TCGA腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)精美使用教程無(wú)任務(wù)免費(fèi)領(lǐng)~~
聽(tīng)過(guò)酸菜講課的同學(xué)都知道,文章有五恒量和三變量。做一個(gè)疾病恒量都是基本固定的,區(qū)別就在于變量中的分子、藥物和通路。那些做腫瘤研究的就非常Happy了,因?yàn)橐呀?jīng)有了很多現(xiàn)成的數(shù)據(jù)庫(kù)把分子機(jī)制都總結(jié)好了,直接拿來(lái)就行,TCGA就是其中翹楚。
從2006年由美國(guó)國(guó)家癌癥研究所(NCI)和國(guó)家人類基因組研究所(NHGRI)聯(lián)合啟動(dòng),至今已收錄了超過(guò)11000位患者、33種腫瘤及配對(duì)組織的高通量芯片或測(cè)序數(shù)據(jù),包括10種罕見(jiàn)腫瘤,對(duì)腫瘤研究者來(lái)說(shuō)可謂巨大寶庫(kù)。
常見(jiàn)的應(yīng)用比如:分析腫瘤中基因突變的情況,找到有研究?jī)r(jià)值的致癌突變;比對(duì)腫瘤和正常組織,尋找異常的基因重組現(xiàn)象;分析腫瘤中差異基因的表達(dá),找到有研究?jī)r(jià)值的基因;分析基因變異情況與預(yù)后的關(guān)系,探索研究或臨床價(jià)值;通過(guò)比較基因的表達(dá)關(guān)系,分析腫瘤中基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)……
雖然TCGA的官網(wǎng)只有檢索和簡(jiǎn)單的分析(17年11月新增了Analysis功能),但仍有其他眾多工具可以實(shí)現(xiàn)各種各樣的研究需求。
更美好的是,現(xiàn)在TCGA的檢索技巧、初步的Analysis、數(shù)據(jù)下載和拓展應(yīng)用,都融和在一份89頁(yè)的解螺旋單元課PPT里~
主頁(yè)面及功能簡(jiǎn)介

檢索模式





Analysis模式


數(shù)據(jù)下載



拓展:利用R語(yǔ)言分析


如此細(xì)致精美的講解,已經(jīng)驚艷得讓小編說(shuō)都不會(huì)話了。聽(tīng)內(nèi)測(cè)學(xué)員說(shuō),這些內(nèi)容在別的地方收費(fèi)還不菲,嚇得我又吃了一鯨!
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