2.0還擁有一組擴(kuò)展數(shù)據(jù)結(jié)果，包含6,361,199個(gè)假定的水平轉(zhuǎn)移基因，及KEGG通路、毒力因子和抗生素耐藥性等附加功能信息。

HGTreev2.0數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站提供各種可視化工具，可供使用者輕松獲得感興趣的基因組。(A)?網(wǎng)站“瀏覽”部分，用戶可使用ID來(lái)查找相關(guān)的HGT事件。通過(guò)點(diǎn)擊基因組，用戶可以查看基因組的分類、分離來(lái)源、地理位置和HGT相關(guān)基因在基因組中的比例(HGT指數(shù))。(B)?點(diǎn)擊“Detail”，用戶可以查看所選基因組的“HGT Summary”。圖中顯示了HGT事件與所選基因組參與的其他屬的比例。(C)?注釋的HGT相關(guān)基因還包括連接到Pfam、COG和KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的外部鏈接，以及基因流動(dòng)的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。(D)?“搜索”部分僅提供所選基因組中HGT事件的信息。(E)?“Circos”可視化可以通過(guò)與供體染色體顏色匹配的連線提供對(duì)轉(zhuǎn)移基因的直觀理解。

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參考文獻(xiàn)

HGTree v2.0: a comprehensive database update for horizontal gene transfer (HGT) events detected by the tree-reconciliation method. Nucleic Acids Research, 2023.