第 3 步 - 下載 FASTA 序列并制作 PIR 文件

現(xiàn)在我們有了我們的蛋白質(zhì)、模板（來自 Bombyx Mori 的 3L9E_A）和我們的目標(biāo)（?來自 Drosophila Melanogaster 的 NP_476735.1 超氧化物歧化酶 1），我們可以制作一個(gè) PIR 文件。

打開你的代碼編輯器（我有 VS 代碼，但你也可以使用任何其他代碼編輯器）并將這些行復(fù)制粘貼到其中。

>P1;PRO1sequence：PRO1：：：：：：：0.00：0.00MVVKAVCVINGDAKGTVFFEQESSGTPVKVSGEVCGLAKGLHGFHVHEFGDNTNGCMSSGPHFNPYGKEHGAPVDENRHLGDLGNIEATGDCPTKVNITDSKITLFGADSIIGRTVVVHADADDDLGQGGHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV*

這是 PIR 文件的格式。第一行P1;1PRO，指的是我們的蛋白質(zhì)NP_476735.1，以及我們將在下文中提到的內(nèi)容。因此，從現(xiàn)在開始，我們將我們的目標(biāo)蛋白稱為1PRO。sequence:PRO1:::::::0.00: 0.00只是一個(gè)代碼，用于顯示我們正在將此蛋白質(zhì)的序列放入下面。最后一行由我們目標(biāo)蛋白的 FASTA 序列組成，后跟一個(gè)星號(hào) (*)。

最后，該文件應(yīng)以?.pir?擴(kuò)展名保存，例如 tar_pro.pir。我們已經(jīng)完成了?PIR 文件的制作，我們現(xiàn)在將在我們的同源建模過程中使用它。

第 4 步 - 制作、保存和運(yùn)行您的第一個(gè) Python 文件

如果您還記得上一篇文章，我們的模板是來自?PDB?的?3L9E_A 蛋白，我們的目標(biāo)蛋白是來自黑腹果蠅的超氧化物歧化酶 1，我們已經(jīng)下載了這兩種蛋白的?FASTA 序列。現(xiàn)在，同源建模的第一步是對(duì)我們的目標(biāo)和模板進(jìn)行比對(duì)，我們將使用?Python 代碼進(jìn)行相同的操作。您可以使用任何代碼編輯器來編寫代碼，我使用?VS Code，但您可以選擇任何其他軟件。

需要記住的一個(gè)重要注意事項(xiàng)——無論您需要運(yùn)行什么代碼，或者您正在下載或生成什么文件、PDB 文件等，都將它們?nèi)糠旁谝粋€(gè)文件夾中，然后從該文件夾本身運(yùn)行所有代碼。

制作 Python 文件：

這是您需要放入代碼編輯器中的代碼。

from modeller import * env = environ() aln = alignment(env) mdl = model(env, file='3l9e', model_segment=('FIRST:A','LAST:A')) aln.append_model(mdl, align_codes ='3l9eA', atom_files='3l9e.pdb') aln.append(file='tar_pro.pir', align_codes='PRO1') aln.align2d() aln.write(file='alignment.ali', alignment_format= 'PIR')

代碼的前幾行只是在 Python 中導(dǎo)入一些包和函數(shù)，重要的代碼從第 4 行開始，其中模型函數(shù)需要將蛋白質(zhì)名稱放在文件部分，即?file = '3l9e '，我們的蛋白質(zhì)鏈由?model_segment?給出。由于我們僅使用蛋白質(zhì)的鏈 A 進(jìn)行建模，因此我們填寫FIRST:A和LAST:A，如果我們使用鏈 A、B 和 C 進(jìn)行建模，我們將輸入FIRST:A和LAST:C?.

下一行代碼，填寫你的蛋白質(zhì)名稱，在?align_codes?部分中使用鏈，在?atom_files?部分中填寫你的蛋白質(zhì) pdb 文件名。因此，align_codes = '3l9eA'和atom_files = '3l9e.pdb'。在下一行代碼的文件部分，我們的 pir 文件必須放在?ie file = 'tar_pro.pir'和?align_codes?中；如果您還記得在 PIR 文件中，我們將我們的蛋白質(zhì)命名為?PRO1；我們需要把它放在這里，即align_codes = 'PRO1'現(xiàn)在，在代碼的最后一行，您需要為輸出對(duì)齊文件命名，我將其命名為?alignment.ali，并將?alignment_format?設(shè)置為?PIR。因此，文件 ='alignment.ali'和alignment_format='PIR'。

保存 Python 文件：

我們已經(jīng)制作了我們的 Python 文件，我們需要以 .Py 的擴(kuò)展名保存它。轉(zhuǎn)到您正在使用的代碼編輯器中的“文件”選項(xiàng)，然后單擊“保存”，或者您可以簡(jiǎn)單地執(zhí)行?Ctrl+S（在 Windows 上）/Cmd+S（在 Mac 上）來快速保存文件。將文件另存為?filename.Py。我已將其保存為first_python.Py。

運(yùn)行 Python 代碼：

轉(zhuǎn)到您的命令提示符/Windows 終端（在 Windows 上）/終端（在 Mac 上），鍵入cd（代表更改目錄），然后將您的文件夾拖放到命令行窗口中。您應(yīng)該會(huì)看到您的文件夾的路徑出現(xiàn)在窗口中。

獲得路徑后，單擊?Enter。現(xiàn)在，您已將工作目錄更改為我們存儲(chǔ)所有文件的文件夾！驚人的！現(xiàn)在讓我們從命令行運(yùn)行我們剛剛創(chuàng)建的 Python 代碼。在命令行中輸入以下內(nèi)容。

mod10.2 first_python.Py

上面代碼中，mod10.2是指你系統(tǒng)中安裝的MODELLER的版本，first_python.Py是我們剛剛制作的生成對(duì)齊文件的文件。

稍等片刻，直到代碼運(yùn)行，代碼運(yùn)行后，您應(yīng)該獲得兩個(gè)文件 - 日志文件first_python.Py.log和對(duì)齊文件alignment.ali。

這樣，您就完成了第 4 步！參考資料：

https://medium.com/@snippetsbio/modeller-usage-for-homology-modelling-tutorial-with-codes-in-5-simple-steps-part-2-9c888399db59

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