1.?建模和計(jì)算操作命令：

1.1.?創(chuàng)建拓?fù)渑c坐標(biāo)文件

gmxeditconf-?編輯模擬盒子以及寫入子組(subgroups)

gmxprotonate-?結(jié)構(gòu)質(zhì)子化

gmxx2top-?根據(jù)坐標(biāo)生成原始拓?fù)湮募?/p>

gmxsolvate?-?體系溶劑化

gmxinsert-molecules-?將分子插入已有空位

gmxgenconf-?增加”隨機(jī)”取向的構(gòu)象

gmxgenion?-?在能量有利位置加入單原子離子

gmxgenrestr-?生成索引組的位置限制或距離限制

gmxpdb2gmx-?將?PDB?坐標(biāo)文件轉(zhuǎn)換為拓?fù)湮募土?chǎng)兼容的坐標(biāo)文件

1.2?文件轉(zhuǎn)換

gmxeditconf-?轉(zhuǎn)換和操控結(jié)構(gòu)文件

gmxeneconv?-?轉(zhuǎn)換能量文件

gmxsigeps-?將?C6/12?或?C6/Cn?組合轉(zhuǎn)換為?sigma/epsilon?組合,?或反過來

gmxtrjcat-?連接軌跡文件

gmxtrjconv-?轉(zhuǎn)換和操控軌跡文件

gmxxpm2ps?-?將?XPM(XPixelMap)矩陣轉(zhuǎn)換為?postscript?或?XPM

1.3.?運(yùn)行模擬

gmxgrompp-?生成運(yùn)行輸入文件

gmxmdrun-?執(zhí)行模擬,?簡(jiǎn)正分析或能量最小化

gmxconvert-tpr-?生成修改的運(yùn)行輸出文件

1.4.?查看軌跡

gmxnmtraj-?根據(jù)本征向量生成虛擬振蕩軌跡

gmxview-?在?X-Windows?終端顯示軌跡

2.結(jié)果分析命令

2.1.?分析軌跡gmxgangle-?計(jì)算角度

gmxdistance-?計(jì)算兩個(gè)位置之間的距離

gmxfreevolume-?計(jì)算自由體積

gmxsasa-?計(jì)算溶劑可及表面積

gmxselect-?打印選區(qū)的通用信息

2.2.?處理能量

gmxenemat-?從能量文件中提取能量矩陣

gmxenergy-?將能量寫入?xvg?文件并顯示平均值

gmxmdrun-?利用-rerun?選項(xiàng)(重新)計(jì)算軌跡中每幀的能量

2.3.?結(jié)構(gòu)間的距離

gmxcluster-?對(duì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行團(tuán)簇分析

gmxconfrms-?疊合兩個(gè)結(jié)構(gòu)并計(jì)算?RMSD

gmxrms-?計(jì)算與參考結(jié)構(gòu)之間的?RMSD?及其矩陣

gmxrmsf-?計(jì)算平均結(jié)構(gòu),?原子漲落,?溫度因子

2.4.?結(jié)構(gòu)性質(zhì)

gmxanadock-?根據(jù)?Autodock?運(yùn)行計(jì)算團(tuán)簇結(jié)構(gòu)

gmxbundle-?分析軸束,?例如螺旋

gmxclustsize-?計(jì)算原子團(tuán)簇的尺寸分布

gmxdisre-?分析距離限制

gmxhbond-?計(jì)算分析氫鍵

gmxorder-?計(jì)算碳末端每個(gè)原子的序參量

gmxprincipal-?計(jì)算一組原子的慣性主軸

gmxrdf-?計(jì)算徑向分布函數(shù)

gmxsaltbr-?計(jì)算鹽橋

gmxsorient-?分析溶質(zhì)周圍的溶劑取向

gmxspol-?分析溶質(zhì)周圍溶劑的偶極取向及極化

2.5.?結(jié)構(gòu)中的距離隨時(shí)間的變化

gmxmindist-?計(jì)算兩組間的最小距離

gmxmdmat-?計(jì)算殘基接觸映射圖

gmxpolystat-?計(jì)算聚合物的靜態(tài)性質(zhì)

gmxrmsdist-?計(jì)算-2,-3?或-6?次平均的原子對(duì)距離

2.6?分布性質(zhì)隨時(shí)間的變化

gmxgyrate-?計(jì)算蛋白質(zhì)的回旋半徑

gmxmsd-?計(jì)算均方位移

gmxpolystat-?計(jì)算聚合物的靜態(tài)性質(zhì)

gmxrdf-?計(jì)算徑向分布函數(shù)

gmxrotacf-?計(jì)算分子的轉(zhuǎn)動(dòng)相關(guān)函數(shù)

gmxrotmat-?計(jì)算疊合到參考結(jié)構(gòu)的旋轉(zhuǎn)矩陣

gmxsans-?計(jì)算小角中子散射譜

gmxsaxs-?計(jì)算小角?X?射線散射譜

gmxtraj-?輸出軌跡文件中的坐標(biāo)?x,?速度?v,?力?f,?盒子,?溫度和轉(zhuǎn)動(dòng)能gmxvanhove-?計(jì)算?VanHove?位移及相關(guān)函數(shù)

2.7?動(dòng)力學(xué)性質(zhì)

gmxbar-?利用?Bennett?接受比率方法計(jì)算自由能差的估計(jì)值gmxcurrent-?計(jì)算介電常數(shù)和電流自相關(guān)函數(shù)

gmxdos-?分析態(tài)密度及相關(guān)性質(zhì)

gmxdyecoupl-?從軌跡中抽取染料動(dòng)力學(xué)

gmxprincipal-?計(jì)算一組原子的慣性主軸

gmxtcaf-?計(jì)算液體的粘度

gmxtraj-?輸出軌跡文件中的坐標(biāo)?x,?速度?v,?力?f,?盒子,?溫度和轉(zhuǎn)動(dòng)能gmxvanhove-?計(jì)算?VanHove?位移及相關(guān)函數(shù)

gmxvelacc-?計(jì)算速度自相關(guān)函數(shù)

3.其他分析命令

3.1?靜電性質(zhì)

gmxcurrent-?計(jì)算介電常數(shù)和電流自相關(guān)函數(shù)

gmxdielectric-?計(jì)算頻率相關(guān)的介電常數(shù)

gmxdipoles-?計(jì)算總偶極及其漲落

gmxpotential-?計(jì)算盒子內(nèi)的靜電勢(shì)

gmxspol-?分析溶質(zhì)周圍溶劑的偶極取向及極化

gmxgenion-?在能量有利位置加入單原子離子

3.2.?蛋白質(zhì)分析

gmxdo_dssp-?指定二級(jí)結(jié)構(gòu)并計(jì)算溶劑可及表面積

gmxchi-?計(jì)算?chi?和其他二面角的所有信息

gmxhelix-?計(jì)算α螺旋結(jié)構(gòu)的基本性質(zhì)

gmxhelixorient-?計(jì)算螺旋內(nèi)的局部螺距/彎曲/旋轉(zhuǎn)/取向

gmxrama-?計(jì)算?Ramachandran?圖

gmxwheel-?繪制螺旋輪圖

3.3?界面gmxbundle-?分析軸束,?例如螺旋

gmxdensity-?計(jì)算體系的密度

gmxdensmap-?計(jì)算二維的平面或軸徑向密度映射圖

gmxdensorder-?計(jì)算表面漲落

gmxh2order-?計(jì)算水分子的取向

gmxhydorder-?計(jì)算給定原子周圍的四面體參數(shù)

gmxorder-?計(jì)算碳末端每個(gè)原子的序參量

gmxpotential-?計(jì)算盒子內(nèi)的靜電勢(shì)

3.4?協(xié)方差分析

gmxanaeig-?分析簡(jiǎn)正模式

gmxcovar-?計(jì)算并對(duì)角化協(xié)方差矩陣

gmxmake_edi-?生成主成分動(dòng)力學(xué)抽樣的輸入文件

3.5?簡(jiǎn)正模式

gmxanaeig-?分析簡(jiǎn)正模式

gmxnmeig-?對(duì)角化簡(jiǎn)正模式分析的?Hessian?矩陣

gmxnmtraj-?根據(jù)本征向量生成虛擬振蕩軌跡

gmxnmens-?根據(jù)簡(jiǎn)正模式生成結(jié)構(gòu)系綜

gmxgrompp-?生成運(yùn)行輸入文件

gmxmdrun-?搜索勢(shì)能最低點(diǎn),?計(jì)算?Hessian?矩陣

3.6?各類工具

gmxanalyze-?分析數(shù)據(jù)集

gmxdyndom-?結(jié)構(gòu)旋轉(zhuǎn)的內(nèi)插和外推

gmxfilter-?軌跡頻率濾波,?用于制作平滑的動(dòng)畫

gmxlie-?根據(jù)線性組合估計(jì)自由能

gmxmorph-?構(gòu)象間的線性內(nèi)插

gmxpme_error-?根據(jù)給定的輸入文件估計(jì)使用?PME?的誤差

gmxsham-?根據(jù)直方圖計(jì)算自由能或其他直方圖

gmxspatial-?計(jì)算空間分布函數(shù)

gmxtraj-?輸出軌跡文件中的坐標(biāo)?x,?速度?v,?力?f,?盒子,?溫度和轉(zhuǎn)動(dòng)能gmxtune_pme-?計(jì)算?mdrun?的運(yùn)行時(shí)間與?PME?進(jìn)程數(shù)的關(guān)系以優(yōu)化設(shè)置

gmxwham-?傘形抽樣后進(jìn)行加權(quán)直方分析

gmxcheck-?檢查并比較文件

gmxdump-?生成人類可讀的二進(jìn)制文件

gmxmake_ndx-?制作索引文件

gmxmk_angndx-?生成用于?gmxangle?的索引文件

gmxtrjorder-?根據(jù)到參考組原子的距離對(duì)分子排序

gmxxpm2ps-?將?XPM(XPixelMap)矩陣轉(zhuǎn)換為?postscript?或?XPMgmxangle-?計(jì)算鍵角和二面角的分布及相關(guān)

gmxmk_angndx-?生成用于?gmxangle?的索引文件

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