1992年，Stephen Fodor博士建立了Affymetrix公司；

Affymetrix公司在基因芯片領(lǐng)域具有很高的地位，以“原位光刻合成技術(shù)”的基因表達(dá)譜芯片最著名；

它的表達(dá)譜芯片分為傳統(tǒng)的in vitro transcription (IVT)芯片和新一代的whole transcription (WT)芯片；

在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄的大多數(shù)表達(dá)譜芯片都是Affymetrix公司；

在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中，我們能夠看到每個(gè)芯片ID對(duì)應(yīng)的gene symbol，以及代表基因表達(dá)量的數(shù)值，但更深入的原理知之甚少，所以今天就簡(jiǎn)單和大家介紹一下Affymetrix的IVT芯片；

可以將芯片理解成一張精密的玻璃板，術(shù)語(yǔ)叫晶片Wafer, 晶片泡入硅烷后，就沾有硅烷，再鋪上一層帶有光敏阻斷分子的接頭分子，這個(gè)光敏阻斷分子特別的重要，當(dāng)紫外照射后，光敏阻斷分子就會(huì)掉落，堿基基團(tuán)得以暴露，就可以連接下一個(gè)堿基，這里加的所有堿基也是帶著光敏阻斷分子的，我們可以想象一下，一張晶片，假設(shè)有十萬(wàn)個(gè)接頭分子，其中1萬(wàn)個(gè)接頭分子的下一個(gè)堿基是腺嘌呤，那么我們只需要用一張擋板蓋住剩余9萬(wàn)個(gè)接頭分子，用紫外照射那一萬(wàn)個(gè)接頭分子，光敏阻斷分子脫落，然后加帶有光敏阻斷分子的腺嘌呤，再加入封帽基團(tuán)，封帽基團(tuán)結(jié)合沒(méi)有光敏阻斷分子的孔，防止剛剛堿基沒(méi)加上的，導(dǎo)致序列錯(cuò)誤；

隨后，逐個(gè)通過(guò)紫外照射--加堿基--封帽基團(tuán)--紫外照射--加堿基--封帽基團(tuán)；

Affymetrix的IVT，每個(gè)序列25個(gè)堿基，也叫DNA探針；

至此，芯片制作完畢；

然后就是待測(cè)樣品制備：

total RNA因?yàn)榫哂衟olyA尾巴，所以先用oligdT引物將mRNA反轉(zhuǎn)+復(fù)制為cDNA，因?yàn)閏RNA與DNA探針結(jié)合更緊密，所以這里的cDNA轉(zhuǎn)錄為帶有生物素標(biāo)記的cRNA，cRNA經(jīng)過(guò)片段化，與剛剛做好的芯片結(jié)合，通過(guò)加入藻紅蛋白鏈酶親和素，掃描每個(gè)feature的熒光強(qiáng)度即可知道每個(gè)ID的表達(dá)量；

前面我們提到的玻璃晶片內(nèi)部是一個(gè)個(gè)feature,每個(gè)feature代表一個(gè)基因的一個(gè)探針，一個(gè)基于會(huì)設(shè)計(jì)多個(gè)探針，由于是采用polyA反轉(zhuǎn)的方法，所以探針設(shè)計(jì)也都是RNA的3'端，這也具有很大局限性，因?yàn)橛行┗驎?huì)經(jīng)過(guò)可變剪切，3‘IVT只是設(shè)計(jì)在基因的3’端，忽略了其它exon；

因此，把其它exon也考慮進(jìn)去的WT芯片應(yīng)運(yùn)而生，在所有exon，甚至exon-intron之間設(shè)計(jì)了探針；

我們?cè)贕EO分析轉(zhuǎn)錄組時(shí)候常常遇到一個(gè)ID對(duì)應(yīng)的gene symbol有多個(gè)基因名，為什么呢？

因?yàn)槎鄠€(gè)基因的3‘端序列一樣，就導(dǎo)致了一個(gè)ID對(duì)應(yīng)多個(gè)基因，遇到這種ID就只能排除，這也是WT芯片的優(yōu)勢(shì)，可以通過(guò)在其它exon區(qū)設(shè)計(jì)探針，區(qū)分開每個(gè)基因；

四不四又掌握了一個(gè)知識(shí)點(diǎn)呢~

可以和身邊的人普及表達(dá)譜芯片嘍~

注意今天講的是Affymetrix家的3‘IVT芯片

其他家的芯片知識(shí)也會(huì)陸續(xù)放送，敬請(qǐng)期待吧~

2016年3月，Affymetrix被賽默飛收購(gòu)……