如果大家已做完前面的步驟，得到了模擬后的文件，就可以繼續(xù)看這篇教程，對結(jié)果進(jìn)行分析，采取什么方法分析取決于你想解決什么樣的問題，是比較野生型與突變體結(jié)構(gòu)的差別還是分析底物與受體之間的作用力，這里列舉幾個我常用的方法，希望對大家能有幫助。

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol-ur compact

選擇0：system用于輸出，基于這個“修正”后的軌跡進(jìn)行分析。

1. 生成某時間段的平均結(jié)構(gòu)（用-b， -e限制時間，如-b 1000 -e 2000指：從第1000ps開始到2000ps）

gmxcovar -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr –b 1000 -e 2000 -av traj_avg.pdb

2. 統(tǒng)計某時間段的氫鍵數(shù)目（用-b， -e限制時間）

gmxhbond -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -b 25 -e 40 -num hnum.xvg -tu ns

3. 鹽橋（用-b， -e限制時間）

gmxsaltbr -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -b 39900 -e 40000 -t 10000

4. 將模擬后的.gro文件轉(zhuǎn)化為.pdb文件

gmxeditconf -f md_0_1.gro -o md_0_1.pdb

5. 兩個結(jié)構(gòu)疊加

gmx confrms-f1 model1.pdb -f2 model2.pdb -o fit.pdb

我一般是用pymol軟件簡直對兩個結(jié)構(gòu)疊加。

6. do_dssp使用

安裝：

a.在其官網(wǎng)上下載安裝包http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/?下載dssp-2.0.4-linux-and64

b. 將安裝包移動到目錄/usr/local/bin下面

sudocp dssp-2.0.4-linux-and64 /usr/local/bin

c. 進(jìn)入/usr/local/bin

cd/usr/local/bin

d. 文件重命名 mv dssp-2.0.4-linux-and64 dssp

c. 修改權(quán)限 chmod a+x /usr/local/bin/dssp

e. 在工作目錄下面輸入命令 export DSSP=’usr/local/bin’

運行：

gmxdo_dssp -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -tu ns

gmxxpm2ps -f ss.xpm -bx 0.1 -by 4 -o ss.eps

(注：可以修改-bx -by后面的參數(shù)改橫縱坐標(biāo)的長度，ss.eps文件可用ps打開，另存為普通照片格式的圖片)

7. 計算殘基之間的最小距離

(1) 先用make_ndx命令生成index文件：

gmxmake_ndx -f md_0_1.tpr -o index.ndx

(2) 這里選擇某蛋白第11個氨基酸的H原子和36位氨基酸的O的距離:

選擇原子：r 11 & a H 回車 r36 & a O 回車 q（退出）

(3) 用mindist計算最小距離：

gmxmindist -f md_0_1_noPBC.xtc -s md_0_1.tpr -n index.ndx -od dist.xvgr

選擇剛剛選擇的兩個原子所在的組，如兩者分別在第18和19組的話進(jìn)行如下操作：

18回車19回車 按ctrl-D退出

(4) 作圖

生成的dist.xvgr文件可用excel作圖，橫坐標(biāo)是時間，縱坐標(biāo)是距離

8. 詳細(xì)的作用力分析

可用LigPlot+軟件分析復(fù)合物之間或者單個分子內(nèi)部的作用力

LigPlot+軟件官網(wǎng)：http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/

下載的安裝包直接放到c盤解壓即可，這里需要電腦安裝java，如果沒有的話軟件打不開。

使用：打開Ligplot軟件，如果是復(fù)合物，需要限定作用的側(cè)鏈，如果是蛋白內(nèi)氨基酸之間作用力分析，需要寫作用的兩個domain的氨基酸序號，然后點擊run即可。

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