分子動(dòng)力學(xué)模擬方法-從入門到發(fā)文章 之 Gromacs軟件安裝
1. 安裝windows10和Ubuntu Linux雙系統(tǒng)
我當(dāng)時(shí)是按照這個(gè)步驟安裝的，是某魚推薦給我的網(wǎng)址，步驟非常詳細(xì)：
http://www.360doc.cn/article/7845658_525119337.html
安裝比想象的容易，像我這樣的電腦小白，從來沒裝過系統(tǒng)都可以，你也一定可以，只要按照這個(gè)網(wǎng)站上寫的步驟一步步做就可以，這里建議先看一下EasyBCD 軟件能否正常安裝，不能安裝的話就只能采用其他方式引導(dǎo)開機(jī)，如果電腦之前加裝了磁條的話，分盤裝linux系統(tǒng)的時(shí)候要選擇電腦自帶的磁盤，不然EasyBCD開機(jī)引導(dǎo)不了(這里推薦安裝ubuntu16.04或者ubuntu14.04，我安裝的是ubuntu14.04)，練手的話，分出40G就夠了。
2. linux系統(tǒng)常用命令
在該系統(tǒng)終端使用的命令常見的就幾個(gè)，多用幾次就熟悉了，剛打開終端的地址是“主文件夾”的地址，網(wǎng)站上很多l(xiāng)inux系統(tǒng)常見命令說明，如有其它更多地命令需要，可在網(wǎng)上直接搜索，這里僅列出做動(dòng)力學(xué)經(jīng)常需要的幾個(gè)：
pwd?#所在目錄地址
ls?# 所在目錄文件列表
cd 文件名?# 打開名為“文件名”的文件夾
mv 文件1 文件2?#把文件1的名字改為文件2
rm 文件1?#刪除文件1
vim 文件1?#用vim文本編輯器打開文件1,點(diǎn)擊i，可開始編輯文件, 按ESC鍵結(jié)束編輯，:wq保存并推出編輯，:q!?不保存退出
3. Gromacs軟件安裝
在gromacs官網(wǎng)下載gromacs軟件，將該壓縮文件復(fù)制到主文件夾中，文件解壓后有一個(gè)“install”文件，一般軟件包中都有這樣的文件，里面有詳細(xì)的安裝說明，gromacs軟件里的install文件寫的比較簡單，只要依次在終端輸入幾條命令就可以。
安裝gromacs文件之前需要以下幾個(gè)軟件：
(1) cmake軟件安裝
sudo apt-get install cmake
(2) vim文本編輯器（后續(xù)使用軟件的時(shí)候需要）
sudo apt-get install vim
(3) pymol
sudo apt-get install pymol
(4) grace
sudo apt-get install grace
(5) gromacs安裝
tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz?#解壓軟件包
cd gromacs-5.1.4?#進(jìn)入解壓后的軟件包
mkdir build?#創(chuàng)建名為build的文件夾
cd build?#進(jìn)入名為build的文件夾ZGZ667198
cmake.. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON?#安裝FFTW數(shù)據(jù)庫
make?#安裝
make check?#安裝檢測
sudo make install?#安裝
打開主文件夾，按ctrl+H顯示隱藏文件，打開.bashrc文件，將“source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC?”復(fù)制到文件最后。
打開終端輸入gmx?回車，如果出現(xiàn)的是一些gromacs軟件幫助信息且最后一句是兩個(gè)井號(hào)括起來的名人名言就證明安裝成功了。
4. gromacs網(wǎng)上學(xué)習(xí)資料
(1) gromacs官網(wǎng)：
http://www.gromacs.org/
內(nèi)部含有軟件下載資源，英文版說明書，不正常運(yùn)行時(shí)的原因等，資源豐富，不過都是英文
(2) gromacs英文步驟詳解：http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/
有幾個(gè)例子，可以用來練手
(3) gromacs說明書中文翻譯：http://jerkwin.github.io/9999/10/31/GROMACS%E4%B8%AD%E6%96%87%E6%95%99%E7%A8%8B/
內(nèi)部含有英文說明書和英文步驟的中文翻譯版，但建議看完中文的最好看一下英文的。
(4) 小木蟲論壇：小木蟲論壇有分子動(dòng)力學(xué)專欄，如果有問題也可以在那里問一下，或者某度找答案，做這方面的人很多，很多問題都可以通過某度解決。
